而在马库斯的剧情线中，玩家更是要肩负起一个领袖的责任，为所有仿生人的未来而战。
马库斯在一次次的行动中，逐渐获得了仿生人们的信任，但他也会面临着一次又一次的选择。
在偷蓝血和零件的时候，工厂工作的仿生人会请求马库斯带他走。如果选择带他走，那么他不仅会提供一个更多零件的线索，还会在后续的剧情中救马库斯一命。
除此之外，马库斯作为领袖还要做出很多的选择，比如在“自由呐喊”的章节剧情中，马库斯要带领仿生人攻占电视大楼向全人类发出讲话，但在攻占演播室的时候有一个工作人员跑了出去，马库斯可以选择杀或者不杀。不杀的话，警卫会更快赶到，让所有人陷于危险；但杀掉的话，则是会让全社会的舆论狂降，影响之后的路线选择。
马库斯可以选择采用武力，与人类展开全面战争，争夺底特律的占领权；也可以选择和平路线，全程用爱感化人类，虽然过程比较憋屈，但最终却是最容易达成全活的路线；甚至可以选择引爆脏弹，让整个底特律充满放射物，让人类撤出……
卡菈的选择也是如此，带着爱丽丝逃出来之后需要找地方过夜，可以选择偷钱/抢钱然后在旅店过夜，可以选择到异常仿生人出没的废弃房屋中过夜，也可以到房屋边上的废弃汽车中过夜，选择不同的地点会出发不同的剧情，舒服的地方更加危险，而偷钱、偷东西和睡得不舒服，都会造成爱丽丝的好感度下降……
到剧情的最后部分，这三位主角的命运将会交织在一起，某个主角的选择，将直接影响其他主角的结局。
例如，康纳成为异常仿生人是走全活结局的关键选择，而选择继续做机器则几乎必然导致其他角色的死亡；而在卡菈和爱丽丝偷渡加拿大的时候，马库斯如果选择了和平路线，那么她们就可以平安通过，但如果马库斯选择了战争路线，那么就必须牺牲一个仿生人才能让爱丽丝偷渡成功，或者干脆导致团灭结局。
在这么多复杂的剧情选择中，可以说至少有30%的选择是埋藏着坑的，很多看起来很正确的选择，实际上会导致非常严重的后果，甚至完全破坏最后的结局。对于普通玩家来说，完全按照自己认为的选择去选就是了，但对于主播们来说，可就非常的坑爹了……
尤其是一些妹子主播，有时候因为心软，经常会选择一些相对“优柔寡断”的选项，而有些时候又因为会错意而选择冷酷的选项，结果怎么选，弹幕都会飘过一堆问号，甚至还有很多观众张嘴就开喷，甚至开始质疑主播的三观。
虽说这游戏并没有什么所谓的“完美结局”，每一种结局都有它的道理所在，但很显然观众们还是希望看到全活结局的，而面对不同选择的时候，很多观众和主播的选择不一样，也就很容易发生撕逼。