对于漠南蒙古诸部。
皇帝趁热打铁，这次有漠南十八部来会盟朝贡，这些部先前被清分为两旗或三旗，也有一些部的王公还带着些人马仍跟着满清北逃。
朱以海把这十八部打散，分成三大部，左翼鄂尔多斯，中路察哈尔，右翼土默特。
鄂尔多斯原来的尹克昭盟七旗，改为河朔都护府，七旗加上其它几部迁来，改为十二都督府，狼山南北，黄河东西，置河朔都护府和十二都督府，额磷臣册封为汗，加封为顺承亲王。
以察哈尔迁至现苏尼特之地，以大青山北，东及大兴安岭的高原南部，阿布奈为察哈尔汗，苏尼特、阿巴噶等划入，设武川都护府，下设十二都督府，阿布奈封顺化亲王。
而东面赤峰以北，大兴安岭以东，以东土默特右翼的穆固为土默特汗，设兴安都护府，封穆固为顺义亲王，下设十二都督府，喀喇沁、扎鲁特、巴林等部分设都督府。
对漠北，是基本上按其现状划设都护、都督府，基本上没什么变动，但对于漠南蒙古诸部，则是大调整。
按报上来的数字，此时除了继续跟着满清的科尔沁等部，以及其它部一部份跟随的，现在归附大明的十八部，大约是有十八万户左右，科尓沁等未归附者仍有五万户左右。
比如鄂尔多斯七旗，就有四万多户，察哈尔部有一万多户，归化城土默特有近万户，算下来不到二十万户，人口有差不多百万。
漠北三大部数量少些，也有差不多四十余万。
加上漠西卫拉特四部和青海和硕特，以及草原上大量出家的喇嘛，总共两百多万蒙古人口。
朱以海把漠南的这近百万人口，分到三十六个都督府，平均每都督府五千户。
十八部，每部拆分成左右两翼，分为两个都督府，户数不够的，就从其它多的部落里拆出来补，有多的部落就分到其它少的。
通过这么一番拆分重组，形成了三十六个户数各五千左右的都督府，实际上两个都督府为一个部落，组成了一个万户。
朱以海还让各都护都督府按部下人口编成卫所，一个都督府下设一个卫，统兵五千，卫下设千户所，统兵一千，千户所下设百户所，统兵一百。
这些蒙古卫所，分为五番，轮流服役，一个卫，平时一千人为现役，四千人为预备役。不过现役的一千，也只是登记在兵册上，如果朝廷征召，需要这些在册的现役兵接受调令，只少数在役巡界守边防盗。
蒙古卫所统兵权在蒙古各都府护、都督府，由王公们统领，但卫所兵不得越界，如要出界需要得到朝廷的兵符调令。
王公们握统兵权，朝廷掌调兵权。
这个卫所制，大抵就是让蒙古部落，每户出一丁，五丁轮一现役当值，其余四丁预备。朝廷会派些教官或是长史之类的去卫所任职，不直接掌握统兵权，但可以随时监视这些蒙古兵。
不过就算在役的也只是在编，不打仗的时候，仍然还是在家放牧，只有打仗了，才会受召集结。
东土默特原两旗男丁只有四千多，他们组建两个都督府后，设立两个卫，下辖十所，但男丁不足，差了六千。
所以就要从人口多的鄂尔多斯等其它部迁一些人口进来，比如喀喇沁。
还有如巴林和扎鲁特两个曾经内喀尔喀五部之一，现在也是很残，都远不够一万户，所以就从鄂尔多斯等部拆人过来，苏尼特这几年兼并了许多人口，现在就要把多余的全都迁去不足的部落。
这样一番整合后，从大部迁去小部的牧民，从此就换上新部落名，跟原来部落没有任何关系了。
之前鞑子把漠南蒙古编为四十九旗，另外还有内属蒙古八旗归化土默特，以及外藩察哈尔部等，把原本二十五部分成四十九旗，也是经过了一番人口的调整补充的。
但各旗人口仍然相差不小，并不一样。
而现在朱以海直接给他们来了个均人口，把原来二十五部四十九旗，加上内属、外藩旗，全整合为十八部三十六都督府了，每部整合为一个万户，一些大的部落因此被迁走了很多人口，实力削弱。
而原来一些小的部落，虽然现在人口大增，也有一万户了，但他们分成了左右两翼两个都督府不说，而且大量外来部落人口迁入，也使的他们部落不再单纯，变的更复杂。
其凝聚力反而可能下降了。
三大都护府，各统六万户，但现在又分成了十二个都督府。
初步形成了一个全新的平衡。
左中右三路势力相当。
而且漠南、漠北蒙古各三个都护府，实力也相差不是太大，虽然漠南人口更多，但有瀚海沙漠，做为天然隔绝。
在青海卫藏的和硕特汗国，大约有二十万，留在天山的卫拉特四部，也是几十万。
所以漠西和漠北也大抵是势力相当。
“削腾机思苏尼特汗号，降为珲台吉，改封为恭顺郡王，入京恩养随侍。苏尼特部左右两翼各设都督府，以叟塞为右都督，以腾机思子巴图为左都督，各加诺颜，封国公。”
苏尼特抢掠来的人口、牲畜、奴隶全都归还各部。
数罪并罚，开恩十罚其一，最后总计罚苏尼特驼一千，马五千，牛一万，羊十万只。
漠北漠南蒙古各部手里的汉人奴隶，全都由皇帝出银赎回中原。
又经过数日的商议，最终确定了漠北漠北六都护府，七十二都督府的界线，各都督府的贵族们半年一会盟协商解决纠纷，各都护府的大小王公贵族们，则每年举行一次会盟。
漠北和漠南各两年一次三大都护府的会盟，而大漠南北，也叫蒙古本部或东蒙古，是三年一次南北会盟，会盟地点就在从伦。
漠西卫拉特和青藏和硕特，也安之前朝贡定下的盟约，都督府内半年一会盟，都护府一年一会盟，漠西和青海则三年一盟，会盟定点定点敦煌。