不在场证明，暗号，作案手法，交易，一个充满神秘的黑暗组织。千钧还在安慰梅琴，“志保应该还活着，你就不要太担心了。”梅琴还在发愁，“可怎么样她才能从组织里逃出来呢？”千钧道，“别想这么多了，我陪你去逛街或者看电影好了……”二人正在亲昵商量行程之际，阿笠博士打来电话，让千钧过去一趟，“有件很奇怪的事情，跟你有关系。”千钧纳闷，只好过去看看。千钧来到阿笠宅，见到了那个茶色头发的小女孩。千钧目瞪口呆，他已经知道这是谁了。不错，这个女孩就是宫野志保，跟她小时候是一模一样的。志保和千钧分别时还很小，现在的样子只比那时候稍大一些。
二人久别重逢，分别十几年才相见，格外激动。阿笠博士已经给她起了新的名字，灰原哀。尽管宫野志保不大喜欢这个名字，但还是勉强接受了，因为她记得千钧说过，“你长得很像一个叫灰原的女孩。”千钧弯腰将灰原抱起来，“真的是你吗，志保？”灰原伏在千钧怀里，眼中也都是泪水，“现在我叫灰原，没想到你当年的戏语竟然会变成真的。”博士问道，“千钧，她真的是你正牌子的女朋友吗？”千钧苦笑，“儿时的戏语，一点都没错，如假包换的宫野志保。”博士松了口气，“那我就放心了，开始我还以为这个小丫头在胡诌呢，幸好有新一的前例。”这正是，“十年生死两茫茫。不思量，自难忘。相顾无言，惟有泪千行。料得年年断肠处，明月夜，短松冈。”
十几年没见，千钧和志保有很多话要讲。二人足足谈了一晚上，灰原还逼着千钧唱了那首《长亭送别》。千钧感慨万千，读了一首宋词，“彩袖殷勤捧玉钟，当年拚却**。舞低杨柳楼心月，歌尽桃花扇底风。从别后，忆相逢，几回魂梦与君同。今宵剩把银釭照，犹恐相逢是梦中。”灰原现在是小女孩身体，倚在千钧怀里沉睡，“你这个怪样子肯定没有女朋友，我就勉为其难继续当你女朋友好了。”
千钧苦笑，还不知道怎么跟灰原解释，难道说一时把持不住跟人家姐姐发生了关系？前几天灰原因为被雨淋生病，身体还没有完全恢复，这次相见又特别激动，所以很快陷入沉睡中。千钧犹豫了一下，觉得为了安全起见，暂时不能把梅琴的真正身份告诉灰原。因为灰原的相貌与志保小时候一般无二，很容易暴露。如果她们姐妹相认，梅琴也马上有暴露的危险。而现在的情况是，所有人都认为宫野明美已经死亡。
不过，千钧还是将灰原的真正身份告知了梅琴。梅琴激动万分，不顾千钧的劝阻，马上跑到博士家去照顾体弱的灰原。阿笠博士很奇怪，不知道梅琴为什么那么喜欢灰原。梅琴抱住灰原嘘寒问暖，忙前忙后，亲自下厨给她做好吃的。梅琴也知道自己的身份干系很大，一旦出事后牵连到千钧等人，就没有说破自己的真正身份。灰原感觉到梅琴身上有熟悉的气息，但梅琴的相貌与姐姐一点也不一样，包括一些习惯都对不上。灰原暗道，“也许是巧合罢了。”千钧介绍梅琴，“这是我们藤笠公司的经理，梅琴雨音小姐。”虽然二人没有相认，但梅琴坚持让灰原喊自己姐姐，让千钧头疼不已。幸好组织的事情，双方都一句也没提。
为了让灰原有个合法的身份，千钧跑前跑后，托了不少关系和人情，总算让灰原哀成了合法的日本公民。相关的身份证明办完后，千钧和阿笠博士、梅琴三人商量后，决定送灰原去上学。说起来，宫野志保还真的没有正式上过小学。为了不引人怀疑，灰原只好接受了这个安排。学校就选择了帝丹小学，阿笠博士以灰原监护人的身份，亲自去办了入学手续。
灰原第一天上学，梅琴亲自开车去送。灰原总觉得这个姐姐有些热心的过头，可又非常喜欢她这种呵护，觉得像理所应当的一样。至于那些乱七八糟的关系，千钧没敢告诉灰原。灰原还以为千钧真的没有女朋友，梅琴有些羞愧，就没有说破。在梅琴看来，只要妹妹安然无恙，就算变小，也不是什么大事。梅琴暗自祈祷，“爸爸妈妈在天保佑，我和志保重逢了，以后我们再也不会分开。我会照顾好妹妹，不会再让她落入组织手里。”组织的魔影，似乎暂时离开了宫野姐妹的头顶。
这天，新学期开学。帝丹小学，步美在四处宣扬，据说有一个新的转校生要来1年级B班，她在小林老师的办公室听见的。这应当是柯南之后第一个转校生，光彦等人非常好奇。步美满心期待，“是怎样的人呢？”元太希望是可爱的女孩子。光彦认为不管是男生还是女生，个性最重要。步美问道，“柯南，你觉得会是怎样呢？”柯南从书包里取出数学课本。最近这一阵子千钧神神秘秘的不知道在做什么，所以柯南有些疑惑。听完步美的话，柯南随口道，“我看一定是死读书的书呆子。”步美笑道，“这么说来，你认为是男生了？”元太问道，“步美，你在职员室没看到吗？”步美说没有，“我只听到了名字，叫做灰原。灰色的灰，草原的原。”
元太觉得很拗口，光彦道，“这个姓氏还真奇怪啊！”元太大笑，“总比柯南要好多了吧！”柯南黑脸，“要你管！”说话间，小林澄子带着灰原来到教室，孩子们一阵欢呼，“是个女孩子！”“好可爱啊！”小林老师让大家回座位坐好，柯南吐槽，“不过是个女孩子，有必要这么兴奋吗？”小林老师将灰原哀的名字写在了黑板上，“从今天开始，这位同学就要跟大家一起学习，她就是灰原哀同学。希望大家能够跟她好好相处。”孩子们一起喊好，小林老师很满意，接下来准备安排灰原的座位。元太大声呼喊，“我旁边没有人坐。”灰原早就看到了柯南，“这就是千钧的那个搭档，平成年代的福尔摩斯，跟我一样变小的家伙，工藤新一。还是蛮有趣的。”
灰原直接走到了柯南的座位旁边，冷冷坐了下来，一句话也没说，将书本取出来。大家都有些吃惊，元太非常失望，“什么嘛，摆一张臭脸！”柯南有些诧异，灰原淡淡道，“请多多指教。”柯南只好回应了一声。光彦却叹服，“好酷啊！”步美认为灰原一定是刚来太紧张了。小林老师击掌，宣布开始上课。柯南发现，灰原在课堂上非常认真，虽然一句话也不说。灰原也在观察柯南，她发现柯南根本就是心不在焉，从来就没有认真听讲。灰原叹气，“看来扮小学生，不是那么容易的。”
放学后，灰原独自向外走，有个老师喊有灰原电话。梅琴本来打算来接灰原的，但是公司有紧急的事务要处理，只好打电话到学校办公室，让灰原先自己回博士家，“小哀，要不让千钧来接你吧？”灰原道，“不用了，梅琴姐姐。我自己回去就行了，学校到那里很近的。”梅琴叮嘱几句，“你要注意安全啊！改天我带你出去玩。”灰原等梅琴唠叨完，挂断电话，露出笑容，“梅琴姐姐还真是啰嗦，这一点跟姐姐一样。”从办公室出来后，步美在后面喊灰原的名字，“我们一起回家，好不好？”灰原冷冷看了步美一眼，继续向前走。步美很是尴尬，没想到会被对方拒绝。
元太走过来，“不要管那个冷淡的女人，一点礼貌都没有。”步美不以为意，“她刚来，跟我们也不熟悉，会拒绝也正常。”文乃走过来，“不过，这个灰原真的很可爱，好有气质……”光彦已经追上灰原，“请问，你家在哪里？你是刚搬来的吧？”步美跟上来，“你不用客气。我已经听到了，你家里人不能来接你了。我们几个可以送你回家的。”灰原忽然开口，“米花町2号街22号，那里就是我现在住的地方。”说完话，灰原冷眼观察柯南的反应。柯南咦了一声，元太问怎么了，柯南说没什么，他觉得这个地址好像有些熟悉，“应该就在我家附近。可是那附近应该没有什么公寓或者楼房。有姓灰原的人家吗？”
灰原猛然回头，向柯南冷笑一声，暗道，“这个笨蛋还没有反应过来，名侦探吗？我看是徒有虚名！也对，跟千钧那个笨蛋在一起的家伙，能有多高明啊！”柯南看到灰原的表情，有些莫名其妙。文乃问怎么了，元太嘲讽，“柯南，你该不会喜欢上那个冷淡女人了吧？”文乃大为紧张，柯南急忙矢口否认，“绝对没有。”文乃松了口气，“对啊，柯南不喜欢这种类型的女孩。”
来到换鞋的地方，光彦隆重介绍了少年侦探团的光荣事迹。灰原取出鞋子，“少年侦探团，你们吗？”光彦宣称为了解决委托的案子，少年侦探团在日夜活动。步美热情邀请灰原加入侦探团，灰原随口问道，“江户川同学也加入了吗？”元太蹂躏柯南的头，“没错，虽然看起来靠不住，但这个家伙是我的手下。我是少年侦探团的团长。”文乃讲，元太的鞋柜是侦探团接受委托信的地方。灰原看到鞋柜上写着，“征求困难案件，1年级少年侦探团。”光彦道，“大家的委托书都会丢到这个箱子里面来。”元太强调，“不过，我们没有告诉老师哦！”柯南好笑，“老师早知道了。”
元太吹嘘每天都有很多委托信，“都是请求我们帮助他们解决谜题的，还有很多有悬念的案件。”可是鞋柜打开后，里面只有元太的鞋子，没有看到一封信。少年侦探团都很尴尬，元太自我解嘲，“平常都是满满的，今天大概是例外。”柯南毫不客气揭穿，“平时也没什么委托信。”柯南转移话题，“我们赶快回家，然后去公园踢足球吧！”孩子们一致赞成，灰原觉得没什么意思，“我要回去了。”在穿鞋时，元太发现鞋里面有一封委托信，大为欢喜。
这封信来自1年级a班，委托人俊也在教室等大家。孩子们很高兴，一起过去。步美招呼灰原，“一起去吧。”出于好奇，灰原决定去看看他们搞什么把戏。来到a班教室，俊也已经等在那里了。据他讲，他的哥哥突然不见了。元太怀疑是绑架，光彦却记得以前有过类似的案件，文乃和步美也想起来了。元太反应过来，“喂喂，你说的哥哥不会是你家的猫吧？”俊也很生气，“当然不是。”俊也的确有个哥哥，比他大十岁，在一个星期前的傍晚不见了。他哥哥离开的时候，只说去朋友家一趟，没想到一去不返。警察也帮忙寻找了，可是到现在还没有找到人。
俊也决定找少年侦探团帮忙，或许能有些希望。光彦问道，“那你有没有接到恐吓电话？”俊也说没有恐吓电话，元太认为俊也的哥哥不过是离家出走罢了。俊也坚持哥哥不会离家出走，“因为哥哥跟我的感情很好。”侦探团对这个理由不能接受，文乃道，“也许是你哥哥有事情暂时离家几天。”俊也很失望，柯南道，“总而言之，还是先去他家里看看再说吧。去了以后再说细节。”俊也大喜，向柯南道谢。元太大吼，“少年侦探团出动！”灰原犹豫要不要去，步美已经拉住她的手，“走了，灰原同学。”灰原只好跟着他们一起前往俊也家。
俊也家的门口停着一辆警车，孩子们都跑去参观警车，很是兴奋。光彦道，“这是一辆标准规格的警车，里面都已经被改造成最新型的设备了。”元太问道，“无线对讲机装在哪里呢？”光彦指给他看，“就在副驾驶位那里。”元太很兴奋，“不知道能不能用这个来定制鳗鱼饭呢？”光彦道，“我现在想订披萨。”灰原好笑，“一帮小屁孩，也敢号称侦探团！”柯南火大，“你们几个，我们到底是为了什么来这里的呢？”