排练了一会儿后，光彦发现海部老师不见了。元太也察觉到其他三丁目的孩子们也不见了。文乃看见还有一个男孩和女孩在玩纸牌，就询问他们，可是两个孩子也不知道原因。步美心细，察觉其他孩子的人偶也消失了。元太道，“真的哎，老师的人偶也不见了。”柯南觉得事情的发展似乎有点像剧本了。元太猜测是不是回家了，光彦认为在这样的浓雾下是不可能的。听到外面似乎有奇怪的声音，光彦脸色大变。柯南带头跑到玄关处查看，可是雾太大了，什么都看不见。但柯南在屋子外附近发现了脚印。
等侦探团回到房间，发现原来在屋里的男孩和女孩也一起消失了，不见的还有他们两个人的人偶，现在只剩下了少年侦探团5人的人偶。柯南也冒汗了，“这玩笑开得有点大了。”步美害怕了，“这个与《无人生还》完全一样啊！”元太惊叫，“人偶剧变成真的了！”根据光彦的剧本，人被杀死后，人偶也会消失。元太让光彦别乱讲，文乃担心那些不见孩子的安全。柯南让大家冷静，“事情还不能断定。”
发现后门似乎有动静，柯南立即跑了过去。光彦和元太、步美紧跟而来，打开后门，外面依然是浓雾弥漫，但留有很多小孩子的脚印，还有一个大人的脚印。光彦怀疑是刚才站在外面男子的脚印。柯南却发现，两次的脚印大小并不相同。光彦记得高原管理员说过，今天租出去的度假屋，只有这里，其他的地方距离这里都很远。柯南断定，“这个度假区一定发生了什么事情。”光彦推测，“一定是度假屋风暴干的。”光彦认为强盗将其他人都抓走关起来了，然后趁机抢劫这个地区。
元太认可了光彦的推理，“那就让我们少年侦探团将度假屋风暴抓出来吧！”步美大叫，“少年侦探团出动了！”几个人嚷嚷着行动，柯南忽然问道，“文乃呢？”步美等人这才发现，文乃没有跟上来。柯南大叫不好，4人急忙向里面跑去。果然，文乃不见了，同时消失的还有她的猫咪人偶。元太三人都大叫起来，这才有点害怕。柯南觉得这件事太诡异了一点，“就算是度假屋风暴，带走小孩还可以理解，但是为什么连人偶也一起拿走了呢？完全搞不懂。”
柯南提议去报警，就去拨打电话，但是电话不通，似乎被人动了手脚，少年侦探团被困在了浓雾中。柯南决定去别的管理处，总会有人的。大家赞成，柯南去找手电筒和蜡烛，来的时候还看见过，现在去找不到了。光彦纳闷，“到了之后，我检查过，确实有的啊！”柯南无奈，“可能被人拿走了。”元太问道，“被谁拿走了？”光彦想当然认为是度假屋风暴。步美道，“雾这么大，没有手电筒，就算到附近的管理处也很容易迷路的。”
光彦建议先从这个屋里寻找线索，柯南觉得希望不大，但还是同意了，“希望千钧、高木警官他们能够及时赶回来。”为了不再被各个击破，光彦让步美和元太原地待命，自己跟柯南去寻找线索，柯南苦笑，“真是拿他没办法。”柯南让元太照顾好步美，就跟光彦离去了。步美叮嘱二人小心。柯南和光彦去了海部的房间调查，发现了一张附近的地图，其中几个度假屋还画上了记号。柯南在海部的行李袋中，发现了很多工具，比如扳手、螺丝刀之类。光彦对海部起了怀疑。步美和元太的叫声传来，二人急忙向回跑。
二人返回到木屋大厅，步美和元太也不见了，只剩下了柯南和光彦的玩偶，猴子与老鼠。现在只剩下两人了，光彦认为海部老师就是幕后的凶手，很有可能就是度假屋风暴，而地图和工具箱就是证据。光彦自信满满，“在浓雾下的木屋，最适合的就是人偶剧本。竟然连我们也骗，绝对不能原谅！”柯南质疑，“人不见了，可以讲通，可是为什么连人偶也不见了呢？这不像是度假屋风暴的做法。高木警官说过，度假屋风暴杀人不眨眼，凶残至极，绑架小孩不是他的作风。”光彦认为柯南想太多了，“能拿走的人偶的，只有海部老师。”
柯南认为最要紧的是先找到元太、步美和文乃，光彦赞成，“等千钧哥哥赶回来后，再抓度假屋风暴好了。”二人离开木屋，来到外面，冒着浓雾向最近另一个度假屋走去。幸好，那边的房间有亮光，不会迷路。二人来到外面从窗户向里观察，果然发现了孩子们都被捆住了手，元太似乎还在抗议，海部正在训斥。海部察觉有动静，看过来。二人急忙逃跑躲起来。海部将窗帘拉上了。光彦认为自己的推理完全正确，柯南却总觉得有什么地方不对劲。
等了好大一会后，二人再次接近木屋，透过窗帘缝隙向里观望，所有人都不见了。二人冒险进入木屋，果然没人。柯南抓起桌上的电话，依然不能用。柯南独自去二楼查找，让光彦留在原地待命。柯南来到楼上，没有发现什么，突然停电了，一片漆黑。光彦在楼下大叫，柯南发现了消失的人偶。楼下的光彦，听到了柯南的惊叫声，“快逃，光彦！”光彦大骇，摸黑向外逃跑，现在只剩下他一个人了，“我必须逃出去，找到怪哥哥和高木警官他们，只有这样才能救出大家。”而此时，千钧在全速向回赶，因为他发现柯南等人这边木屋的电话全部打不通了。高木和文良也发现了这个问题，知道不对劲，驱车快行。
来到外面，光彦沿着山路亡命奔逃，一边逃跑，一边大喊救命。后面人的脚步声急促传来，光彦惊慌失措，滚了出去。海部追上了光彦，光彦吓得魂不附体，大喊大叫。海部紧逼过来，光彦毕竟参与过多起大案，危急时刻，胆气反而上来了，奋不顾身地全力撞向海部。海部没有防备，被光彦撞得倒退，而后面就是山谷。海部跌了下去，光彦大喜，“成功了！”原来，光彦在危急时注意到了附近的地形，才会冒险那么做的。
光彦坐在地上大口喘气，柯南和元太等人都跑了出来，“糟糕了！”“危险啊！”“不好了，不好了！”孩子们齐心合力，将海部拉了上来。海部非常狼狈，向大家道谢。光彦糊涂了，“你们这是……”原来，海部老师要给大家做特训，让众人一个个来不远处的度假屋。光彦这个气，“怎么可以这样？我完全不知道啊！”海部笑道，“对不起啊，忘记告诉你们少年侦探团了。”光彦问起房间里面的工具，海部回答，“那是用来做一些简单道具的，希望大家利用道具能更快地进入角色。”
光彦不满，“那张地图呢？”海部笑道，“担心迷路才准备的，因为这附近雾很大。”光彦无语了，而拿走的人偶也是因为特训的缘故。元太嘲笑，“光彦，你怕的要死吧！”步美好笑，“元太自己还不是怕得要命。”而看到大家被绑，只不过是演得戏而已。楼上发现真相的柯南，也参了一脚。当时，元太提议，吓吓神气的光彦，步美和文乃立即附和。柯南吐槽，“你们这还算是好朋友吗？”听完真相后，光彦大受打击。孩子们笑成一片，光彦气愤地跑走了。
柯南忽然问，“海部老师，你为什么连电话线也切断了呢？”海部纳闷，“你说什么啊？我没有啊！”步美问道，“不是老师吗？”文乃也道，“怎么回事？”元太道，“不是老师的话，会是谁呢？”柯南觉得有些不好，随后，远处传来的光彦的惊叫声。真正的度假屋风暴，抢劫完成后，正要离开，好巧不巧地撞上了光彦。度假屋风暴就擒住了光彦，光彦拼命地大喊救命。海部带着大家急忙跑过来，度假屋风暴恼怒万分，拔出了手枪，“臭小子，想死啊！”文乃道，“这么说，切断电话线，拿走手电筒的人……”柯南肯定，“没错，就是他。真正的度假屋风暴干的！”
度假屋风暴露出狰狞的面容，“本来不想杀掉你们这么多人，但谁让你们倒霉呢！幸好我的子弹还足够多。”光彦知道不好，“大家别管我，快跑！他有枪！”柯南起脚踢飞了不远处的树桩，但度假屋风暴眼疾手快，直接用光彦做盾牌，挡住了树桩。光彦悲惨地成了肉盾，发出哀鸣。柯南大叫不好，“糟了，误中副车！”度假屋风暴恼怒万分，正要开枪射击。枪声却先响了，度假屋风暴的帽子被击落在地。千钧驾驶机车冲了过来，将惊慌的歹徒撞倒在地。千钧一个急停，扔下机车，踢飞了歹徒的手枪。柯南立即将枪抢过来，松了口气。
度假屋风暴刚刚爬起来，就再次被千钧击倒。孩子们发出欢呼，紧接着，高木和文良驾驶警车也到了，二人跑过来，擒住了半死不活的歹徒。高木警官大喜，“想不到事情这么顺利，抓住度假屋风暴了！”文良道，“还好没出大事。”柯南道，“好险，真是千钧一发啊！”千钧笑道，“是啊，幸好我及时赶回来了，否则……”柯南问起原因，千钧道，“他切断电话线，我们打不过去，再笨也知道这里出事了。”柯南笑道，“原来如此。”步美忽然让柯南闭上眼睛，柯南不情愿，但只好照做。
千钧查看，确认光彦伤得不重，柯南踢飞的木桩终究杀伤力有限。步美则向光彦道歉，“你实在太棒了！”然后亲吻了光彦的脸蛋，光彦喜上眉梢，“哇，我好幸福啊！”元太也喜欢步美，大为恼怒，一把揪住光彦，“混蛋，你这家伙，绝对不可原谅！”柯南睁开眼睛，有些莫名其妙。文乃道，“柯南，你也很棒的。”说着直接亲吻了柯南的脸蛋，柯南当场当机。步美不高兴，“文乃，你不可以这样！”文乃道，“为什么啊？刚才是你先亲光彦的……”步美和文乃吵成一团，元太追打光彦。高木警官干笑，“这几个孩子，太早熟了吧！”文良好笑，“谁说不是呢？”
三天后，市内举办了儿童会。孩子们的人偶剧也上演了，家长们，包括毛利父女都去观看了，演出中也闹出了不少笑话，漏洞百出。大人们都付之一笑，觉得很有趣。演出成功后，进行了合影。而就在这天，山本一夫接到了龙魂使者的暗号联络，在雾丘高原的密林峡谷找到了巴厘虎和爪哇虎的死后留下的少量痕迹，而二人的尸体却不翼而飞了。暴龙和剑齿虎快了秘密调查局一天，他们发现不对后，经过排查，抢先找到并运走了二人的尸体，并进一步销毁了一切痕迹，让秘密调查局扑空。
尾声，度假屋风暴因多次抢劫杀人，被法庭判处了死刑。高木警官擒获凶犯，受到警视厅内部嘉奖，让因病未能成行的千叶警官羡慕不已。千钧和文良也因为这次协助行动，得到了一个c级奖励。光彦则对柯南用木桩击中自己，耿耿于怀了好一阵子。