随着斯大林地位的牢固确立和苏联建设事业的发展，斯大林的威望空前提高，到30年代，对斯大林的个人崇拜已达到相当严重的程度。由于个人崇拜风气的盛行，斯大林的一些错误观点和做法对苏联的发展产生了很大的消极影响。1935—1938年间，进行了错误的大清洗运动（肃反运动），大批党、政、军优秀领导人和著名知识分子以至普通干部和群众被加以各种罪名，遭到残酷的镇压和迫害。社会主义民主和法制遭到粗暴的破坏和践踏；破坏了社会主义科学文化资源和各级干部资源。1937年，苏联肃反运动达到了高潮。1937—1938年间审理的要案主要有：以中央委员皮达可夫、拉狄克为首“反苏托洛茨基中心”；以苏联元帅图哈切夫斯基为首的“反苏军事中心”；以前政治局委员布哈林、李可夫为首的“右派—托派反苏联盟”。这些案件的被告都以“人民公敌”的罪名被判处死刑，立即执行。
斯大林
肃反运动使许多无辜者遭到逮捕和杀害，出现了大量冤、假、错案，它严重地破坏了社会主义法制，给苏联党、国家和人民造成了巨大的损失。[12]莫斯科大审判一共3次，它是1937～1938大清洗的高潮剧目，三次大审判的被告人数分别为16、17、21。除第二、三次各有3人获有期徒刑外，其余被告全部枪决。当年著名的列宁遗嘱中提到了6位苏共领导人，最后除斯大林外，另外5人：托洛茨基、季诺维也夫、加米涅夫、布哈林、皮达可夫，全部在三次大审判中被处决（托洛茨基因流放海外缺席审判，但后被刺杀）。此外，领导十月革命的第6届中央委员会成员中有2/3被枪决；11大中央委员会的27人有20人被枪决；15大政治局的7人，除斯大林外，6人被枪决或暗杀；第1届苏维埃政府的15名成员中，除5人已去世外，除斯大林外的9人全部遭枪决。大清洗中红军指挥人员和政工人员有4万余人被清洗，其中1.5万人被枪决，包括了5名元帅中的3人、4名一级集团军级将领中的3人、12名二级集团军级将领的全部、67名军长中的60人、199名师长中的136人、397名旅长中的221人。1936－1938年间，苏共一半的党员，约120万人被逮捕。斯大林对列宁时期的老布尔什维克的清洗，其实并非始自大清洗。早在1929～1931年的清党运动中，就有25万人被开除党籍。[13]大清洗冤死的不仅是无数苏联本国干部和群众，还有库恩·贝拉等侨居苏联的外国人，包括中国一大批在苏联工作、学习的干部和学生，以及共产国际中国代表团的许多工作人员，李正文、姚艮等被关押数年才获平反，吴先清等不幸遇难。
二战领袖
1941年6月，斯大林任苏联国防委员会主席，同年8月任苏联武装力量最高总司令。苏联通过扩大自己的版图，建立起一条“东方战线”。1941年6月22日早上4时45分，希特勒突然撕毁《苏德互不侵犯条约》，伙同匈牙利、罗马尼亚、芬兰等国军队，发动了闪击苏联的巴巴罗萨计划。在此之前，斯大林已经收到了来自一些苏联间谍和苏军将领的警告，但他认为纳粹德国不会冒着两线作战的危险，在彻底击败英国之前就进攻苏联，因此没有对同纳粹德国展开本土战争做充分的准备。在确认德军的入侵后，斯大林担任了苏联国防委员会主席和苏联武装部队最高统帅，并于同年7月3日发表演说，号召苏联人民不仅要消除本国面临的危险，还要帮助解放在德国法西斯奴役下的欧洲各国人民。在德军的突然打击之下，同时因为大清洗带来的负面影响，苏军措手不及，损失惨重。1941年8月，由于斯大林拒绝采纳朱可夫的建议，下令红军死守基辅，结果导致苏联西南方面军在基辅战役中被德军围歼，纳粹德军宣布歼灭苏军66万人，希特勒宣称这是人类战争史上最大的歼灭战。[14]
1941年11月初，德国中央集团军逼近莫斯科城下，斯大林坚决留在城里组织反击。11月7日，斯大林命令苏联红军在莫斯科红场举行了阅兵式，发表了重要讲话，讲话中斯大林说道：“红军和红海军战士、指挥员和政治工作人员、男女游击队员同志们！全世界都注视着你们，把你们看作是能够消灭德国侵略者匪军的力量。处在德国侵略者压迫下被奴役的欧洲各国人民都注视着你们，把你们看作是他们的解放者。伟大的解放使命已经落在你们的肩上。你们不要辜负这个使命！你们进行的战争是解放战争，正义战争。让我们伟大的先辈——亚历山大·涅夫斯基、季米特里·顿斯科伊、库兹马·米宁、季米特里·波扎尔斯基、亚历山大·苏沃洛夫、米哈伊尔·库图佐夫的英勇形象，在这次战争中鼓舞你们！让伟大的列宁的胜利旗帜引导你们！彻底粉碎德国侵略者！消灭德国占领军！我们光荣的祖国、我们祖国的自由、我们祖国的独立万岁！”，斯大林在这次讲话中提及的俄罗斯历史上的民族英雄的用意，是以俄罗斯民族主义来鼓舞苏军战斗。受阅的苏军部队随即从红场直接开赴前线。在朱可夫、华西列夫斯基等将领的指挥下，12月6日，苏军从莫斯科城郊开始反攻，到次年4月下旬击溃德军50多个师，击毙击伤德军80多万人，将敌军击退150公里至400公里，解除了对莫斯科的威胁，夺回了60多座城市。苏军在莫斯科保卫战中的胜利宣告了希特勒“闪击战”的彻底破产，极大地鼓舞了苏联及全世界人民战胜法西斯的信心。[14]