“天子有令，造反者，格杀勿论，开枪！”
咳嗽声就是动手的信号，祖承训不敢再犹豫，闭上眼睛，下达了开枪的命令。
“听我号令，第一排，开枪！”阵前指挥的军官大声呼吼，手中指挥刀用力一劈。
早有准备的士兵用火绳点燃引线，平端火枪，对准还在发懵傻站的那千多带头闹事的军官士兵。
砰砰砰……
排枪响起，硝烟滚滚，伴着凄厉的惨嚎，数十军官士兵惨呼倒下。
“第二排，开枪！”
祖家军的士兵刚接受新式训练没多长时间，因过于紧张，显得有点手忙脚乱，不过，那些闹事的军官士兵丫根就没想到祖承训真的敢下毒手，一个个都发傻了，直到第二轮排枪响起，又有数十同伴惨呼倒下，这才回过魂来，无不激灵灵的打了个寒颤，尖叫奔逃。
不过已经迟了，四面都被士兵围堵住，这些之前还跟着他们过来闹事的士兵全翻脸不认人，把他们掀翻，摁倒在地，五花大绑起来。
“祖总兵平定叛乱，当记首功，本督自会上奏天子。”洪承畴不知何时站在祖承训身边，给他道贺，同时提醒他，除恶务尽，千万别让首犯逃了哦，否则，你这个首功就要大打折扣了。
“末将明白，这就领军捉拿叛军首脑。”
祖承训躬身抱拳，率领手下将士前往各大营捉拿所谓的叛军首领，到了这一步，他已经没有选择的余地，就算天子心软，想放过那些闹事的旧军将领，他也不会放过，这仇已经结下了，而且无解，只能往死里搞了，斩草不除根，后患无穷，所以，这个锅，他不想背也不行。
一个时辰左右，祖承训就率麾下军队把叛乱平息了，所有叛军的将领，中层军官、心腹亲信拼死顽抗，全部死于乱枪之下，洪督师在奏折里是这么写的，具体内情，知道的人并不多，最后动手的是祖承训的亲兵卫队。
整个病事过程其实就是一个大坑，那些闹事的将领刚下达命令，就有士兵溜出军营，向那些政工军官告密，洪承畴自然做好了准备，他跑去找祖承训是冒了一定风险，万一祖承训不上道，后果可就严重了，幸好他没有看错人，关键时候，祖承训还算识时务。
不仅锦州闹兵变，宁远也有闹兵变，这些闹事的旧军将领可是串联好了的，一起闹事，场面大了，逼迫朝廷妥协的成功率更高，不过，因两地距离的原因，锦州兵变被平定，宁远那边才闹事。
曹文诏早手握密旨，也暗中做足了准备，加上有旧军士兵暗中告密，闹事的旧军很快被平定，曹文诏同样下狠手，却带头闹事的旧军将领和他们的心腹亲信及参与的高级军官全干掉，上报朝廷的奏折内容跟洪承畴差不多一个样，都是顽抗拒捕，被乱枪射杀。
宁锦两城发生兵变的事令九边震惊，各军将官虽不清楚其中的细节，但大体能猜测出一些东东，无不心生惶恐，一个人考虑了整整三天，最终只带上亲兵卫队赶来锦州报到，算是妥协交出兵权，愿意接受朝廷的整编。
洪承畴并没有为难这些人，全部送去在临时设立的军官学习所学习，一些能接受并有所领悟上进的还有机会回归军队，重新掌兵，不过，所掌的全是新军，再怎么收买也无法象以前那样成为他们拥兵自重的私家军队了，因为军中都分配有不少政工军官，对普通士兵进行各种洗脑，想再忽弄这些普通士兵很难了。
也真有几个脑子发热的将官不肯接受整编，一怒之下想毁城或献关投降关外部族，结果还没下手，就被手下士兵一拥而上，或乱刀剁倒，或捆绑起来，交由朝廷处决。
经过这一连串的小波折之后，百万边军接受整编，淘汰了许多老弱病残，另征召了一些新兵，全部进行系统的军事训练，不过，百万边军的人数急剧下降，仅剩六十几万人。
关外部族好不容易才熬过这个寒冷的冬季，一个个早饿得眼睛发绿，眼见大明九边动荡，兵力急剧下降，皇太极认为正是破关的好时机，当即集结近三十万联军，浩浩荡荡杀向九边防线。