电影的拍摄已经结束，现在已经进入后期处理中。
剪辑那边，已经请到了《楚门的世界》剪辑师李－史密斯。
他是澳大利亚悉尼人，是个多面手。最早是干音效剪辑的，后来转行入电影剪辑并且越混越开。《机械战警2》、《空难遗梦》都出自他之手。
陈天都之所以找到他，是因为他在未来或会帮克里斯托弗－诺兰连剪五部片子，剪辑风格十分独特，兼具个人魅力，也很符合陈天都的观感。
尽管对李－史密斯有信心，但是剪辑过程中，陈天都依然全程陪同。万一他在剪辑的时候多剪或者少剪了一些镜头，都可能令他的新电影想要表达的效果降低几分。
所幸，两人虽然是第一次配合，一些想法却不谋而合，合作的非常愉快。
陈天都的胶片并不多，他的电影本就不需要太多剪辑动作。两人对电影节奏进行了探讨，都十分赞同快节奏的伶俐转换，这是剪辑最主要的依据——风格。既然在最重要的事务上达成共识，那么剩下的剧情剪辑工作就十分顺利了，居然只在一周内完成了剪辑。
搞定了剪辑，电影距离真正完成又近了一大步。
因为《黑客帝国》的特效工作并非是拍完之后才做，许多事情都是在跟随剧组拍摄而随时进行的。
整部一共有523个特效镜头，比原作足足多出111个特效镜头。由于《黑客帝国》包含大量特效镜头，加之革命性创新特效带来庞大的工作量，除了自己的特效公司manix外，特效总监迈克尔－辛基又联合了世界各地的五大特效公司。
矩阵自己负责“子弹时间”特效镜头。
“子弹时间”特效《黑客帝国》给人留下最深刻印象的就是“凝固时间”的场面：女主角崔尼蒂在旅馆跳起踢翻警察、救世主尼奥在楼顶躲避警探子弹的射击、尼奥和警探在地铁里飞起双枪对峙（把吴语森的招牌动作凝固在半空）。
这几组镜头都是把一个瞬间的动作时间放大了呈现在观众面前，然后带动观众从各个角度欣赏这个瞬间，表达出一种非现实的时间观点，更能融入影片的故事背景，同时在视觉上具有非常独特的冲击力，给观众造成了极其难忘的印象。
从视觉效果上来说，“子弹时间”是一种变相的慢镜头，它以正常的摄影机速度来展示子弹飞行、格斗等高速动作，于是看上去这些动作像是慢下来，但观众不但不感觉拖沓，反而将速度的快感无限扩大。
当《黑客帝国》中尼奥在旋转的运镜中缓慢地倾身躲避子弹，人们第一次真切地看见子弹的运行，看见子弹凝滞时的360度旋转的全景场面，惊异于这种用“慢速”来体现“快速”的效果冲击力。
这种以“慢”来体现快的方法，吴语森原先是最为兴致勃勃的实践者，他的那些慢镜头射击场景，对后来者都产生了深远的影响，这就是所谓的暴力美学。
而在《黑客帝国》中，则将这种方法用到凝固子弹速度这种极端程度。
陈天都更知道，在未来的时空内，《黑客帝国》上映后，“子弹时间”特效成了它的一块招牌，言《黑客帝国》必提“子弹时间”。
这个特效后来也是被模仿得最多的银幕特技之一，很多电影、电视和广告都对它进行了模仿，其中比较有名的有《霹雳娇娃》、《怪物史莱克》、《恐怖电影》等，“子弹时间”特效后来在《剑鱼行动》(2001)中得到了发扬光大，其开篇的爆炸场景简直酷翻了天。