在无法获知状况，只能呆呆望着海中的美里的耳边，突然响起了一个熟悉的声音。
“葛城——”
乘坐着垂直起降战斗机——雅克Brave改的，加持良治的身影出现在美里的视野中。
“加持！！”
美里欢喜地期待着事态的进一步发展，可对面传来的声音却显得十分轻松：
“不好意思，我有东西要送，先走一步了——”
随着这声音，雅克Brave就这样向着天空飞走了。
“居然逃走了……”
东治用一副哑然的表情望着天空，小声念道。而在那之前，美里的脸早已经气歪了。
使徒的动作在一瞬间停止了。而在那之后，又仿佛在寻找什么一般，就这么拖着二号机开始到处乱窜起来。
“我们被它拽住了！”
“哼，没问题的啦。”
二号机就这样被使徒拖着向着海底深入。随着一下巨大的冲击，使徒离开了二号机，原来是电缆伸到头了。
“这个位置的话，很理想呢。”
“你打算干什么？”
“好好看着吧。”
澪一边这么说着，二号机左肩上背着的那个棒状物体随之转向了正面。
笔直地对着使徒。
“输出功率63%，连接没有问题。……发射！”
闪光。紧接着是巨大的轰鸣声。
可真嗣却根本不明白发生了什么。
海中好像发生了什么事。随之，海面上掀起巨大的水花。
“发生了什么事？”
就在美里发出惊叫的下一个瞬间，猛烈的海流袭击了太平洋舰队。小型的军舰有的直接被海浪吞没，其他的也互相发生撞击，一艘接一艘地沉入海中。
美里一边奋力地抓住舰桥上的横杆，一边大叫道。
“这到底是什么一回事啊～！！？”
而在海底，二号机也被突然出现的旋涡卷了进去。
“呵——呵—呵—呵—呵，和预想中的威力一样大呢。”
“好像并不是……‘没什么事’那么简单吧？”
“嘛，反正歼灭使徒的目的算是……达成了吧。”
“……在那之前我们能回得去么？”
在插入栓中，澪紧紧地搂住真嗣。
“如果不行了的话……我们就一起死了吧。真嗣君。”
“我才不要呢，救命啊～”
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新横须贺港口。赤木律子前来迎接美里。
舰队中幸存的船舰接连靠岸。
“看样子，打得相当惨烈呢。”
“3分之1是因为使徒，3分之1是由于谜之冲击波而沉没。剩下的3分之1也都残破不堪呢。喂，我说，二号机的那个武器是什么？居然能绕过A.T力场直接把使徒歼灭，这不是比起屋岛作战时的阳电子炮还要高的威力吗？”
律子一边看着资料，一边回答道。
“……我也不太清楚呢。看样子是德国支部那里独自开发出来的武器。”
“这技术也未免太厉害了吧。那里有那么优秀的研究员吗？”
“但是……这份资料，把军舰卷进去的那阵冲击波是……这是，时空震动？……难道说，那武器是天使的背骨？”
“天使的背骨？那是什么？”
“不可能的，那东西不可能研制得出来的啊……”
律子这么说着，惊异地望着面前即将从船上被卸下来的金色机体——二号机。面对几乎从来不会露出如此惊讶表情的律子，美里也什么都说不出来地，用相同的眼神注视着二号机。
“哎呀，可真是波澜万丈的海上旅行呢。不过，用那东西真的不要紧吗？万一那时出了一点点差错，连同你儿子在内，整个太平洋舰队都会全部消失的哦。”
“没办法的事。不过从结果上来看，‘那东西’救了真嗣一命。光从这一点上来看，也算是个收获了。”
“为了测试一下二号机的性能……而这个就是为此而准备的诱饵，是吧？”
“是的。最初的人类——亚当。要把使徒引出来，用这个是最为确实的方法了。”
“人类补完计划的核心部分呢。不过，居然用这种方式使用它，委员会那里想必会无法接受吧？”
“总比直接在这里试用那门大炮要好吧。”
“……原来如此，我表示同意呢。”
然后，在NERV本部的入口处。
一个少女静静地注视着NERV的标志。
“神居于天，天下太平……吗……”
紧接着，少女微微露出笑容。那是像宠物猫一般的微笑。
“总算是……回来了呢……”
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“很久不见了呢……”