孙仲占领了秣陵以后，首先是严肃军纪，麾下的兵将，不得随意进入百姓家中，左脚进去砍左脚，右脚进去砍右脚，身体进去了，就砍头。
接着，孙仲将秣陵改名为应天。因为黄巾军当初起义时的口号是“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉。”更名为应天，正是为了让百姓们都觉得，苍天真的死了，黄天已然立了。有什么办法呢？百姓就是信这一套。
如果是将秣陵更名为应天，还只是在做舆论上的宣传的话，那接下来的举措就是要改天换地了。
第一，分田。
现在的分田当然不再似当初在汝南时那般的随意，首先就是要清理应天城里里外外到底有多少田地。历代统治者为了为了缓和阶级的矛盾，为了苟延残喘，都会在田地上做文章，可是真正把这个文
章做好了的，只有开国之君，特别是那种由下而上的，通过起义而得国的开国之君。为什么呢？因为分田首先要清理到底有多少田地，而开国之君和前朝的宗室官吏豪门没有那些千丝万缕的，剪不断理
还乱的关系。一旦说清理田地，基本上不会有说情托关系，隐瞒田地不报的，因为没有人敢。想想，明太祖朱元璋就一个空印案，郭桓案杀了那么多的官吏，他为什么这样的杀人？不就是因为他感觉到
了，官吏们在隐瞒欺骗朝廷吗？清理完了以后，再根据人口，基本上可以做到耕者有其田。在古代有田地，就是有工作，有工作就是有活路。明朝的崇祯皇帝也想过清理田地，然后进行再分配，以消弭
农民起义的火焰。可是对于贪官墨吏横行，土地兼并激烈并且已经高度集中的明末来说，别说重新分田，就清理田地，那也不过是提供给了贪官墨吏再一次兼并小老百姓土地和勒索小老百姓财物的机会
而已。
清理田地不是一天两天可以完成的工作，清理田地就好似官员财产申报制度，江东的士族怎么会愿意将自己财产在天下人面前公示呢？清理田地必定会得罪江东的士族，对于这个后果，孙仲是有准备的。
就在清田令下达的第二天，孙仲开始着手准备第二项工作，颁布了求贤令。
对于这个求贤令，江东的士族不约而同的抵制，没有一个所谓的世家大族愿意去孙仲的帐下为孙仲效力，对于这种结果，孙仲也是早就料到。他下达的求贤令其实就是一封科举考试的考试通知，内
容很简单，无论你是什么出身，无论你是哪里人，现在黄巾军颁布下三道考试的题目，你就这三道题目做文章，做得好了，便可以到黄巾军中来做官。这三道题目：
第一题：“论汤武革命”；
第二题：“论耕者有其田”；
第三题：“论天下者，天下人之天下，非一人一姓之天下也”。
孙仲的这三道题目都是有明确的指向性。
第一题，不用说，他的目的就是要让黄巾军起义成为一种正义的事业，革命无罪，造反有理！
第二题，目的更明确，要让这些寒门读书人都拥护他的分田政策；