但大量日裔移民的涌入，必然会对本地常驻人口的组成结构产生影响，甚至会变成本地社会的不安定因素。而如何治理来自不同地区乃至不同国家的移民，这也是每一个海外殖民区当局都必须要面对的问题，同时也是使团众人所关心的目标。
天草四郎毫无隐瞒地向众人说明了自己在这方面的经验：“对于海外殖民地的管理，我国已经积累了非常丰富的经验，有了比较成熟的制度。在佐世保地区，除了最基础的户籍、治安、就业这些手段之外，我们还着重于三个方面的工作——税收、兵役、教育。”
“当年老夫还在钱大人手下当差的时候，便听他老人家时常提及，纳税、参军、教化，是管控外来人口的三大法宝。所谓不上税不知彼此关系，不参军不知彼此关联，不教化不知彼此关爱，做到这三点，方可真正收拢人心，使其将自身视为海汉子民中的一员。如今将这套理论用在佐世保地区的治理上，也是颇有成效，老夫仍会时常感念钱大人教诲有方。”
天草四郎口中的“钱大人”，当然便是他曾经的顶头上司钱天敦了。钱天敦虽然多年来一直都是在带兵打仗，并未真正坐镇某地担任地方大员，但他在为海汉开疆拓土的过程中也着实经历过许多海外殖民区初创时期的艰苦处境。
从南海到辽东，从安南到朝鲜，海汉在海南岛之外开辟出来的实际控制区，大多都有钱天敦及其麾下部队的参与。所以对于如何管理海外殖民区，快速让归化民融入海汉的社会体系，钱天敦作为亲历者，的确也有很深刻的见解。他的眼光见识要远远高于普通官员，所总结出的经验也足以让后来者奉为圭臬了。
而从中受益的远不止天草四郎，陶弘方等人听了这番表述之后，也同样在心中细细琢磨其中的妙处。
税收让新移民明白自己在这里受谁管辖，兵役让移民清楚自己应该为谁效忠，而教化则是为了让移民从文化层面接受自己的新国籍和新身份。而天草四郎自己就是日裔归化民出身，他对于相关手段的有效性更是感同身受，这一点的确是汉人官员无法做到的。
就目前而言，佐世保殖民区的相关政策基本都是照搬国内标准执行，只不过在细节方面会根据本地的实际情况作出一些调整。
比如在佐世保入伍当兵的日裔归化民，原则上都不会留在本地服役，而是会在完成新兵训练之后，就外派至辽东、朝鲜等地完成兵役，以此来杜绝某些不安全的因素。
文教方面也有相关的措施，学校会特意增加与汉文化相关的课程，并选择一些基础较好的日裔学生渡海前往海汉本土深造。当然了，考虑到实际费用，能有这种待遇的学生往往都有一定的家世背景，甚至不乏有来自周边地区的藩国贵族子弟。