没有任何退路的国民政府在1月19日国民党《中央日报》上迅速刊出蒋介石对日本近卫文麿声明的反应，措辞强烈地表明了中国将继续抗日的立场:“中国政府于任何情形之下，必用全力以维护中国主权与行政之完整。任何恢复和平办法，如不以此原则为基础，绝非中国所能接受，同时，在日本占领区域内，如有任何非法组织篡窃政权者，不论对内对外，当然绝对无效。”
单单指责近卫大概有些过于残酷。在容忍军部独断专行的背后存在着统帅权问题。据曾担任近卫内阁书记官长的风见章所写《近卫内阁》披露。
内阁为了干预统帅权曾想过各种各样的方案。如果能够实现的话，通过修改宪法规定“建立掌管统帅权与国务的内阁制度”是最佳选择，但“永不磨灭的大典”--明治宪法是不可能有何改动的。第二种方案是将除陆、海相以外的阁僚降格为各省长官，由首相指定几名在海内外有一定声望的人来担任。但由于近卫对是否能找到有能力的人材没有信心，这个方案也被束之高阁了。第三种方法是设置有首相参加的大本营。由于陆军的反对做了一些妥协，最后以设立大本营与内阁间的联络会议为名得到陆军认可。1937年11月20日，在宫中设置了大本营。在这个过程中近卫和其周围的人有意放风说近卫要辞职，陆军反而提出“现在近卫辞职不好办”。这也是他为获得对统帅权的干预权面使出的一个手段。但是近卫认为“政战一致”的想法有些不合实际。
1938年5月占领徐州后，近卫对陆军的压力作出反弹，将强硬派领导人陆相杉山元和外相广田赶出内阁，起用对军部有影响力的板垣征四郎任陆相，宇垣一成任外相，荒木贞夫任文相。企图恢复对内阁的领导能力，但这三个也不是什么和平分子。对于日军而言，战争的接连胜利进一步激发了军队对中国的蔑视和对武力的狂热。早在日军占领南京后，日本大本营就开始研究所谓“攻占汉口作战”。日军参谋本部情报部对于攻占武汉的建议是:从历史看，只要攻占武汉，就能支配中国，通过武汉会战，可以做到以武力解决中国事变大半的目的，只要控制了武汉，即可以把蒋政权逐出中原，“使蒋政权降为地方政权”。1938年3月31日，近卫内阁公布战时法律“国家总动员法”，动员全国人力物力为法西斯的总体战效劳。1938年5月徐州会战一结束，日本方面即决定于当年秋季进行“汉口作战”:所有在中国大陆作战的部队停止回国调动，国内继续动员增兵40万人，并拿出32.5亿日元的作战费用预算。
被迫辞职
日军规模庞大的“汉口会战”的另一个目的，正如日本昭和天皇裕仁在武汉会战前的御前会议上所说，为了给国民政府最后致命的一击，迫使中国投降，不愿再见到“帝国雄狮百万受制于中国”。为此，日本“陆军为汉口作战倾注了全力，没有应变之余力”。连用以进攻武汉的10个师团都是当年开始扩编的。据战后发现日军文件证明，连日本本土仅留的一个近卫师团，也待命随时增援武汉会战。
“中国人民和政府已被日本侵略者欺侮压迫到最后限度。”蒋介石由此在中央广播电台发表讲话，誓言“中国军队为了民族之生存，决心在武汉地区与日军决一死战”。国民政府调集全部海空军以及陆军120个师总兵力约110万人，蒋介石亲自坐镇武汉直接指挥。然而与淞沪、南京会战不同的是，蒋介石在1938年2月发表的《抗战必胜的条件与要素》中称:“这次抗战，是以广大的土地来和敌人决胜负;是以众多的人口来和敌人决生死。……我们现在与敌人打仗，就要争时间。我们就是要以长久的时间来固守广大的空间，要以广大的空间来延长抗战的时间，来消耗敌人的实力，争取最后的胜利。”
因兴亚院总裁宇垣遭到军部排挤，九月末突然辞职，近卫想通过改组内阁控制军部的目的落空。近卫开始认真考虑总辞职问题。同年10月，日军占领广州、武汉后，中日战争转入相持阶段，日军的速决战美梦破产了。为此，近卫在11月3日发表第二次对华声明，把对国民党政府打击为主的策略改为政治诱降为主、军事打击为辅，以“共同防共”，“建设东亚新秩序”等口号向国民党诱降。1938年12月，与蒋介石对立的汪精卫逃到日本，12月22日，近卫又发表第三次对华声明，提出著名的“近卫三原则”，即“亲善友好、共同防共、经济合作”。近卫以“事态进入新阶段”为由，于1939年1月4日提出总辞职。对于他的辞职既可以说是由于他被人嫌弃，也可以说是因为他本人感到领导能力已经到了极限，或者说是不负责任地不干了。被一般民众期待打破沉闷政治气氛的第一次近卫内阁没有完全燃烧就熄灭了，辞去首相的近卫和新任首相平沼骐一郎对调了位子，担任枢密院议长。
下野与再次组阁
新体制运动
近卫辞去首相职务后，旋就任枢密院议长，并在平沼骐一郎内阁任无任所大臣。平沼内阁由于意外遭遇苏德签署互不侵犯条约的事态，经过7个多月就下台了，继任的阿部信行内阁也仅维持了5个月，然后是海军大将米内光政组阁。1939年9月1日，希特勒闪击波兰，发动第二次世界大战，在随后不到一年时间里席卷整个西欧。德军的辉煌战果极大地刺激了日本法西斯的侵略野心。日本帝国王义者对侵华战争的僵持局面极为不满，急于扩大战争规模，他们强烈要求铁腕人物出马组阁，调整日本的战略。为此不惜搞垮了反对与德、意结盟的米内内阁。