先使人将段珪首级往京师号令。另换好马与帝及渤海王骑坐，簇帝还京。
车驾行不到数里，忽见旌旗蔽日，尘土遮天，一枝人马到来，百官失色，帝亦大惊。
原来是并州牧董卓望见雒阳上空浓烟滚滚，才得知朝廷发生重大变故，于是急忙下令进军，二十八日天未亮，董卓才抵达显阳苑，打听到中常侍张让等人劫持皇帝刘辩上了北邙山，于是又向北邙山赶去。
在北邙山下，董卓见到了浩浩荡荡的迎驾队伍，惊魂未定的刘辩见到飞驰而来的董卓军，吓得大哭，众大臣说：“有诏退兵！”迎驾队伍中的崔烈也叫董卓回避。
董卓指着崔烈骂道：“我日夜兼程跑了三百里路，你现在说什么回避？信不信我砍下你的脑袋！接着，董卓又反诘大臣们道：“诸位公卿身为国家大臣，不能匡正王室，致使国家动荡，天子流落在外，你们哪有让我退兵的理由！”
随后，董卓进入迎驾队伍，先拜见刘辩，又伸手去从闵贡怀中抱陈留王刘协，刘协不肯，董卓只得与闵贡并马而行，一同入城。董卓又向刘辩询问事变经过，刘辩语无伦次，而刘协却能表述清楚，董卓知道刘协是董太后抚养长大，号“董侯”，董卓又自认为与董太后同族，于是心生欢喜，希望刘协能当上皇帝。
董卓屯兵城外，每日带铁甲马军入城，横行街市，百姓惶惶不安，出入宫庭，略无忌惮。原大将军何进和车骑将军何苗的军队也被董卓收编，董卓又引诱吕布杀害执金吾丁原，吞并了丁原所属军队，一时之间，声势浩大。如此董卓掌握了雒阳的所有军权。
原大将军府幕僚鲍信不肯归附董卓，向袁绍提出将董卓引诱杀害的计划，袁绍不敢，鲍信则弃官逃亡。朝廷罢免司空刘弘，派使者到显阳苑拜董卓为司空。
董卓邀请袁绍到显阳苑商议废立。董卓肆无忌惮地说：“少帝愚昧懦弱，不能敬奉宗庙，没有资格担任天下的君主。为了国家和汉室江山着想，我想效法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立渤海王刘协为天子！”
袁绍不同意，提出要去请示太傅袁隗。袁绍说：“恐怕大多数人都不会同意你的意见！”董卓闻言大怒：“竖子！天下事岂不决我？我今为之，谁敢不从？尔谓董卓刀为不利乎！”袁绍反讥：“天下健者，岂唯董公？”然后拿着佩刀作揖而去。董卓知道袁绍的声望地位，也拿他没办法。
董卓将废立之事汇报给太傅袁隗，袁隗同意。袁绍因此弃官逃亡至冀州勃海郡。
八月三十日，董卓在朝会上提出废立之事，并以霍光事为例，自比田延年（谁反对就立刻处死），满朝文武只有尚书卢植站出来抗辩，董卓被顶撞得无言以对，气得罢会。后来董卓还想寻找机会杀害卢植，但被蔡邕、彭伯劝阻，卢植则弃官逃亡。
九月一日，在崇德前殿，尚书丁宫主持废立仪式，太傅袁隗将刘辩扶下皇座，解除玉玺印绶转交给刘协，然后扶刘协正式登基，是为“献帝”。
废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后，以致皇太后忧虑而死。这种违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。
之后，董卓便责令何太后迁居永安宫，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。董卓还不允许朝廷为何太后举办丧礼，而是让刘协到雒阳城内奉常亭表示哀悼，公卿大臣们穿白衣上朝三天。
通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
董卓将自己由司空改任太尉，兼领前将军，加节，赐斧钺、虎贲，更封郿侯。后又自拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。董卓成为“一人之下，万人之上”的国相，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权，自己加官进爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。董卓还暗中培养爪牙，广为收罗亲信，用拉拢、诱惑、排挤等手段打击和陷害一切于己不利的势力和集团。
封侯后，董卓也极力拉拢司徒黄琬，司空杨彪，抬举和扶植已被贬斥的陈蕃、窦武等人，董卓利用手中特权，重新提升和任用大批党人，如侍中伍琼、长史何颥等。
董卓受周毖、伍琼之言，为收纳名望和平息反对，重新任用党人，荀爽、陈纪、韩融等人都不自愿地受到任用，又以袁绍为渤海太守、韩馥为冀州牧、刘岱为兖州刺史、孔伷为豫州刺史、张邈为陈留太守、张咨为南阳太守等。
董卓见城中富足贵族府第连绵，家家殷实，金帛财产无数，便放纵手下士兵，实行所谓“收牢”运动。
这些士兵到处杀人放火，奸yin妇女，劫掠物资，把整个洛阳城闹得鸡犬不宁，怨声载道。而朝中一批俊杰纷纷外逃，袁绍远奔河北，袁术南下南阳，曹操遁往陈留，鲍信往归泰山……