黑色灵石很是好看，石头表面光华，石内没有一点的杂质，阳光照射下会发出晶莹的光，虽然不能用来补天，但女娲把它天天带在身上，由于终日做重复的劳动，心里比较寂寞，就天天跟灵石说话。日子长了，灵石本就是天地间的灵物，又天天吸取了日月的精华，灵石就有了灵性，可以跟女娲说说话了，那时天地间没有几个人，女娲本也是上天选的神女，所以对有灵性的东西早就习惯了。通了灵力的石头更是成为了她最好的伙伴。
后来，灵石就有了灵身，是个白白胖胖的小男孩子，女娲给他起了个名字叫小石头，女娲天天要去采五色土，小石头天天陪着女娲上山采土，女娲要在洞里炼石，小石头也跟着在洞里边玩，那个时候补天洞还不是现在的样子，只是一个甬道直接通到了底洞。不采土也不炼石的时候，女娲会教小石头认字“小石头，你看这个字念天，这个字念地。”也会给小石头做饭“小石子到溪边去洗手，然后过来吃饭。”有的时候会教他认识其他的小动物“小石头，你看这个是麒麟兽，这个是朱雀鸟。”
再后来，小石头又捡了一只受伤的白色小狐狸，那小狐狸就成了他的小宠物了，天天摇着尾巴跟在小石头的后边。有的时间女娲的哥哥伏羲，会来山上看看她们。日子过得很快，很开心。
只到有一天，连降几天大雨后，狂风暴雨中，电闪雷鸣，其中一道天雷，通过山上的缝隙，直接就劈到了洞内的炼石炉，于是炉子停了，炉内的土没有炼成石子，这一炉的原料全都报费了。这还不算大事，最麻烦的就是女娲再次起炉的时候，才发现炉子没有办法起动了，怎么点都点不着，女娲找了好多材料修复炉子，好多天过去了，都没有修好。后来还是伏羲帮着妹妹找到了办法。
伏羲通过八卦推算出，那炼石炉所炼之石是逆天的，没有得到上天的准许。于是伏羲在炉内刻上天道七十二星，和太极阴阳八卦图，又开了坛祭了上天。结果女娲还是没有能够点燃炉火，于是伏羲再次推卦，发现是祭了天，却没有祭炉的原因，这祭炉需要即有灵力又有灵气的生灵活祭方可开炉。于是两人找来了年龄很长的灵龟，以及漂亮的灵鸟，水里的灵鱼，结果那个都没有成功。
天河之水从天上的大洞注入人间，生灵涂炭时间不等人。于是在一旁玩耍的小石头想到了办法，即有灵力又有灵气还是活的生灵，就只有他最符合条件，他愿意为了人间的太平而牺牲自己，用自己去活祭炼石炉。女娲并不同意小石头的提意，伏羲也不赞同，但接下来二人又试了几种生灵依然没有成功。
天河之水越注越多再等下去，人间就要变成汪洋大海了。女娲只得忍着眼泪将小石头抱入炉内，“小石头，天下苍生会感激你的，我也永远不会忘记你。”“女娲姐姐放心，我一定不负众望，会让炉子重新起动的。”跟小石头做了最后的告别后，伏羲将炉盖封上，又一次开坛祭炉，女娲再次念动咒语，这会炉火很快就燃烧起来了。一颗又一颗的五彩石从炉内炼出，而小石头却再也没能出来。女娲补天后将炉内清理干净，没有见到小石头的原形，以为小石头被火融化后和别的五色土一起炼成了五彩石补到天上去了。后来她飞升上天后，经常去看她补的那块天，她一直以为那块天里有她可爱的小石头弟弟。那个胖胖的，天天粘在她身边，会下河捕鱼上山捉鸟给她吃，把自己弄得脏兮兮的小石头。
而伏羲在做了天地后，有一次派金甲神去封印凶兽祸斗。想起了那个炼石炉，于是他亲自去看了炉子，却发现在他刻的八卦图的阴阳鱼中，那阴鱼眼的白洞什么都没有，而阳鱼眼的黑洞里多了一块黑色水玉灵石，那阳鱼眼本来就是黑色的洞，阴鱼眼是白色的洞，所以不细看不会被发现，而且那石头跟黑洞很契合，所以其他人也会认为那是刻八卦时特意放进去的。这八卦是他所刻，他当然知道那本是什么都不有的。而如今多出来的他马上就想到了小石头，只是这块石头要比小石头以前更加璀璨夺目，更加晶莹剔透，而且形状也不太一样。
于是他拿出随身带的八卦，推算了一下，只算出那石头跟炼石炉有关，也没有明显算出它是不是小石头。为了不让女娲再次伤心，他将黑水玉灵石跟其它炼石没有成功的石头一同放到了山上，还为它找了一个很有灵气，便于修炼的地方安置了它，其他的就要看机缘巧合，天地造化了。
日复一日，年复一年，其他的石头大多被水冲走，或是被风化了，只有黑水玉还在那里，但很多年了一直没有变化，后来天地都不怎么关注他了，大家也只是知道他是试炉炼出来的，别的也不知道了。所以黑水玉化了灵身，当时就被天地知道了，天地一直默默的关注他，还找来当年的白狐，现在九尾白狐，也就是灵狐一族的祖先，去试探过他，结果发现他没了以前的记忆，再次推算八卦也还是没有给出他想要的推算结果，这样的推算结果不是他推算得不对，只有一种可能就是这个答案是天机，不可窥探。他要强行推算也是会得出结果的，但他漏了天机也会受到相应的惩罚。所以他只能暗地里观察黑水玉，而没有告诉女娲。