1912年3月1日，南方临时政府总统孙中山终于提出辞呈，并向临时参议院推荐袁世凯接任总统之位。这当然不是其心甘情愿的，而是在内外压力下不得不做出的决定。
外部，列强除了日本之外没有一个愿意承认孙中山领导的临时政府，即便是日本也因为国内爆发的经济和社会危机，不得不放弃了对于孙中山的支持，甚至连中日合办汉冶萍的贷款案都收了回去。
而国内除了同盟会的少数同志，几乎不是支持袁世凯的，就是在冷眼旁观孙袁两人对于大总统一职的争夺。曾经被孙寄予厚望的东北革命委员会，孙原以为为了革命的大局，哪怕革命委员会受了一点委屈，也应该支持自己取得革命的成功再说。
但是革命委员会显然并不这么想，在撤离了南京的同志之后，便在清室退位后公开宣布应当以人民的利益为重，走和平建国的道路。革命委员会虽然没有明确表态支持袁世凯，但是对于南方临时政府的冷漠态度已经表明了自己的立场。
革命委员会和北洋集团这两个武力第一、第二的军政集团的联合，迅速击垮了本就失去了战斗欲望的南方联军。毕竟他们北伐的目标就是满清政府，既然满清宣布退位北伐诸军就失去了北上的大义。如果各省联军是同盟会一手打造起来的党军，那么同盟会还可以继续动员军队作战，直到把袁世凯从北京城赶出去为止。
但是各省联军的整军行动不过完成了一半就被临时政府叫停了，除了几只部队之外，其他省份的军队依然是听从于本省军政府，而不是临时政府的命令。再加上立宪派士绅又断了北伐军的资金来源，临时政府又叫停了深入基层的肃反运动，使得临时政府顿时失去了对于财政和军政的大半控制权。
老实说，孙中山能够支持到3月1日才向袁世凯低头，还得谢谢耿谨文之前在南京附近的肃反和对南京诸军进行的整军，虽然这两项运动都没有完成，但也算是增强了临时政府对于一些军队及南京周边州县的控制力。
但是这种控制力，还不足以让北伐联军明白继续北上进攻北洋集团，到底意义何在。在各省军人看来，清帝既然已经退位，他们的责任就已经完成了。至于谁来当这个共和政府的总统，他们其实并不怎么关心，他们只关心新政府将如何安置他们。
只是孙、黄等同盟会领袖，一个主张继续北伐，一个主张和袁世凯讲和，偏偏就没有人关心他们这些军人在革命完成后的待遇，大家的热情顿时就冷却了下来，对于南京的军令也就爱理不理了。
等到孙中山发觉军心已经涣散后，他也只好向同盟会内部的和平派及各省立宪派士绅妥协了。只是孙中山虽然认输，但还是颇不甘心的提出要求，袁世凯要当总统，就得来南方上任，定都南京。
3月3日，南京临时参议院选举袁世凯为临时大总统，议决临时政府仍设在南京，并电袁前来受职；未受任前，政务仍由孙中山继续执行。
袁世凯怎么肯上这个套，他旋即向革命委员会代表及北方士绅陈情，认为自己不能南下，国都也应当定在北京适合。
于是在吴川的授意下，革命委员会向南北两京通电，第一是表明北方的顽固势力太大，新政府南迁恐会出现旧势力的反扑，为了国家安宁计，国都还是仍在北京为好；
第二在满清的统治下，国家早就残破不堪，民众正等待着新政府能够做些实事以挽回人心。现在新政府应该考虑如何赈济战争中受害的平民，恢复各地的生产建设，而不是想着迁都这等华而不实的念头；
第三一国之都不可能放在外洋军舰的炮口之下，否则新政府该如何维护国家主权？临时参议院如果非要主张迁都，请先收回内水航行权，把列强的军舰从长江驱逐出去，则革命委员会必万分之赞成。
得到了革命委员会的支持后，3月5日袁世凯致电孙中山，正式表态拒绝南下，言：“北方军民，尚多分歧，隐患实繁，皇族受外人愚弄，根株潜长，北京外交团向以凯离此为虑，屡经言及。外蒙各盟，迭来警告，内讧外患，递引互牵，若因凯一走，一切变端立见，殊非爱国救世之素志;若举人自代，实无措置各方面合宜之人，然长此不能统一，外人无可承认，险象环集，大局益危。”