朱由榔自然愿意，反正封号也已不值钱，于是封孙可望为“秦王”，随后永历皇帝被孙可望安置在贵州一个名叫“安龙哨”的地方。
孙可望明明可以自己称王称霸，但为了追求名正言顺，而把一个毫无感情基础的皇帝请了来。朱由榔为了寻个安身之处，不得不避于暴戾军阀孙可望的羽翼之下。
人在屋檐下，不得不低头，在安龙哨，永历备受凌辱，就像一个牲口一样。孙可望以居高临下的姿态，有一搭没一搭地喂养着他，之所以还给他一口饭吃，不过是为了挟天子以令诸侯。
永历皇帝并非胸无大志，也不是没有想过光复祖宗基业。他不喝酒、不好色，具备好男人本色；他严以律己，宽以待人，为的是拉拢更多的反清志士；他背地里常常流泪，深觉愧对祖宗。但在如狼似虎的孙可望那里，永历帝的个人感受永远等同于无，他注定只能是一颗棋子。
久而久之，孙可望不安于“秦王”之名，就希望朱由榔让位给自己，自己当皇帝，让永历当太上皇。
这个想法一暴露，自然有善于拍马屁的人前去探永历的口风，永历既不敢明确反对，又不愿受这个窝囊气，于是派人给大将李定国送密信，让他赶快来救自己。
不料，信刚送走，消息暴露出去，孙可望派人问皇帝是不是有这么回事。永历不敢承认，不敢否认，最后还是跟着他到安龙哨的那些大臣们勇敢地站出来，说，信是我们写的，跟皇帝无关！
孙可望二话不说，将朱由榔手下的十八位大臣全部砍头，十八颗人头落地，顿时一片血雨腥风！
这真的是才出虎穴，又入狼窝啊！孙可望这样的人怎么可以指望呢！永历帝私下里不知抽了自己多少个大嘴巴。万幸的是，李定国不久终于带兵来到贵州安龙哨，设计谋秘密救出永历皇帝朱由榔。
此后一直到他死，李定国一直是永历皇帝朱由榔忠心耿耿、不离不弃的臣子。
1657年，孙可望跟李定国闹掰了以后，赌气投降了清朝，兄弟反目成仇，开兵交战。
此时朱由榔的地盘就像挤牙膏一样，被清军一点点挤出中国，在一场场战斗和逃跑中，朱由榔与李定国的大军失散，一直逃到了缅甸。