左宗棠深知回军和捻军联合后更加难以对付，因此他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”
又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”
这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。
7月，左宗棠所部楚军近二万人由湖北樊城分三路到达陕西。按照其“先捻后回”的既定方针，以先期入陕的刘松山所部老湘军、郭宝昌所部皖军、刘厚基所部湘军和新到的高连升部楚军共二万一千余人进攻捻军，以帮办刘典所部楚军和黄鼎所部川军共八千余人驻陕甘边界，对付回民起义军。
其余楚军万余人，分驻凤翔、宜君、华州、华阴、渭南、临潼等地，策应各军，为“兼讨回捻之师”。西捻军识破了左宗棠的阴谋，迅速跳出包围圈，在回民军配合下，向陕北挺进。与此同时，陕甘回民起义军仍不断从甘肃进入陕西，与西捻军共同抗清。
0月至月间，西捻军和回民军取得了连克陕西安塞、延川、绥德等城的胜利。左宗棠智穷力竭，不得不上奏“自请严议”。
可是，由于民族和宗教信仰不同等原因，回民起义军和西捻军的联合没能得到进一步的发展，一直处于“时离时合”的松散状态，既没有统一的组织形式和集中领导，也没有共同作战的长远计划。
更由于回民军的领导权又掌握在上层贵族手里，强烈狭隘民族主义思想，让回军排斥捻军。回民军与西捻军之间的互相攻杀事件时有发生，使得回军和西捻貌合神离。
之后西捻军为救援东捻军，由宜川东面的壶口渡过黄河进入山西，回民起义军在陕西处于孤军作战的不利地位。
左宗棠率清军主力入晋追击西捻军，在几路人马围攻之下捻军首领张宗禹投河自尽，西捻大部肃清，只有少部分的捻军，尚留在甘肃。
此时左宗棠参加镇压西捻军之后回到西安，他以陕西大局已定，遂加紧进行甘肃的各项整肃。
第一，整顿部队。
驻陕清军，除左宗棠所部楚军外，还有刘松山的老湘军、郭宝昌的皖军、黄鼎的川军等；驻甘清军更为庞杂，这些部队不但待遇差别很大，而且编制很不统一，有的名为一营，实际只有二三百人，有的则多至数倍。为了整齐划一，左宗棠下令淘汰疲弱，一律按楚军的编制加以整顿，统归其指挥。同时，在陕甘就地招募新兵剩女媚惑天下-江山红颜定。左宗棠和刘典直接统辖的楚军就有步队五十五营、马队十五营，共三万人左右。
第二，诱降饥民武装。
在西捻军退出陕西、回民起义军大部转入甘肃以后，董福祥领导的饥民武装仍在陕北一带活动，对清军威胁很大。董福祥与金积堡和董志原的回民起义军都有联系，是左宗棠进攻甘肃的一大障碍。于是，左宗棠在榆林、绥德、延长各驻一军，截断董福祥东渡黄河之路；又派刘松山率部从山西渡过黄河，由绥德西行，直逼董福祥的根据地镇靖堡。刘松山通过收买董福祥的父亲董世有，诱使董福祥投降。
刘松山收其众十多万人，从中挑选精壮，按楚军编制，编为“董字三营”，由董福祥、张俊和李双梁各带一营。董福祥的投降，不仅使回民起义军失去了一支同盟军，并直接威胁到金积堡和董志原的安全。
第三，改革税收机制。
在陕甘地区仿照福建的做法，开办商贾货厘，也就是商品税。按照商品价值，收取百分之二。
招募廉洁朴实的士绅管理厘局，商品税收支的数额，每月张榜公示。设总局由西安知府裕麟总管，将税收转入军需局。
厘税制度剔除了漕粮的积弊，原漕粮浮折，官私取给，规定按每石谷子交纳六两银子。
而当地谷价贱跌，当年一石谷只值四百钱，二千四百钱才能换到一两银子。农民用谷子换钱，再用钱换银子，完纳漕粮，苦不堪言。一个年收入百石谷子的家庭，折合银子去交公粮，要用掉三分之一的谷子，于是拖欠日益积累。
左宗棠通令各州县废除旧规，按照户部规定的章程，每石谷子交纳三两四钱银子，其中地丁四钱，漕米折色一两三钱，加上军需一两三钱，每石谷子增收四钱归县里使用。左宗棠要求各地根据自己的收入，加减定额。