事情的发酵到结束还需要有一个漫长的过程，
从整个事件的过程分析，曾国藩极有可能并非“张汶祥刺杀马新贻案”的幕后主使，而是其弟——湘军总督曾国荃，但曾国藩显然知道是其弟和湘军集团所为。
然而此案关乎曾氏家族和湘军集团的声誉、威望，也害怕如若揭穿此案可能会牵连出更多的劣迹、更多的人，引发全面崩溃，因此曾国藩不得不曲为遮掩，并想办法消除后患，其所作为也就在情理之中了。
1871年4月4日，张文祥被凌迟处死，据说用的是“鱼鳞剐”，一片片细切，摘出心脏祭马新贻，张文祥的儿子也一并被杀。
曾国藩罕有地以大学士兼总督之尊，亲临监斩。有人推测，这是怕没有他这个“老祖宗”现场弹压，保不定会有散兵流勇“劫法场”的情事发生，这将没法跟朝廷及马家交代，那这“刺马”案就不能像眼下那样，稀里糊涂“善了”了。
纵观张文祥一击即中的“刺马”过程，明显是有准确情报的精心安排。而案发后，立即有“刺马”案戏文上演，让马新贻渔色负友之说广为传播，还有湘军将领给张文祥立碑等等。
所有这一切都说明刺马案是一件有计划、有组织的政治谋杀事件。从案件的实施，到舆论的有力配合，都说明它出自高人之手。但这高人高到哪一层，是什么样的来头才能令主审官员噤若寒蝉，令曾国藩一力回护，令朝廷投鼠忌器？
别人可能不知，但曾国藩却心知肚明，因为曾国荃密会兄长之后，已经告诉了他真相，并给了他一封某人写的亲笔信，这个神秘的某人，不是别人，正是郭嘉林！
而这封郭嘉林的亲笔信则是由曾国藩最亲近的幕僚薛福成转交的，郭嘉林离开江宁之后，唯一与他联系的就是薛福成。
而曾国藩离开江宁之后，薛福成则一直就在曾国荃的手下，而此人还有一个身份，则是黄翼升的妻侄女婿。
这些人之间的关系非常复杂，但唯一能够明白他们关系的则是郭嘉林，但郭嘉林却不认识张文祥，但有一点非常关键，张文祥此人的身份非常可疑。
据他在大堂上自己交代：他叫张汶祥，46岁，河南人。道光二十九年（1849年）南下宁波贩卖毡帽，当过四年太平军，其间救过一个叫时金彪的清军俘虏。
后来看到太平军势力不支，与时金彪趁机逃出，辗转回到宁波，与南田海盗团伙往来亲密。
他交代的杀人动机有三点：一是他回到宁波后发现自己的老婆和钱财被一个叫吴炳燮的霸占了，于是找到时任浙江巡抚的马新贻拦轿喊冤，马未受理。
他只好到宁波府告状，虽然要回了妻子，但是钱没有追回来，气急之下，逼老婆吞烟自尽，马应该对他的不幸负责；二是他的很多海盗朋友被马巡抚捕杀，海盗们说他最讲义气，应该杀马新贻为朋友报仇，同时也泄私愤；三是他私自开的“小押”生意被马巡抚明令禁止，绝了他的生路，加深了他对马的愤恨。
新仇旧恨加在一起终于使张汶祥动了杀心，一路跟随马新贻从浙江到了福建、江苏，两年之后终于找到机会将其刺杀。这份供词漏洞百出，却是官方认可的定谳，白纸黑字，签字画押。
张汶祥刺马不惜性命处心积虑两年，就出于这么简单的动机？显然不能服众。因此从马新贻被刺起，关于张汶祥的杀人动机就有很多种说法。
一说马新贻在合肥办团练曾被捻军头目张汶祥俘虏，张久欲投清，就放了马新贻，并连同其友曹二虎、石锦标与马结为异姓兄弟。后马新贻编选张汶祥的降军为山字营，并屡立战功，很快就升迁到了安徽布政使，对三位出生入死的兄弟却逐渐冷淡。
这时正好曹二虎把妻子接来同住，马见曹妻美貌，不仅设法骗奸，还诬陷曹二虎“通捻”将其捕杀。张汶祥为替二虎报仇，将马刺杀。
另一种说法是，张汶祥最初与一个叫徐弁的同是太平军李世贤部战士。李世贤兵败后，徐投奔马新贻，成了马的亲兵，张汶祥则到宁波开小押店为生。
一次，张到杭州访徐，徐密告他说马新贻正私通甘肃回王准备反清（马新贻是回民），回王军队不日将南下，江浙一带由马负责征讨。