在温江府港的对面海域有一个小岛屿，叫着双屿岛，双屿岛面对大陆的有个双屿港。双屿港的建港历史并不久，但是在建港以来的仅仅二十余年间，它以飞跃的速度成为富庶得流油的经济港口。
就在二十多年前的嘉靖初年，葡萄牙人看到中国的茶叶、瓷器、丝绸等时尚货物质羡慕得流涎，于是妄图用炮火敲开明朝的大门，在广东西草湾开打了。
嘉靖元年，葡萄牙已经有一支千多人五艘武装船队在一个叫西芒的人率领下，越过非洲到达满剌加，并对当时的大明广东布政使司的屯门军镇虎视眈眈，非常希望占领该地，并向大明宣战。有个叫着麦罗?哥丁霍的葡萄牙人听说兄弟船队在西草湾跟明朝军队打起来了，心中大怒，我老葡在西方世界打遍天下无敌手，你古老的东方帝国也敢跟我老葡作对？于是急忙率领船队赶往西草湾增援。哥丁霍的性格不像西芒那样暴躁，他劝告部下力避冲突行为船队进入海港后，船队停下来，哥丁霍急忙上岸求见广东地方长官，请求允许他们和平贸易。广东地方长官置之不理，于是哥丁霍船队由屯门港退出，就在这时候，大明水师船队赶来了，双方展开了激烈的炮击。葡萄牙人哪里知道，你区区一支五艘战船的船队，哪里经得起大明水师的打击？葡萄牙船队很快被击沉三艘，两艘被击伤逃跑了。在西草湾之战中，明军缴获了二十门葡萄牙人的弗朗机火炮，对于葡萄牙人的这种火炮，明军官兵赞不绝口，立即开始大量仿制使此类型火炮从此成为了明朝军队中的制胜利器。
广东当局在经历了屯门之战后，下令不准中国人与葡萄牙人接触。中国战船一旦遇上悬挂葡萄牙旗帜的船只，就将其击毁。
实际上，早在葡萄牙人抵达中国海岸线之前，就已经接触到了出海经商的中国人。早在正德六年，葡萄牙名将阿尔布柯尔克带领一支由十七艘战船和一千八百人组成的远征军，进攻位于南洋地区的贸易重镇马六甲。马六甲本地官员一贯偏袒穆斯林商人而对中国商队严加盘剥，并且企图利用战乱打劫当时停泊在马六甲港的中国商船。这些船上的华商主动联络葡萄牙军队，表示愿意提供帮助。熟悉当地情况的华人也将马六甲城内的情况及守军情报透露给了这些新来的西方人。这是中国人最初同葡萄牙人的接触。
这些南下经商的华人并非私自出海的普通商贾。由于明朝已经严守海禁政策达半个世纪，普通人是无法期望自发出海进行贸易活动的。而南洋地区的诸多大宗商品，譬如胡椒等贵重香料都是中国无法自产的物资，所以官方在大规模停止下西洋活动后，在地方上依然允许一些地方商人在官方庇护下，定期南下贸易。葡萄牙远征军在马六甲遇到的华商正是这种具有明朝官方背景的官商。这些商人每年定期下海经商，在返回当时中国最大的对外港口广州后还要被抽取相当于货物总价值百分之二十的重税。除此之外，还要为地方官员进贡特定的贵重商品，作为孝敬。除了作为官方特许贸易的经营者，他们也是当时明朝少有的，可以帮助官方了解国外情况的眼睛。在阿尔布柯尔克与华商接触的第二年，中国商船如期返回马六甲，却没有带来国内产品进行贸易。华商首领直言不讳的告诉葡萄牙人，他们是替明朝官方来探查马六甲局势的。
葡萄牙人很快就开始计划继续从海陆探索中国沿海，寻找传说中的秦人。由于《马可波罗游记》在欧洲的巨大影响力，此时西方人脑中幻想的中国是一个遍地黄金的富庶宝地，所以到中国进行贸易往往成为伟大目标。随后的几年里，葡萄牙人以马六甲为基地，陆续向南探索了摩鹿加群岛等香料产地，向北抵达了泰国。他们发现，泰国人和一些南洋小国因为属于明王朝的藩属国，所以可以与明朝进行合法的贸易往来，并且也由于地方官的逐渐纵容，已经可以不按明朝规定时间朝贡，随时到广州进行贸易。于是马六甲当局便派出了几个商人代表搭乘泰国人的船第一次抵达了他们朝思暮想的中国，并在今天广东珠江口的屯门岛上竖立一座发现碑。这些探索者在完成贸易之余，也传回了关于中国的初步报告，巨额的贸易收入更让马六甲当局坚定了开发中国贸易的决心。正是有了这层铺垫，远在里斯本的葡萄牙国王曼努埃尔一世亲自下令，组织一支船队去中国，并派出了欧洲历史上第一位驻中国大使皮雷斯。
在接到国王的新命令后，皮雷斯带着葡萄牙国王给予的致明朝国书和赠送给皇帝的礼物，走马上任。一支由费尔南?佩雷兹?德?安德拉德率领的船队奉命护送这位大使前往中国。船队于正德十二年年抵达广东珠江口，除了途中与一伙中国海盗交火外，并无什么麻烦。船队在珠江口与明朝水师的船队打了照面后，随即在靠近广州城外时，并且出于善意鸣炮示意，惊动了当地官员。之后皮雷斯大使及属下便在地方官的安排下，在广州住下，一方面需要让他们学习中国礼仪，一方面也是要向远在京师的朝廷禀报，等待明朝皇帝的接见。
由于广州的外宾接待场所有限，且葡萄牙之前与明朝素无来往，不属于朝贡国，所以明朝官员不希望葡萄牙人大量滞留在广州。于是船队及大部分人退到了珠江口的屯门岛，并且在岛上建立了自己的临时据点。完成任务的安德拉德便率领西洋大帆船返回马六甲，只在岛上留下了数量不多的葡萄牙人。
正德十五年一月，驻华大使皮雷斯通过多方贿赂，终于获准带着自己的中国翻译火者亚三及若干随从由广州出发，并于五月赶到了南京。武宗皇帝当时正在南京，让皮雷斯等人跟随自己一同返回京师，并在进行接见了皮雷斯等葡萄牙人。从此，两国间贸易往来开始了。三个约后，武宗皇帝驾崩，朝中大臣们处死了火者亚三。皮雷斯一行人被朝廷下令逮捕，押解回广州关押。此时留在珠江口的葡萄牙人已经由安德拉德的兄弟西蒙.安德拉德接替指挥，他为了防御中国沿海频繁出没的海盗而在屯门岛上建立了小规模的防御工事。随后，几艘带有葡萄牙人的泰国船陆续从南洋赶来，又被明朝地方官拒之门外，双方的冲突已经到了激化的边缘。新继位的明世宗嘉靖皇帝在满朝愤怒大臣的怂恿下，下令驱逐葡萄牙人，禁止他们继续来华贸易，并要求他们退出马六甲。接着发生了广州当地守军进攻在屯门岛葡萄牙人的事件，葡萄牙人被广州当地守军赶出了屯门岛，逃回马六甲。
打又打不过，买卖也做不成，怎么办呢？于是葡萄牙人想出了一条路子——走私，你大明帝国不给我们发财的机会，我们就来暗的。于是葡萄牙人就开始在中国沿海干起了海盗的勾当。
葡萄牙人鬼点子多，搞海盗活动需要有合适的基地，于是葡萄牙人看中了双屿港。葡萄牙人试着在双屿港住下来，通过给温州地方豪绅富商一些甜头，葡萄牙人居然在双屿港站稳了脚跟。于是他们开始在双屿港搞建设。在陆续约二十年中，双屿港成为了一座新兴的“港口城市”，有一千多座建筑，其中包括两所医院，六七栋教堂，有一千多葡萄牙人常年居住在这里，加上日本人、葡萄牙人、暹罗人、婆罗洲人、琉球人和中国商人，岛上已经住有三千多人了。
在葡萄牙人在双屿港搞得红红火火，日本的浪人也纷纷云集于这里，中国沿海的不法商贾也在这里从事非法贸易。这样一来，日本、葡萄牙和中国三方走私在这里兴盛，港口出现畸形繁荣，入夜灯火通明，船只多到无处停泊。最有名气的倭寇有日本浪人松浦隆信、坂本伊文、伊东、近藤加、武藤源六郎、织田信义和海盗金子老、李光头、许栋、王直等都在这里大发其财。
虽然沿海的大明朝廷官员们不断向朝廷反映情况，要求铲除双屿港这个走私基地，这个海盗的自由王国，这个滋生倭患的毒瘤，但是朝廷迟迟下不了决心，因为阻碍太多，沿海的地主豪绅、地方官员都成为了双屿港的庇护者。而沿海的地主豪绅、地方官员与大明朝廷的高官们有着千丝万缕的联系，丰厚的利益使少数朝廷高官在利益的秤杆上滑向保护双屿港一边。一旦朝廷有什么风吹草动，他们都能及时通风报信，确保双屿港的安全。于是，沿海各卫所的官兵们窝囊啊，倭寇为患看得到，但是奈何不了。打又打不赢，追又追不了。朝廷为什么不采取有效措施啊，他们哪里知道，这都是官匪勾结造成的局面啊。
朱纨了解到这些情况后，下决心捣毁双屿港这个走私、海盗、倭寇的窝点。