进入镰仓时代，按照习惯地方领主的土地由长子继承，次子及其他儿子要开拓新土地，这些人到达一个新地方后，就取一个地名，也将此当作苗字，比如开垦的土地靠近山脉就取名「山本」或「山田」，靠近河流的上游就取名「川上」或「上田」，这样一来因领主分家导致一大批以地名为的苗字出现。
此时，下级武士也效仿领主纷纷取苗字，见人以苗字自报家门，日本人的姓氏就逐渐膨胀起来。另外，农民为保护自己的土地，许多村落组织了小规模的武装，这些村落的农民也继承了祖先的苗字。
因此，通过日本人的姓氏就可以判断出他们祖先的职业，比如姓氏中有田、山、野、川等基本来自农村，而向东条、南条、十三条等姓氏的人，他们的祖先大多数居住在城里，以工商业者居多。而犬养、猪饲等形式，他们的祖先应该是畜牧业者。
等到倭国进入战国时代，日本开始实施兵农分离，武装力量的分工更清晰。士农工商的身份制度开始固定下来，由于等级制度森严，苗字问题也显现出来，因为普通人不能随便使用苗字。
也就是说，此时平民虽然继承了祖先的苗字，但是不能在公共场合自报苗字。而江户时代更严格的规定，农民、渔民、工商业者不能在宗门人别账（类似登记户籍）和奉行所等官方文件上使用苗字，只允许使用名字。不过，平民去神社祈福时可以向神明自报苗字。
明治维新后，日本为追赶西方，积极学习西方，很多方面要与西方国家接轨，在近代化进程中，日本政府发现平民没有姓只有名字非常不便，比如男性都叫「太郎」、「次郎」，很难分辨是哪个人。
而且，日本推出「富国强兵」的国策后，需要大量征兵，积极准备对外扩张。征兵、征税、户籍等方面都需要详细的数据，于是明治天皇颁布了《平民苗字容许令》，规定之前不配拥有姓氏的所有日本的平民现在都可以拥有姓氏。
可惜老百姓对这项规定基本无感，毕竟江户时代几百年都不需要姓氏，百姓也习惯了只有名字没有姓氏的生活。明治政府发现推出的政策没有实际的作用，于是1875年又颁布了《苗字必称令》，规定每个人都必须在名前取一个苗字，普通百姓便纷纷在名字前冠以苗字，在此之后苗字也被称为姓氏了。
由于当时法令规定登记户籍有一定的期限，于是当时的百姓在短期内想不出合适的姓氏，慌忙中编造了很多奇怪的姓氏。比如「江尻」这个姓氏中使用「尻」就比较奇怪，在汉语中又是臀部的意思！
还有「御手洗」这个姓氏与洗手间意思差不多，大概这个姓氏的祖先是给贵族洗厕所的！至于「我孫子」，「我妻」这类的姓氏就更是让人摸不着头脑了！
听到自己一家人即将有姓氏了，藤次郎自然是兴奋万分。这一瞬间他觉得自己似乎也是贵族了！所以他急切的问道：「我姓什么？我该姓什么？」
海盗和坐在桌子后面的武安军士兵用汉语交代了几句，藤次郎听不懂，只能用急切的目光在两个人身上来回转。随后武安军士兵说话了，可他依旧听不懂，只能用恳求的目光看着海盗，希望他能帮着翻译。
那个海盗扭头大声说道：「我家兄弟说了。你是第一个人来起姓氏的，就按照百家姓里面赵钱孙李来算，以后你就姓赵了！」
藤次郎闻言用力的搓着双手，喃喃的说道：「我姓赵，我姓赵了！我叫赵藤次郎了！」
那海盗听到这话大怒，大声说道：「你这狗才，什么赵藤次郎！那是倭寇的名字，换一个。」