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王振邦等海军将领指定的进攻方案，是以攻取澎湖作为第一个战略目标，先取澎湖“以扼其吭”。既可作为马尾军可进可退的基地，又可控制制海权，封锁郑军的通道。另外，兵分三路，东西两翼配合，集中优势兵力于中路，一举消灭澎湖列岛上的郑军水师，不使其逃走一艘。
澎湖被三面围住，郑军的水师全被围堵在一片狭小的水域，很多战船都是刚刚跑出停泊的军港。郑军反应也算是迅速了，在北边发现马尾军出现的时候，就开始向刘国轩预警，刘国轩也果断的传令所有战船扬帆，准备接敌。
王振邦已经派小船前去劝降，只是很遗憾，刘国轩对郑经忠诚的很，宁死不降，决意要率领这部分水师死战到底。刘国轩是个大将之才，只是时运不济，第一次大败于猴屿港湾，是败在马尾军手上。第二次大败就是在长江，败在江宁水师手中，可以说两次他都有大意的成分。但是郑经都没有治他的罪，这让刘国轩铭感五内，这时候就算马尾军开出的条件再高，刘国轩也不会投降的。
只是他心里也清楚，两军之间差距有多大。对面的舰队，首尾相连遮天蔽日，战舰数量大约只是他们的一半。虽然对方的战舰数量比不上他们，但是这都不重要，重要的是，战船与战船之间不能比。马尾军战舰大大小小两百六十艘。三级、四级、五级战舰皆是风帆战舰，占据了总数的九成，而郑军这边的风帆战舰总共才不到二十艘，天差地别。火炮配置上也是差的不小，炮小。炮旧，数量少，很明显这艘异常不可能胜利的战役。
能看得清局势的也就只是郑军水师的几个主将，但是有投降念头的两名副手都被刘国轩斩杀了，决战，就在这不到十里的这一小片海域展开。初步接战。两军一两千门火炮在不断地咆哮，一条条火舌喷薄而出，声震天地，风云色变，雨点般的炮弹砸落在海面上。水柱不断的冲起，洪波翻涌。
将士们所能看到的海面，都是战舰在厮杀，场面之大，浩浩泱泱，无与伦比，浪潮般的呐喊声，厮杀声。惨嚎声，扑面而来，让人毛发凛冽。数以百计的郑军战船。听从刘国轩的命令，冒着马尾军铺天盖地的炮火冲上去，一艘又一艘的被轰得舰体打横，桅杆断裂，虽然看不到船上的士兵死伤的情景，但不用脑子想就可以知道。那将是无比惨烈。
一些郑军的战船已经化作一个个巨大的火把，整艘船在熊熊地燃烧。火光照耀半空，烈焰腾腾。黑烟滚滚。这些郑军战舰不断被炸毁或引燃，但是郑军凭借数量还是冲到了马尾军战舰的身边，交错的时候，漫天的火箭在凌空飞舞，而马尾军这边也是冒着火箭、霰弹将一个个的炸药包抛射到郑军战船上，一团团的火光在猛烈的爆炸翻腾，海面上到处是尸体在漂浮，真个是血流漂杵，血浪如山。
这无比壮烈的场面，血火漫天，杀声如潮，看得很多马尾军将领握着望远镜的手都有些微微颤抖，很多将士嘴里纳纳不知所言......方圆十多里的海面上，到处是被炸得熊熊的火船，激烈的厮杀声如怒海奔涛，浩大的战场，无数战舰，漫天的炮弹和火箭遮天蔽日。
马尾军战舰火力强大无比，不断地走着之字形，过每一刻都有几百门火炮同时烈焰喷薄，一个个弹幕席卷着无数的弹珠，如瓢泼大雨一般射向郑军拼命冲上来的小型战船，片刻不歇。许多郑军战舰的风帆被打成了筛子，甚至直接被轰得稀巴烂，甲板上弹珠肆虐，如冰雹啪啪狂落而下，根本容不得郑军冲上甲板换帆。别说顶着厚木盾，就是顶着铁盾牌都不行，不是被霰弹打死就是被开花弹或者被炸药包炸死，失去动力的战船在海面上打着飘，再经受十来发炮弹便彻底沉没。
在马尾军如此猛烈的炮火打击下，郑军伤亡极为惨重。郑军中五百余艘战船，有四百艘都可是小型战船，长度不超过十五米，就这么战斗不到半个时辰，损失了就超过了一半，近两百艘小型战船被击沉击毁。血色染红了大海，附近翻涌起来的波涛全变成了红色。
刘国轩虽然乘坐的是大型战船，冲在前列，而且自己也受了伤，眼看无望靠近，他也没有下令撤退。但是仗打到这个份上，不少他命令什么后面的战船就会听从什么的。
马尾军三面合围，与敌人交战这么长时间也有损伤，但是损失数量及小，总共有一艘三级战舰、三艘四级战舰，十二艘五级战舰失去战斗力退出战场，沉没的迄今为止就两艘五级战舰。不过，此刻还有一艘四级两艘五级战舰成了巨大的火把，正在猛烈的燃烧着。战舰上的马尾军救火救不及，纷纷跳海逃生，很快被周围的战舰所救。
没有办法，郑军的小船都象蝼蚁一般，拼命围上来。一但被这些蚁群从火炮死角、或者以浓浓的硝烟掩护靠近，立马就是火油、火砖不要命的扔上来，跟马尾军学的，郑军也有炸药包，只是他们都是靠近了才仍，一旦仍上来那也算爆炸如潮。于此同时，进攻一方的弩箭也都是不要命的乱射，即便是马尾军战士开枪阻拦也拦不住。
双方的血战已经进入了白热化，磅礴的炮火连天而下，杀声如浪潮传出二三十里。刘国轩心硬如铁，这时候抱着必死之心的人是可怕的。此刻，双眼通红的他大声吼道：“传我命令！所有炮舰也随我冲过去。能拼掉多少敌舰就是多少！上，全拼了！”
但是由于海面上处处在鏖战，硝烟弥漫，旗语已经不管用。所有的命令只能通过鼓声来传达。咚咚咚！咚咚咚！咚咚咚！这不断重复的三声重鼓，震撼天地，这是郑军中有进无退的决战命令，摧人心魄。
“嗵嗵嗵......”
“嗵嗵嗵......”
“轰轰轰......”
“轰轰轰......”
刘国轩自己旗舰前面的一艘炮舰在马尾军一连窜的炮击中，连续被命中了八枚开花弹。最终引爆了舱火炮的发射药；整艘大型炮舰在一声巨大的爆炸声，一团大火激烈拱起，上层的甲板瞬间全部被掀飞，一块块的木板飞上十数丈高，然后如雷暴一样砸在附近的海面上；巨大的桅杆断下后，正好砸自己这边左侧的另一艘战船上。顿时将旁边的这艘战船桅杆砸断，一箭双雕，其左侧的这一艘也跟着成了殉葬品。