随后一段时间，李世民把秦府旧臣安排到重要位置，人人发挥才干，大唐国力蒸蒸日上，日子越来越红火。虽然各地不时有叛乱消息传至长安，大唐帝国战将如云，叛逆也只在平静湖面泛起的小小涟渏，影响不了局势，左右不了大政方针。螳臂挡车，自取灭亡而已。
满朝大臣精神振奋，人人有所作为时，秦琼却一病不起，严重到早朝也不能如期参加。马周等山东老乡不断前来看望他，安慰他好好养病，不要想太多。
纵观秦琼一生，隋末追随来护儿将军，以普通士卒身份得到大力提携。母亲去世，来将军派人与秦琼一同回家吊孝。有人问为什么隆遇他，来将军说秦琼志向高远，做战勇敢，出类拔萃。追随齐郡张须陀，生死关头与罗士信埋下伏兵一道杀入李明月阵营，以三万人马灭掉十万叛军，为隋末平叛立下赫赫威名。
随后，秦琼投奔瓦岗，被李密视为心腹，做替天行道之事，为朋友两肋插刀，被民间百姓热情赞扬。投奔王世充也倚为左膀右臂，秦琼、程咬金等发现王世充婆婆妈妈言而无信，不是他们想要的君王，在李世民攻打洛阳时，与程咬金等临阵倒戈，投向大唐怀抱。之后，秦琼南征北战，经略四方，有勇有谋，也被李世民视为股肱之臣。
往事并不如烟，如今却一病不起，令李世民不胜感叹，立刻派皇城医术精湛的御医，为秦琼到府上把脉送药，关心备至。
秦琼患病时间长，久不上朝，与其他朝臣的关系慢慢生疏，别有用心的人传播谣言，说秦琼想学司马懿假装生病，意欲夺取兵权，有叛逆之心。
李世民当然不信秦琼有造反之心，一手带出来的人还用别人闲言碎语说三道四？可架不住谣言前前后后无穷轰炸，更恶毒可恶的人借玄武门之事攻击秦琼。谣言说玄武门之变前，秦琼答应李世民参与政变，结果事变当天，秦琼却成了缩头乌龟，并没出现在城内支持李世民。导致李世民差点被齐王李元吉射死。
玄武门之变对李世民登上皇位意义非凡，凡是参与政变的事后都得到隆重的封赏。李世民本人也不知道事变那天秦琼究竟来了没有。当时他在城内激战，确实没见到秦琼的身影。至于秦琼是否与太子的人在城外对抗，不得而知。
秦琼病倒后，关心后代荫封问题，上书陈述自已的出身，请求皇帝通过。
李世民接到上书搁置不理，来个冷处理。
隋末唐初处在门阀把持朝政末期，世人仍十分重视出身。隋朝开国皇帝杨坚出身武川军人世家，但他的杨姓不知名，“弘农杨”在西汉时期出了一位丞相杨敞，玄孙杨震官拜太尉，四世三公，声名天下闻知。杨坚就假称自已是“弘农杨”的后代，以掩世人耳目！