因为战犯们大多已经死亡，军事法庭的审判执行的是缺席审判的程序，然后，由日本最高法院和政府宣布剥夺这些已经死亡人员的荣誉，并且将所有的战犯，从神社里迁移出来。
关于神社的问题，中国新军谨慎地将之与政治区分开来，允许日本民间和政治人员去参拜，但是，要求将所有明确了战争犯罪的人，剔除出来，否则，将采取严厉的步骤，在这种压力下，日本政府仅仅用了五天时间，就按照中国新军的要求，将已经被军事法庭宣布为战犯的数十名人员，从中搬移了灵位，以及一切供奉的设施。同时，作为对中国新军顾全大局，保证了日本政府面子尊严的回报，日本铃木政府，将这一规模扩大到了尉官一级，意思是说，凡是在相关的惨案事件中战死的日本军官，都将被认定为有战争犯罪行径。将被清理出神社。普通的军人，因为执行上级的指令而战，没有受到任何牵连/这样，日本的军人神社就分成了两个部分，一个是“战殁者纪念馆”，一个是“战争道德反省院”。铃木表示，这样做的话，就可以将日本军国主义的狂热，对军人的崇拜和追捧等精神毒瘤割除大半，也在一定程度上，满足了日本国民之于阵亡者的尊重需要。
中国新军对于此事，形成了严重的分歧，一派要求彻底地平毁掉，不留下任何后患，一派要求承认日本政府的努力。绥而靖之。区分对待，更能够博得日本民众的支持。最终，栗云龙以一比二，输于政委和欧阳风的多数派，决定妥协。
后来，栗云龙等人发现，这样做已经不错了。几乎到了日本人的精神底线。
欧阳风参谋长等日本的局势稍稍安定，就急着回去。在奉天，有太多的事情等待着他去做了。急不可耐的他立刻向两位同僚辞行：“军团长，政委啊，这里的事情你们做，奉天的经济问题和政治建设铺天盖地，我必须走了。”
“那好，你先行一步，我们马上也走。”
“好，迅速回军，解决国内问题的时机也该到了。”
“国外问题可以一战了之，而国内问题将更加复杂。”
“放心，只要我们的做法有利于中华民族的将来，能够让中华民族迅速地富强，文明，特别是广大的民众能够感受到作为一名中国人的尊严和幸福，那就够了。”
“于我心有戚戚焉。”
欧阳风参谋长率先回国，然后，赵政委继续对付那些国家外交官们，处理在日本的很棘手的政治外交后续问题，栗云龙则关注在军事方面的布置。
栗云龙频繁召见铃木，以及山下贺国等人，商讨了现时日本的军事组织问题，决定在东京成立训练总部，由山下负责，相当于军政部，筹集军费开支，负责招集新军士兵，训练之。同时，还要为中国驻军提供一切必须的物质条件。日本政府则作为协助。
在九州岛屿，成立了日本的陆军省，在四国岛屿上，成立了海军省，空军则将其基地设立在本州岛屿的东北地区，仙台，青森为其两个训练基地。
日本解散所谓的近卫师团等名称。在中国军队的指导下，成立新的部队编制。在栗云龙的亲自干预下，山下贺国等人迅速提交了名单，然后，加以实施。
日本的军事力量，基本上海军和空军都是摆设，只有在九州地区的陆军省才是最大的力量。因为将军队修改性质为防卫部队，所以，大大地减少了日本新军的编制单位，规定日本新军的最大单位是旅团。每一个旅团的战斗总人数为六千人，每一个旅团下面再分为三个联队（这样的名称是照顾了日本的习惯）每联队一千八百人，下面再设五百人的大队。中队小队等等。在平时，各旅团之间不得进行任何军事联系，除非中国新军有要求指示。
日本的军事机关，在十年之内，不得独立进行军事演习。如果实行最基本的军事训练，也只能调动最大规模为一个联队的武装，除非中国新军有要求，并且参与了其中。
关于各旅团的驻扎问题，中国新军也予以确定，在九州岛屿上为三个旅，基本上为原来九州三大名的驻扎地，在四国岛屿上，驻扎两个，在本州岛上，分别在下关，山口，京都，东京，横滨，五处。后来，在实施过程中，又将横滨城的部队，迁移到了北海道的函馆，作为日本政府对北海道地区的统治象征。京都市的驻军迁移到了青森。进一步分散了日军。
这样的军事布置，使日本的两翼张开了，西路的一翼，处于中国军队和朝鲜军的直接监视之下，在必要的时候，可以出兵镇压之，西面的日军是主力，中央是大空当。
日军开始清点自己的武器，将规定以外的所有武器，统统地上交了中国新军，比如战斗中缴获的原日本军队的机枪，野战大炮等。就是规定范围之内的机枪和大炮，也暂时由中国新军和配合的朝鲜军控制，基本上，在三年的时间里，日本军队就是一群步枪兵。
每一个日本`士兵，在平时是不分发子弹的，只有当战争来临时，或者在特许的时间，才给予十枚子弹进行实际训练。中国军队将之的训练强度压缩到了最低。
与此同时，中国新军知会日本政府和军政部，开始了在日本全国内的军事布置，在日本国内，人们普遍地称之为“山下大布防。”因为是由山下贺国大将亲自作为马前卒子做前期工作的。
在东京，是布防的核心，中国新军以白强司令员的海军舰队和荣美尔军长的部队，编制为中国人民新军东洋镇守军，荣美尔为镇守军的陆军总司令，白强为海军总司令。
在荣美尔司令的麾下，设立了中国新军的四大强力师团。分别驻扎在九州一个，四国一个，本州的西部山口城一个，东京一个。每一个师团都是集团混合编制。分别领有步兵一个旅团，一个强力旅团，包括一个坦克团和一个飞行团，一个特种旅团，包括工兵大队，一个骑兵团，一个运输给养团。总人数为：步兵旅团六千人，特种旅团五千人，坦克团八十辆坦克，七百人，飞行团三十架飞机，三百人。全师团的总人数为一万两千人。
总计，中国新军在日本驻扎的陆军兵力为四个师团，加上荣美尔司令部，正好为五万人。坦克三百五十辆（司令部及各师团部还有一些）飞机一百六十余架。