在山洞口阿豪捡到一个墨线盒，觉得很面熟。于是进山洞查看，发现山洞里面有三具僵尸，一男一女一小孩，看着像一个家庭。女僵尸和小僵尸被符咒镇住，男僵尸和一具骷髅纠缠在一起，看起来骷髅意图和男僵尸同归于尽，最后没有成功，只是用符咒封印住他。阿豪仔细检查骷髅的桃木剑和周围的法器，发现骷髅很有可能是失踪十年多的师叔。
阿豪知道僵尸的厉害，师叔法力高强都只是勉强能镇住这三具僵尸，更别提如今体力和法力都大不如以前的自己了。于是阿豪向教授提议炸毁山洞，彻彻底底的掩埋这三具僵尸。
教授有自己的想法，他认为这三具僵尸就和埃及的木乃伊一样，是文物。有着很高的历史研究价值和医学研究，还有科技上的发现价值。为了自己能够名扬世界，向大家宣布自己的发现，教授不同意阿豪炸毁山洞的做法。反而要阿豪把三具僵尸带回实验室去进行研究，阿豪无奈只得照办。
到了实验室后，教授去准备器材。阿豪独自在实验室看着僵尸，这时阿星刚好过来找阿豪，看到僵尸上的符咒很眼熟，于是拿出九叔给他的秘籍来研究。阿星边翻看秘籍边对照符咒，无意中拿下了女僵尸的符咒。女僵尸苏醒，师兄弟二人手忙脚乱。一阵慌乱之后，二人成功再次镇住僵尸。
教授回来后说要带着三具僵尸去找香港科研所的同僚帮忙，于是三人努力把僵尸家族们装上车。在装运过程中小僵尸的符咒有所松动，大家没有发现。行车途中，因为教授抽烟阿豪打开窗户透气，一阵风吹来，小僵尸的符咒脱落。
醒来的小僵尸对于一切都很好奇，在跳下车后，他来到一处民宅。十多年后的贝勒爷身材已经严重发福，看不出年轻时的俊美。在和小凤结婚后，二人如胶似膝，很是甜蜜，不久就生下一个女儿，取名马小玲。
马小玲在自家工具房里面发现了小僵尸，一番试探之后，两人成为好朋友。马小玲让小僵尸戴着墨镜外出，并介绍自己的小伙伴给小僵尸认识。众人在外出游玩的途中，小僵尸利用自己的法力来帮助大家，深得大家的信任。于是小玲偷偷在家藏着小僵尸，连贝勒爷也不知道。
另一边，阿豪和阿星向教授严肃的说起僵尸的危险性，可惜一票香港科研所的科学家自命受西方高等教育，瞧不起二人，更是讥笑僵尸翻身无稽之谈。其中一名科学家甚至上前撕掉符咒，两人都来不及阻止。
脱身的男僵尸和女僵尸发现醒来后不见小僵尸，于是大开杀戒，离开科研所。一路追寻气味来到小玲家，小僵尸阻止自己父母杀害自己的朋友，答应和父母离开。马小玲依依不舍的和小僵尸告别。
僵尸家族三人刚刚离开，阿豪和阿星就带着九叔赶到。阿豪告诉九叔，男僵尸可能是杀害师叔的凶手。教授也带着警察赶来，由于科研所的血案，警方带着重火器。在街头遭遇的众人，非常意外。警方拒绝了九叔的提议，认为茅山术都是骗人的，坚持要彻底消灭僵尸。
双方在街头开始了一场大战，最终警察消灭了男僵尸和女僵尸。而小僵尸得以逃脱，原来在与马小玲众人一起时，小僵尸渐渐懂得了人性。在父母的拼死抵抗之下，小僵尸趁机逃走，九叔和众人也打着掩护。
发现小僵尸有了人性后，九叔认为只要平时用血食喂养他，时间长久之后小僵尸就能血气回炉，肢体回复知觉，能像正常人一样行走，而不是蹦蹦跳跳。只是以后小僵尸将不生不死，终身以血为食。九叔拿出茅山派的功法，原来茅山派有秘术供僵尸修炼，只要通过吸收月之精华来修炼，加以时日，僵尸也能无惧阳光，成为外表像人类一样的僵尸王。
马小玲开始跟随九叔学茅山道术，小僵尸也开始修炼，他期待自己能变成人类的那一天。
《僵尸家族》的故事随之结束，可马小玲的故事才刚开始。