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浙江这边，清军与郑军同样也陷入了相持阶段，郑经对浙江是全力以赴了，不断的从台湾开来人马补充损耗，进军大陆的兵力已经达到了五万，达到了郑家所有兵马的七成。有了这五万的兵马，加上从城内着急的青壮一起守城，这连续近半年下来几座城池都是稳如泰山，丝毫无损。
这阶段打的最凶的就是湖州城了，湖州城比嘉兴城要小一些，但是清军攻打的却是最为猛烈。安徽方面三万余大军连攻一个半月，损失超过万人但仍旧没有拿下湖州城，于是不得不退回安徽广德。广德县位于安徽东南端，皖、浙、苏三省结合段。这广德县县境四周群山环绕，犹如一座巨堡雄踞在皖东南大门。广德西安城距离湖州城方不过百里，清军剩下的两万多兵马就全部屯驻在广德县城，与湖州城遥遥相对。
至于嘉兴方面的清军，也是轮番攻城未果后分为两部，一部两万人兵马退到了江苏最南端的吴江县盛泽镇，还有一部一万八千士卒进驻嘉兴嘉善县，自东、北两面将嘉兴城包围。不过就是嘉善县南边的平湖县城也被清军拿下，但是却并未派遣多少兵力驻守。
郑军虽然将几座城池守的稳如泰山，但是其他内部县城却是屡遭袭击，期间为几座城池兵马输送粮草的辎重队伍也屡次遭到清军骑兵的袭击。这也就是清军在欺负郑军没有充足的骑兵，时常派遣骑兵利用极其强大的机动力骚扰浙北各地。让郑军不甚其烦。可是却拿清军的骑兵部队没有办法。每次运输粮草的时候不得不派大军出动随行护送。
清军骑兵部队在嘉兴、湖州以及杭州这三座城池之间的一片区域纵横驰骋，最直接的就是使得郑军对这几府的地方掌控力遭到严重削弱，本来这几府被攻下之后，郑军留下了一部分兵马驻守，地方上不说稳如泰山，但是的确是没有什么人敢动歪心思的，可是现在的情况却是变得严峻起来，郑军若是再不采取行动。积极应对，只怕除了大军驻守的湖州、嘉兴、杭州三府城，其他的地方只怕就要陆续失陷了。这样的话，他们即使占了浙北几府也没有用，城池虽然重要，但是整片地方才是重点。
于是郑军也想到了应对之法------水师舰队北上进入长江。台湾的兵马和福建的马尾军有些像，此刻都是海军强于陆军，不管是人数还是装备的配置都是。当然，现在马尾军急速扩充军队，陆军的人数是超过海军了。而且人数超过了一倍有余。但是所有陆军的花销加起来还不足海军这边的三分之一，主要就是海军这边的战舰与大炮。那都是银子堆起来的，并且训练一名合格的海军的花费远比训练出一名合格的陆军花费要多得多。
嘉兴这边由施琅亲自坐镇，抵挡着来自苏州方向的数量最多的清军兵马。水师所部由新来浙江不久的刘国轩统领，此次北上进入长江也是由刘国轩指挥。这一策略却不是刘国轩一人所提，而是郑军几位将领共同商议的最终结果，他们也都不愿意在这样被动下去，一致决定率领更强大的水师舰队进入长江，去直接袭击江南重镇------江宁，也就是南京城！
台湾水师说白了也就是郑家的私人舰队，经过郑经的祖父郑芝龙还有其父亲郑成功连续几十年的发展，再传到他的手上发展了这么些年，在南海这一片已经是顶级的势力了，当然若是没有耿精忠的马尾海军的强势崛起，这整片中国海域都可以还是他郑经说了算，以前那些海盗可没有胆量去招惹郑家。
此刻的长江上下，清军准备的水师舰队也是不少，总体数量可以说已经是比一年前要多了近一倍，只是这新增的船只百分之九十以上都是小船，即便是被清军称作大船的战船，也不过就三十米长左右，数量也只有二十艘，这还是紧急征调了长江上的大型商船改装的。这些新的战船上大部分连一门像样的火炮都没有，很多都只是装上了一到两门的碗口铳，如此可见清军水师的战力相当堪忧。不过，就这些用来对付吴三桂那是没问题了，吴三桂可是连一支水师舰队也没有，长江中段可还是一直由清军控制的，这也是吴三桂没有打过长江的原因之一。
其实，清军的水师基本上那就是继承的前明的水师，到现在为止自己组建的八旗水师才只有三支，分别是黑龙江八旗水师、吉林八旗水师以及奉天(辽宁)八旗水师。在清军入关之前，出于战争需要，最先创设吉林八旗水师。当时并没有固定的组织编制，直到顺治十八年清廷才正式在吉林城组建八旗水师营。
现在的吉林八旗水师设有正三品总管一人，四品军官二人，其他各级武官二十人，水兵匠役有三千人。拥有战船三十艘，运粮船八十艘，在今年又增添了桨船和划子船各二十艘。此外，原先在吉林城东北的松花江畔筑有乌拉城，这里是沿江的民船集中地，有捕珠大船七艘、威呼船四百艘（采珍珠用的单人或双人小船），统由吉林水师营兼管，现在处于战时也被征用。
奉天水师筹建的稍微晚一些，但也是在顺治初年，清廷在旅顺口组建了八百人的金州水师营，船是从山东绿营水师调来的，也就十艘赶缯船，还有其他一些小船。至于两年前康熙于黑龙江的黑龙江城(爱辉)、齐齐哈尔、墨尔根(嫩江)、呼兰四个地方在原黑龙江水师的基础上扩建设立的四个水师营，水师总数稍稍多些，有两千八百人。