纵使联邦政府在纸面上有如此之多的优势，有很多张牌可以打，北方民主党也承认了共和党执政，林肯作为总统的合法性。
刚刚就任总统的林肯糟心事可一点也不少。
尽管联邦完全控制了巴尔的摩，马里兰州全境，特拉华州全境，确保了华盛顿以北地区的安全。林肯不用担任刚上任就不得不需要打一场首都保卫战。
但发生在巴尔的摩的不愉快事情还是极大地损害了联邦政府的形象，让联邦政府失去了部分南方摇摆州的民心，致使这些南方摇摆州彻底投入了南方邦联的怀抱之中。
1861年3月2日，堪萨斯领地传来一则于联邦政府而言糟糕得不能再糟糕的事情。
负责堪萨斯领地防务工作的朗斯特里特将军公开宣布易帜，将堪萨斯领地大部分军事设施以及两千多名能战善战的精兵完好无损地全部移交到了南方邦联手中。
在堪萨斯上空飘扬的星条旗全部都被降下，取而代之的是代表南方邦联的星塊旗。
“谢天谢地，至少卡伦中校还是忠于联邦的，我们仍旧控制着曼哈顿军堡，堪萨斯西北部还是属于联邦政府。”
战争部长斯科特看着电文上南投军官的名单，南投部队的番号，见卡伦中校和他的部队没有投向南方邦联的怀抱，不无欣慰地说道。这是坏消息中位数不多的好消息了。
由于北方缺乏有名望，有能力的高级将领，林肯环顾周围，也没有找到一名适合担任战争部长的人选，北方实在是太缺乏将才和帅才了，因此林肯还是决定让斯科特留在内阁担任战争部部长。
尽管这位被认为是北方宿将，合众国资格最老的将军，他的家乡同样是在人杰地灵的弗吉尼亚州。但林肯别无选择，林肯和军界的交集不深，他的交际圈很少有军界的朋友，无人能够胜任战争部长一职。
“这确实是一个好消息。”林肯拟电对卡伦中校这位联邦的忠诚军官进行嘉奖。
没想到到了第二天，也就是1861年3月3日。
卡伦中校宣布效忠西部的美洲共和国政府，并接受了美洲共和国总统梁耀的上校任命。卡伦的部队也被改编为共和国国防军的堪萨斯团。
至此，联邦政府完全失去了对堪萨斯的控制。
堪萨斯的大部分地区成为了南方邦联的领土，堪萨斯西北部以曼哈顿军堡为中心的一隅之地，则是并入了西部美洲共和国的版图。
在收到卡伦叛变西部的消息不久，林肯和他的内阁又收到了驻守在卡尼的梅森上校的求援信，梅森上校恳请战争部向卡尼地区至少增派两到三个团的兵力，最好还要有炮兵团。
卡伦的叛变意味着梅森的卡尼军堡已经陷入了西军两面夹击的处境之中，用来遏制北普拉特西军东出的卡尼要塞已经岌岌可危。梅森上校的担忧也在情理之中。
增兵？林肯和斯科特又何尝不想向卡尼地区增兵。
联邦政府手里的常备军和志愿军本来就不多，堪萨斯的驻军投向南方之中，联邦政府的17000名正规军骤减至14000人，并且这一数字还在不断减少。联邦军队中越来越多的军官和士兵越界前往南方加入了南方的军队中。