经历了扑克牌销售后，郁良觉醒了销售之魂，最终成为销售部部长。
斗地主成功提高了这个世界的幸福度，使得来自起源之海的食物大幅增多，刀霸因此信服，将非训练家联盟交给可达鸭，并建立精灵之城。
随着娱乐流深入人心，神奇宝贝联盟的传统受到影响，神奇宝贝对战不再成为主流，无奈之下，承认了精灵之城的存在。
由于食物充足，树果饼和牛奶的价值不复存在，最终商人联盟一部分解散，剩下的同样并入精灵之城。
可达鸭意外发现一种晶石，能够被他吸收并转化为超能力水滴，同时，各地出现了史前遗迹，同样有着水晶存在。
雪拉比说这是本源之力凝聚形成的水晶。
之后遗迹崩塌，出现了大量以晶石为动力的灾兽，他并非神奇宝贝而是机械体，精灵之城团结训练家，将目标转向机械灾兽。
被忽视的火箭队因此获得了发展时间，最终用梦幻基因培养出超级超梦，可达鸭迎战，不敌，最后进化为索罗亚克（之后解释），获得胜利。
坂木临死一搏，抓住了小智等人，并让他们黑化，机器灾兽猛然增多，雪拉比说世界再次将迎来终结。
最终精灵之城击溃了机械灾兽，但创世神阿尔宙斯开始苏醒，带着17块石板（包括普通系，不包括妖精系，超能石板一角破碎）毁灭世界，可达鸭进化的索罗亚克不敌，千钧一发的时候，胖丁出现，用催眠曲使得阿尔宙斯再度沉睡，世界恢复安定。
可达鸭在娜姿的帮助下，终于学会用超能力形成防护膜，可以隔绝水流不隔绝空气，可达鸭借助这个，在神兽的指引下，进入起源之海海底，见到了这个世界的实际管理者。
这只是与管理者通讯的设备，管理者向他道出真相。
原本这个世界只有神奇宝贝，为了让这个世界更加精彩，管理者加入了人类，并希望他们自己和神奇宝贝发展，走出自己的文明。
但结果和他预想的不同，人类发展缓慢，同时会和神奇宝贝原有的系统产生摩擦。
原有系统是阿尔宙斯创造世界，神兽管理世界的体系，阿尔宙斯只会创造世界，没有调节世界的能力，在人类和神奇宝贝的冲突发生，无比严重之后，他便会自动苏醒，刷新当前的世界。而让阿尔宙斯稳定的机制，便是胖丁的催眠曲。
原有系统逐渐老化，超能石板出现碎片。
管理者见到这个世界的问题，于是给予人类食物和技术，让他们勉强生存，却没能改变本质。同时限制阿尔宙斯的刷新机制，不断选定一些人作为基准，使得这个世界让这些人靠拢，改变，这就是航标。
航标一旦改变，会让世界迷失方向，阿尔宙斯机制会被触发。
不知经历了多少次文明毁灭，管理者才选定了小智等人作为航标，主张人类和神奇宝贝和谐相处，可达鸭接近小霞，也成为了其中一员，因此，在可达鸭被火箭队带走时，会被莫名的力量带回去；他想完成什么创举时，也会被莫名阻碍。
张浩的穿越不在管理者的计划内，纯属意外。
下面详细说明。
精灵之城三大特色：种植园、影视城、主题公园。
种植园主要是玉米，将绿色外皮扯下一段，露出黄橙橙的玉米，一万株植株同时成熟，这个场景还是很壮观的，这也是精灵之城的标志性景象。
还有各种植物，只是不宜大部分种植。