其实，如果严格的说，大明朝的最高权力机构既不是内阁也不是司礼监。在洪武皇帝朱元璋时代，大明朝的政治体系里既没有内阁也没有司礼监。这个精力充沛的，出身于底层的劳动人民的皇帝，一手把持大明朝所有的权力，对大明朝大大小小的事务进行着一体的决策。
当然了，政治体制是个在不断完善的过程。而且，大明朝的任何一个皇帝的精力和体力，都没办法和那个因为生活贫困，做过放牛娃、乞丐和和尚的朱元璋相媲美。从那个热衷于军事，对蒙古进行过五次北征的明成祖朱棣之后，大明朝的皇帝对于国家的管理就开始依靠一外一内的两个幕僚机构，即文官内阁和太监司礼监。
明成祖设立内阁。明宣宗设立司礼监。这两个机构从本质上说，实际上是辅佐皇帝处理政务的秘书机构。这就像地方官治理地方要依靠幕僚师爷一样，皇帝对于国政的处理，也需要大量的幕僚进行帮助。
不过呢，在中国这个独特的权力封建的社会里，因为一切权力的来源都是在法理上拥有一切土地和臣民的皇帝，所以，在中国的这个权力封建社会里，谁离皇帝越近，就意味着谁的地位越高，谁的权力越大。
内阁和司礼监的文官和太监们，因为工作的关系要经常和皇帝进行接触。就这样，随着时间的推移和政治制度的改革，原本不过是幕僚秘书机构的内阁和司礼监，成了整个大明王朝一外一内的两个最高的权力机构了。
相比较完全是工作原因才能接触到皇帝的外朝文官，太监们因为和皇帝生活在一起朝夕相处，所以往往太监们和皇帝的关系更加的亲近。而又因为太监这种阉人没有家族作为自己的利益依托对象，所以皇帝对太监们也更加的信任。
这样一来，同样作为皇帝秘书机构的完全由太监组成的司礼监的地位，就要相对于文官内阁更高一些。
事实上，因为太监身份对皇帝的依附性，使得太监们的一举一动更多的是直接或者间接的代表着皇帝的意志。太监们和文官之间的政治斗争，实际上也就是皇权和文官之间的斗争。
太监们从来不可能脱离了皇帝而存在。太监的所有权势全都来自于皇帝。但是，也不是说，皇帝和太监之间的关系也只是简单的单方面的关系。太监，特别是司礼监的太监们，完全可以凭借自己和皇帝的亲近关系，直接或者间接的影响皇帝。
比如说，每天都要交给皇帝过目的奏折批红方面。单是一个奏折摆放的位置上，司礼监的太监们就可以从中做出无数的文章来了。
就以魏忠贤为例吧。魏忠贤在给天启皇帝呈送经过司礼监整理过的奏折的时候，一般就会把他自己不怎么太在意，他自己不太看重的奏折放在上面。而那些他比较看重，非常想要贯彻自己的意志的事情的奏折，他一般都会放到底下。
关于这个问题，非常了解天启皇帝的魏忠贤是这么看的。天启皇爷本身是不喜欢朝政的，但是像当年喜欢炼丹嗑药的嘉靖皇爷一样，他对于朝政也是很关心的。但是呢，这种关心，也只是三分钟的热度。