9月2日。由永山弥一郎率领4800人，从长崎乘船前来增援熊本。政府军前来截击。野津镇雄亲自督战，所部政府杀伤萨摩军1000余人，夺得大炮两门，令一路政府军绕到侧后进攻。永山军两面作战，表现极为英勇。7日，政府军一再增援，永山军于血战七昼夜后失利，全军溃散，永山弥一郎见事不济。掏钱买下了一间民房，*于其中。桐野利秋在得知永山死信之后慨叹：“我军丧失了一员无可替代的勇将。”永山弥一郎是在讨论起事问题时最反对举兵的人之一，而他的死，却并不见得比曾斥责他为“胆小鬼”的筱原国干，来得懦弱半分。
尽管战局不利。但萨摩军诸将依然率军英勇奋战，为了防止切断长崎与熊本间的陆上通路，贵岛清率领一队萨摩军出城，与14日起与政府军大战，击毙政府军甚多。左路中岛健彦部与边见十郎太部，于15日抵达海岸一带，掩护民众撤离。为了防止政府军来袭，萨摩在此处修筑了一座临时炮台。集中了带出来的所有大炮，派阿多壮五郎率1000余人防守，熊本守军则下降到了33000人。而政府军集结的攻城部队则达到了约60000人。
政府军从17日起，为打通进入熊本城的通路，连续四天猛攻熊本东门，并以80门大炮支持，势在必得，结果被筱原国干所部逐次击退。21日。政府军再度集结猛攻，并由俄军出动哥萨克马队千余人包抄。血战近五小时，终因城门内棉花仓库起火。东门陷于敌手，筱原国干率军退守堤头。此役萨摩军监军伊东直二阵亡，筱原国干所部伤亡3000余人，守卫东门的萨摩军官兵几乎全数阵亡于阵地之上。政府军伤亡近5000余人，道路上叠尸重重，人马几不能行进。
政府军进攻东门时，亦分别攻击光明寺、有马台、胜古神社一带，分别遭别府晋介、西乡小兵卫部击退。22日，林逸青又率奇兵队在南门击退了政府军的进攻。至此，萨摩军已与政府军血战12日，据外人记载：“萨兵虽少，皆拼死向敌而战，最可畏者，林逸青所部奇兵队耳；盖林军有进无退，每为各军之先，虽受枪炮，前者毙，后者又进，其猛处诚有非他军所可比拟者。”
23日，政府军援军21000余人在山县有朋的率领下进抵熊本。野津道贯随即召开军事会议，决定继续强攻熊本。会中将熊本战区重新分配，野津道贯军负责熊本西、北、南三面，以南面为主；山县有朋军负责东面，并阻止长崎方向前来的萨摩军援军。
25日至28日，桐野利秋亲率所部轮番与日本政府军大战，政府军不敌，伤亡惨重，被迫后退，桐野利秋一度收复了东门。同时，野村忍介亦率军击退进攻北门的政府军，并一度夺回外围的阵地。萨摩军前锋河野主一郎所部在艳坂与政府军苦战，连续八昼夜，彼此伤亡均极为惨重。后路村田新八率炮兵四面游击，增援各部，对政府军杀伤甚重。桐野利秋和林逸青分派各军在巷隘严防。此时虽然经过连日激战，熊本守军伤亡很大，但士气仍然高涨。
但此时，在野津道贯的一再申请下，又有14000人的政府军（随带火炮69门）进抵熊本，这时进抵熊本城下的政府军总数已经接近了80000人。29日拂晓，政府军于光明寺南路修筑炮台，三面猛攻萨摩军阵地。次日，又以巨型臼炮再攻，萨摩军以75毫米炮12门，120毫米炮6门还击，双方炮战正酣之际，林逸青率奇兵队300人趁机冲入政府军炮兵阵地，击毙政府军511人，炸毁重炮3门。山县有朋得知林逸青现身，立刻命令山川浩大佐率拔刀队前去截杀林逸青，但山川浩到达时，林逸青已然率部下退走，只留下一地的死尸和毁坏的火炮。
10月1日，政府军援军12000人重新发动进攻，并在城门外架炮向城内轰击。林逸青再次亲自率兵夜袭，政府军撤退。第二天。山县有朋不顾伤亡又一次发动进攻，又被击退。
10月3日，政府军兵分三路大举进攻，筱原国干亲至阵前督战，政府军集中炮火猛轰。萨摩军炮兵因连日激战，弹药不足，炮火很快被政府军压制，阵线动摇，筱原国干身着黑色军服，披红披风。手执战刀，骑于马上，往来奔驰指挥，山川浩认出了筱原国干，通知了山县有朋。山县有朋下令向筱原国干所在的方向射击，政府军枪炮齐射，一时间弹如雨下，筱原国干身中三弹，犹奋力砍杀敌兵，死战不退，左右劝其暂避，筱原国干言曰：“此致命遂志之日也。虽及死不得退此一步。“，未几，乱枪射来。筱原国干，遍体鳞伤，衣袍尽赤，犹奋臂指挥督战，最后飞弹洞胸，坠于马下。殁于阵中。同时殉难者尚有越山休藏、松谷英孝等武士首领。不过萨摩军并未因丧*为实际前敌指挥的筱原国干而受挫败，依然奋勇冲杀。取得了此次战役的胜利。亲历此战役，作为萨摩军同盟的熊本武士首领池边吉十郎有诗：“君不见熊本之险险于城。突兀摩空路峥嵘。烟笼高濑川边水，风卷三岳峰上旌。一朝传警笑相待，忽闻千军万马声。硝烟为云弹为雨，壮士一命鸿毛轻。呐喊声和巨炮响，山叫谷吼乾坤轰，炮声绝处松声寂，一轮皎月照阵营。”就是这次激战的真实写照。
筱原国干的尸体被送回西乡隆盛所在的参谋本营时，依然裹着如血一样殷红的斗篷。西乡隆盛看到筱原国干的尸体，悲伤难禁，失声痛哭。志在“征伐四方”的筱原国干终战殁于故乡的土地上，而更多如筱原国干一样的交战双方的日本武士们，还要继续担戈披甲，在弹雨纷飞、炮石交坠的战场上为日本武士最后的荣光奋战争先。
从10月2日至4日，交战双方几乎每天都组织数千人规模的进攻，战斗相当激烈，在日本政府军的猛烈进攻下，萨摩军因兵力军火不足，渐渐处于下风。10月5日那天，政府军第五次猛攻北门，将北门攻破。在东门，政府军于10月5日晚以死囚组成的敢死队数百人为前驱，踩爆萨摩军埋设的地雷，一度冲进了东门。守军奋力抵抗，内城的居民也利用暗夜打冷枪、发射火箭、以刀剑砍杀敌兵，积极配合萨摩军打击敌人，但到天明时，东门终于失陷，守军全部阵亡。政府军开始从东门和北门一拥而入，同萨摩军展开巷战。
10月7日，攻进熊本城内的政府军已增至17000余人。当日，野津道贯召开军事会议，决定分兵两路攻击内城，一路由野津镇雄所部沿主道前进，曾我佑准所部为后援，从界河东岸向北进攻萨摩军炮台及熊本城东北，切断河东萨摩军与城内参谋本营的联系。另一路由山田显义率领，山治元治所部为后援，进攻熊本城南门。
10月8日夜，界河东岸的政府军向北进攻，9日黎明炮击萨摩军贵岛清等部阵地。10日上午7时左右，政府军炮击熊本城东南壕墙外的火药库，引起了剧烈的爆炸。政府军乘机强攻萨摩军各阵地，并向萨摩军炮台进攻。至13日中午12时，萨摩军被迫撤出各阵地，纷纷向南郊溃退，政府军乘胜进抵东南城下。界河西岸的政府军于13日凌晨出城南面土墙，经光明寺向熊本城南门进逼，炮兵则在城南面壕墙上炮击熊本城区。南门内外萨摩军奋起抵抗，西门附近的萨摩军炮兵开炮轰击光明寺附近的政府军。此前，城门外居民已挖开河堤，使政府军被阻于光明寺附近一带，经过商议，政府军指挥官决定架桥强攻。
正在双方鏖战之时，趁乱混进城内的政府军渗透部队人员将熊本南门一段城墙曾经倒塌过的详情密告政府军。14日晨，政府军敢死队借助强大炮火的掩护，拼命冲到墙根，埋设炸药，炸开了那段城墙，政府军于是蜂拥而入，攻占了南门。守军先在城墙上奋力抵抗，继则同政府军展开巷战，打死打伤政府军3000余人，但终因经不住政府军的炮火轰击，被迫后撤。
政府军从南门入城后，便北上配合城东北的政府军夹攻城内的萨摩军主炮台。炮台守军虽腹背受敌，仍英勇作战，在毙伤政府军千余人名后撤离并引爆了预先埋设的炸药，彻底炸毁了炮台，攻上炮台的政府军士兵全部被炸身亡。(未完待续)