河南府大乱，陈奇瑜为了赶在年关到达之前，尽快平息河南府的乱象，他身为五省总督，用他的身份便利，引兵西向同陕西、郧阳、湖广、河南四巡抚围剿汉南农民军。
高迎祥、张献忠、罗汝才、李自成等部见朝廷军云集，误走兴安车箱峡。峡谷之中为古栈道，四面山势险峻，易入难出，唯一出口为明军所截。
李自成走投无路之下，遂又用起老计谋，收买了陈奇瑜的身边的部将，然后诈降。陈奇瑜本来还不肯，但经不住那些被收买部下的劝说，以及年关将近，他也想赶快结束这场纷争，于是最后他还是答应了李自成的投降。
至此，陈奇瑜终于把河南境内的农民军剿灭，他急于向朝廷报功，于是上奏朝廷提及河南境内农民军全灭的奏章。可万万令他没有想到的是，该死的李自成居然在三天之后，与押送他们回籍的小军官复叛。
押送的两百官兵悉数被杀，李自成也消失在河南境内，再无行踪。算算日子，陈奇瑜的奏折也到了京城，这会要想追回来显然已经太迟。
陈奇瑜顿时大怒，立刻彻查了身边所有的部将，最后查出两个被李自成收买的将领，当着全军的面砍了头。后又立刻写奏折上奏，解释他此次失利的原委，并把两个叛将的人头随着奏折呈送到京师。
崇祯先后收到陈奇瑜两封奏折，先是大喜后又大怒，当即以欺君罔上，虚报军情为由，直接就革了陈奇瑜的总督一职。后来崇祯又气不过，干脆又下旨想把陈奇瑜押解进京，以后再行发落。
好在朝中有言臣进言，称现在不是拿罪陈奇瑜的时候，不能寒了在前线作战将士的心。崇祯这才作罢，只是革去陈奇瑜所有的职务。
陈奇瑜侥幸留得一命，他也对朝廷大失所望，朝中局势他很是明了，以他如今赤子之身，对于朝中大佬已经没有任何的用处。想要从头再来，东山再起感觉无望，他干脆在接旨后卸去全身的职务，当天便收拾细软，带着依旧忠心的几个手下消失在众人的视线当中。
没有人知道陈奇瑜去了哪里，有的猜测他已经回老家，有的则怀疑他会前去投敌。总之陈奇瑜的消失在军中引起不小的风波，消息再次传到崇祯的耳中时，他勃然大怒，直接下旨通缉陈奇瑜，悬赏其人头白银五千两。
有洪承畴的前车之鉴，崇祯已经预料到陈奇瑜这次的消失，定然是前去投敌。只是目前他还未能掌握陈奇瑜会投奔于谁，他只有一点可以肯定，陈奇瑜定然不会前去投奔那些流寇乱民。
除去这个之外，陈奇瑜便只剩下两个选择，一是投奔还在大同徘徊不退的后金军，二就是依旧投奔盘踞叶县的毛文龙。对于这两个势力，崇祯都不喜欢，投奔毛文龙还好说一点。如果是投奔后金那便是极大的危害，所以他不惜重金悬赏，势要除掉陈奇瑜。
崇祯怎么也没有想到，因为他追究了陈奇瑜的事情，让本来已经开始稳固下来的河南局势再次陷入混乱当中。消失了一段时间的李自成等人，在得知陈奇瑜的事情后，他们再次活跃起来。