来到上面，漆黑一片，元太嚷嚷奇怪，文乃说太黑了，步美也道，“什么都看不见。”博士找到了窗户的位置，打开窗户，亮光照射进来。柯南发现，地上有雕刻过的几枚一元硬币散落，还有一些画油画的颜料。步美隐约看到桌子上似乎有什么东西，元太喜道，“是宝藏吗？”4人兴冲冲地走过去，看到东西却吓得魂不附体，瘫倒在地。柯南疑惑，“怎么了？”几个人结巴，“骷……”柯南抱怨，“什么啊？说清楚一点嘛！”步美尖叫出声，“是骷髅！”柯南和博士一起叫起来，“什么？”
二人走过来，柯南上前检查，那是个死人趴在桌上，已经变成了骷髅，但头发还在，头下压着日月星的暗号图纸，似乎是未完的信。阿笠博士惊疑，“这人是谁啊？”柯南道，“我不是说过吗？这里住着一位手指灵活的老人。刻一元硬币和画暗号的人，一定是他。”博士问道，“他是被杀的吗？”柯南摇头，“不，他是在写信给你姑姑的时候去世的。”柯南找到了小药瓶，“他的心脏似乎不大好。”博士奇怪，“但是他为什么会在这个房间里呢？知道这里的应该只有伯父和姑姑才对。”
柯南道，“应该还有一个人吧。你伯父去世前曾经出现在这里的人物。”博士一愣，“伯父去世前？咦，那个画家？”柯南道，“对，暖炉旁边你伯父和姑姑的画像，就是画那幅画的画家。我想他大概是在画画时，听你伯父提起过这个房间的事情吧。”博士问道，“但他为什么要住在这里呢？而且还要用暗号写信寄给姑姑。”柯南在房间找到了一样东西，扔给博士，“我想大概是因为这个吧。”博士接过来，这是一个类似于方砖的东西，“这是……20元美钞的模板！假钞！”
柯南道，“对，大概是受人委托制作的，但是后来可能良心不安，便和模板一起消失，为了躲避某个人才偷偷住在这里的。之所以写信给你姑姑，是想感谢她让他能住在这里。会用暗号，是不想让别人知道他躲在这里。”博士道，“那么，姑姑所说的偷信的那个人……”柯南道，“对，应该就是制造伪钞的委托人，也是将博士藏起来的玩具破坏的人。”楼梯上传来沉重的脚步声，一个中年男子走上来，“高明，完全正确！”孩子们大惊，急忙躲在柯南后面。
男子名叫奥田伦明，浑身杀气，留着短须，右手持枪，“好不容易找到他，以为可以得到那个模板，没想到里面竟然是玩具。所以我把它们给割烂了。因为我听说他和别墅的主人很熟，所以一直怀疑他还躲在这里，就跑过来看看。没想到还有这个秘密房间。谢谢你们这些小孩了！”柯南恼怒，准备反击。奥田举枪准备射击，一道亮光闪过，奥田的手枪一分为二，奥田被重重击倒在地上。千钧出现在身后，右手所持，正是七夕剑。千钧笑道，“这就叫做螳螂捕蝉黄雀在后！笨蛋匪徒！”
孩子们一起欢呼起来，柯南松了口气。奥田没有想杀人，主要担心开枪打中模板会造成损坏，当然，他一旦拿到模板后，绝对会杀人灭口的。奥田挣扎问道，“你什么时候跟在我身后的？”千钧道，“从机关触动后，我一直就跟在你后面，就像你跟在孩子们后面一样。”奥田震惊，“怎么可能？我一点也没有察觉。”千钧搞怪笑道，“因为我会隐身术，哈哈……现在报警，然后送他去警视厅吧！”柯南却知道了这家伙的名字，“奥田伦明先生，你找这个模板很多年了吧？”奥田惊异，“你怎么会知道我的名字？”
柯南笑道，“是这位画家告诉我的。”奥田纳闷，“他已经是尸体了，怎么会呢？”孩子们害怕起来，以为真有亡灵。博士问道，“你怎么知道他的真名的？”柯南道，“是画家那封写了一半的信，里面的暗号所写的。。”千钧已经用绳子将奥田牢牢捆住，“原来如此。”博士道，“画家是想把这个假钞模板交给姑姑保管，才留下表明自己藏身别墅的暗号。”千钧问道，“你姑姑现在人呢？”博士有些遗憾，“去年去世了，享年76岁。而且还一直单身呢。”
柯南掀开了画家身侧的画像，画面上是个美丽的女子，正是阿笠定子的画像。千钧感叹，“说不定不只是为了答谢她而已吧！”柯南也赞同，“也许就是在画像时，他们彼此相爱了吧。这可惜这份爱，他们一直保存在心里，都没有讲出来。”博士纳闷，“啊？”柯南道，“没什么了。他们都不在了，这些都无法推测了。千钧，快报警吧！”
两个小时后，佐藤、高木警官等人带队赶到，逮捕了奥田伦明。简单做完笔录后，千钧和阿笠博士带着少年侦探团踏上归途。由于太困了，孩子们都在车上呼呼大睡，柯南也哈欠连连。博士还是不大明白，“你爸爸说的那句话，。之后有一段时间他都叫我太阳博士。”柯南撇嘴，“什么嘛，原来是这件事。那只是比喻而已，比喻！好玩罢了。”博士疑惑，“比喻？”柯南拿出那张暗号表，“用它来拼写博士的名字……你看，全是太阳！”博士哈哈大笑，“原来如此！太好玩了！我是太阳博士！”
尾声，奥田伦明因强迫他人制作伪钞、非法持枪等一系列罪行，被法庭判处15年徒刑。少年侦探团因破获该起假钞案件，警视厅给以c级奖励。说起阿笠定子与画家的纯美爱情，静杨、直子、小雅等人都感动万分，同时也为他们最终没有结合而感到遗憾。
灰原却对柯南带回来的日月星暗号有些兴趣，还夸奖了柯南几句，继而嘲讽博士，“外人住在自家别墅好多年，都没发现，你可真够大条的。”阿笠博士尴尬，“我平时又不怎么去，怎么能怪我呢？”千钧笑道，“博士继承一栋50年不能动的别墅，已经够郁闷了，怎么会关注里面的情况呢？”灰原莞尔，“等50年满后，别墅却不得不重建了。”博士郁闷，“谁说不是呢？姑姑让人住在里面，却一直没有告诉我。”梅琴感慨，“也许她不想博士知道那个秘密吧！而且还把这个秘密隐藏到了过世，那份真情超越了生死时间啊！”