蒋介石在太原的最后一天，联合政府公布了由华毕成呈报的，各方最为关心的全国武装部队整编方案，全国之武装部队分为五大军区：西北军区、华北军区、华中军区、西南军区、首都军区。
华北军区暂以太原为司令部所在，朱晋一任司令官，有二十个整编步兵师，艾英雄的一个装甲战车师，空军十个战斗机中队和十个轰炸机中队，针对华北未光复领土和东北进行作战部署，以军区之内包括100师在内的原30集团军所属的100军、27军、55军为骨干，对阎锡山的晋绥军和卫立煌的14集团军，裁汰老弱，打乱重组。裁汰的老弱士兵转入后勤和正在组建的工程兵部队。
阎锡山和卫立煌被华毕成调入国防部担任副部长，对于晋绥军和14集团军的师长以上军官也大都采取了类似的明升暗降之法，对团长以下优秀基层军官选拔提升，并且大量补充新兵进行整训
西北军区的司令官是华毕成的另一个心腹赵建新担任，实际控制宁夏、甘肃、青海，名义上还控制新疆、西藏，主要是从事生产建设开发，并策应华北军区反攻东北三省，下辖编制十个整编师，另有两个师计划升级为摩步师，新列装的第二个装甲战车师也归西北军区。空军有五个战斗机中队以及五个轰炸机中队。
华中军区司令部设在湖南省府长沙，在华毕成的力主下，由薛岳担任司令官，所属兵力四十万，负责湖北、湖南、江西、广东四省的对日作战行动。
西南军区司令部设在重庆，全部为蒋介石的嫡系军队，蒋介石以大总统的身份亲自兼任西南军区司令官，此举一是为牢牢抓住枪杆子，二是可以有借口不去被华毕成控制的西安就职。
首都军区的兵力主要是原30集团军孙蔚如的38军改编的两个整编师，由孙蔚如担任司令官，驻扎在关中一带。
华毕成的整军方案在编制上取消了军一级的设置，参照德国陆军为蓝本，师一级进行了大规模扩充。新的中国国防军步兵师共17200人辖师部、侦察营、通信营、3个步兵团（每团三个步兵营）、炮兵团、反坦克营、工兵营、师辎重队。
师部：158人，轻机枪2挺，摩托17辆，轮式车辆31辆。
侦察营：625人，轻机枪25挺，重机枪8挺，75毫米反坦克炮3门，20毫米防空炮3门，50毫米迫击炮3门，81毫米迫击炮4门，75毫米步兵炮2门，装甲车3辆，摩托45辆，轮式车辆30辆，马车3辆，马213匹。
通信营：474人，轻机枪17挺，摩托32辆，轮式车辆103辆，马车7辆，马52匹。
炮兵团：2500人，轻机枪32挺，105毫米榴弹炮36门，105毫米火炮4门，150毫米榴弹炮8门，摩托40辆，轮式105辆，马车229辆，马2274匹。
反坦克营：550人，轻机枪18挺，75毫米反坦克炮36门，摩托45辆，轮式114辆。
工兵营：843人，轻机枪34挺，反坦克枪9支，火焰喷射器20支，摩托44辆，轮式87辆，马车19辆，马52匹。
师辎重队：2300人，轻机枪30挺，20毫米防空炮8门，摩托88辆，轮式车辆253辆，马车245辆，马735匹。