然后，阿亮来到关押冬月的地方，救出了他。
而后美里也得到了释放。
美里问起阿亮怎么样了，来人并不知道。
这个时候，阿亮出现在一间仓库，门打开了。
阿亮知道是谁来了，说道来的太慢了。
美里回到家，说到了阿亮的留言。
他说自已大概已经给她造成很多麻烦，他向美里道了歉，并且委托美里给自已的花浇水。
最后她说真相和你筒子啊你不要困扰勇敢向前，如果还可以再见的话，就会说出8年前的那句话。
美丽听完留言哭了出来。
明日香在同步测试时候想起自已的麻美。
患有精神病的妈妈，经常将洋娃娃当成自已。
心情不好的明日香，同步率直线下降。
赤木开始下令直接以修复零号机为优先，暂且放弃了二号机。
美里得到了从上面传来的情报，全世界正在7个地方建造了13台EVA，开始了量产。
随着不断的测试，明日香和EVA的同步率越来越低。
电梯中绫波丽告诉明日香。
不打开心扉，EVA是不会动的。
而明日香则和绫波丽说，她只是一个人偶，完全按照父亲指示做事的人偶。
凌波回答就是这样，明日香打了他一巴掌。
这个回收在轨道上出现了一个使徒。
美里命令零号机担任攻击手，二号机辅助。
明日香却不服从命令，擅自冲了出去。
此时的初号机已经被冻结，无法出战。
二号机在雨中拿起武器，由于射程不足，二号机无法射击。
增时候一道光线涌入，使徒发动了精神攻击。
明日香出现了精神污染，混乱中明日香发动了攻击全都打空了。
赤木下令，让明日香撤退。
明日香却说，如果现在回去还不如让自已死在这里。
此时零号机扣动扳机，成功击中了使徒。
可是由于距离太远没有击穿使徒的AT立场。
赤木发现，使徒在测试明日香的精神波长。
她意识到使徒是想了解人心。
碇真嗣请求让自已出击，遭遇到父亲的拒绝。
随手父亲下令零号机来到下层，取出了朗基努斯之枪。
美里觉得第三次冲击只是一个骗局。
朗基努斯之枪穿透了使徒的AT立场歼灭了使徒。
而自身也突破了速度，一动到月球轨道回收是不可能的。
明日香被救了，但是非常愤恨救自已的是被自已嘲讽过的绫波丽。
明日香住在了班长家里，每天打着游戏。
她觉得自已没有驾驶EVA取得胜利已经失去了人生价值。
不管变成什么样都无所谓了。
上面对父亲下令拔出朗基努斯之枪非常不满。
父亲表示是逼不得已。
而上面似乎已经对他无法容忍。
此时又一使徒来袭，美里下令价格零号机发射出地面二号机支援。
初号机也会解除冻结。
使徒在天我看高难中而后迅速刺穿零号机的AT立场，进入了零号机体内。
开始了和零号的解除。
而哟与二号机和明日香的同步率不足俩为数根本无法前进，不得已被收回去。
绫波丽在驾驶舱痛苦万分。
这个时候父亲下令解除初号机的冻结。
不想初号机刚一出击就被使徒击碎了武器。
这个时候零号机的AT立场开始反转，绫波丽想要借此困住使徒。
美里让他赶快撤退，而绫波丽却说自已走了，AT立场就会消失，碇真嗣会有危险。
自已的心就是想和碇真嗣在一起。
零号机发生了爆破，在爆破前的最后一秒，绫波丽又看到了父亲。
使徒被消灭，赤木马上带人寻找绫波丽。
随后发现被严重损毁的仓管。
按照死海文书的记载，使徒只剩下一个。
上面决定加紧对父亲的控制。
凌波醒了过来，碇真嗣赶去医院，他说谢谢绫波丽救了自已。
绫波丽却不知道碇真嗣在说什么。
美里打开了阿亮给自已的东西，里面有阿亮想要告诉她的话。
美里好像走到了。
随后她找到了赤木，并且威胁她告诉自已关于据点的秘密。
碇真嗣也出现在现场，赤木带着俩人来到下面。
地下有无数半成品EVA。
赤木说碇真嗣的母亲就在这里去世的。
随后三人来到一个房间，他们看到里面有无数绫波丽。
赤木说这些都是没有灵魂的容器，说完就毁灭到了他们。
她好像也喜欢父亲，并且对绫波丽有深深的妒意。
随后跪在地上哭了起来。
明日香回想起母亲死去的事情，随后她失去了适合者的身份。
父亲询问赤木为什么破坏傀儡系统。
赤木说自已只是破坏绫波丽，而父亲其实从来不在乎自已。
碇真嗣在湖边，发现坐在石头上哼唱歌曲的男子。
他直接交出碇真嗣的名字，并且高速碇真嗣自已的名字是阿轩，是第五适任者。
大家丝毫都不知道哦啊他的来历，只是知道生日和第二次冲击完全相同。
同步测试开始了，阿轩居然做到了和二号机完全同步。
大家都有些吃惊。测试结束后，阿轩看出碇真嗣有些害怕和人解除。
阿轩告诉碇真嗣，不和人接触就会避免伤害。
但是并不可以忘记寂寞，因为人类本身是孤单。
但是也因为可以忘记，人CIA可以活下去。
他说碇真嗣的心如同玻璃一般纤细，值得自已对他有好感。父亲看着初号机，想到朗基努斯之枪已经不再。
只要消灭最后一个使徒，愿望就要试下。
碇真嗣没有回家，回到了阿轩的家中。
阿轩问他是不是讨厌人类，他说自已很讨厌父亲。
却很奇怪为什么对阿轩说这些。
碇真嗣回头看到对方看着自已。
他告诉碇真嗣，自已说不定是为李翔宇才是。
美里偷偷调查挨训的资料。
原来他可以在自已的一直下自由设定和EVA的同步率。
这个回收阿轩带着二号机向据点下去。
警报响了起来，又一使徒出现了。
美里发现二号机出现动了，可是明日香明明在病房，这不可能。
这时候据点出现了AT立场，阿轩就是使徒并且还在不断下降。
而这一切都是上面计划的，并且期待初号机完成最后计划。
父亲下令让碇真嗣去解决。
碇真嗣却无法接受阿轩是使徒，随后强迫自已跟上塌
初号机和二号机打了起来，阿轩说EVA和自已打手很提是一样，因为也是从亚当衍生出来，只要没有领就好。
碇真嗣刺向阿轩，但是阿轩的身上出现了AT立场这是任何人都拥有的心智比张。
此时二号机也刺中的初号机，他们一起来到据点。
为了避免第三次冲击，美里决定逼得不已时就让这里自爆。
没想到出现了强力的AT立场，俩台EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿轩抵达了中心位置，绫波丽居然也出现在这里。
阿轩发现十字架上的不是亚当而是莉莉丝。