段祺瑞不算最火大的，比段祺瑞还有更火大的，那就是孙文。
在杨兴发表议和通电后，本来就对孙文大为不满的桂系马上找到借口。
第二天，在陆荣廷支持下，广州临时政府通电拥护护法各省，主张南北和解，反对单方面开战。提出护法各省现宜遥戴黎元洪或冯国璋为大总统，推岑春渲为国务总理。至于孙文，“则宜游历各国，办理外交”。
5月4日，在政学系及益友社操纵下，不顾孙文和中华革命党议员的坚决反对，非常国会竟强行通过了《修正军政府组织法案》。
5月20日非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙文、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷、岑春煊、杨兴等人为政务总裁，以岑春煊为主席总裁。
而这时，杨兴也在章太炎教导下，知道自己错了，并且大错而特错。
发表通电，护法军政府除了拥护孙文外，别无它途，不承认岑春煊为主席总裁，从即日起，虽然继续担任护法军政府元帅，但是对广州护法军政府，则不予以承认。
给孙文发表通电，欢迎到四川来组建新的护法军政府。
但是一干幕僚认为四川过于偏远，不适合于组建护法军政府。
杨兴组织的另类政府，绝对不同于孙文之政府。
四川四面环山，一进去的话，可怕就难以出来了。
孙文见护法运动失败后，发表：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。虽号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。……”的感叹后，离开广州。
在孙文离开后，吴景廉等非常国会国民党议员纷纷离开，而一些政友会等非常国会议员，则继续在广州召开非常国会。
有历史学者评论护法运动的手法：运动虽名为“护法”，但实际上以法律程序，广州“非常国会”每次开会皆少于法定人数。因此，实际上，军政府自成立始，并不符合法定程序。
广州军政府成立之后，亦一直未为外国所承认。而在孙文成立军政府之前，民国依然能保存表面上的统一。
孙文另立政府、建新法统的做法，以及护法其间，孙文多次反对和谈，坚持武力北伐，客观上对中华民国的统一局面造成了破坏。此例一开，之后的数十年间，中国境内出现过各式各样，自称为真正“革命”、“合法”、寿命长短不一的政府，不下一、二十个。
另外，根据近年发表的研究资料，孙文首次从上海到广州护法前，因为其反对中国参战的态度，曾经得到德国政府二百万银圆的资助。
孙文是以此为资本，得以贿赂为北洋政府排挤的海军，以及资助原国会议员南下广州开会。西南各系军阀性质类近佣兵，当孙文财力枯萎时便起而反之。
就算是当时的广州市民，对于由孙文招徕的“客军”开赌卖烟土、政府欠缺实干革命精神、忽视市政建设等弊病，感到厌恶，因而对孙文亦不存好感（以上对护法运动评价资料转自百度）。
全国上下，除了孙文感到郁闷外，更郁闷的是梁启超。
原来第三势力领袖是中国进步党党主席梁启超，在其得意高徒蔡锷，另一个高徒戴戡成为四川督军的时候，梁启超认为中国进步党已经成为全国第三大势力，如果蔡锷、戴堪两人，有一人能够顺利成为川督，治理四川，如此中国进步党早已经是全国第三大势力了。
但是风云突变，自己爱徒蔡锷、戴戡相继死去（参观邓公在广安纪念堂，邓公父亲就是中国进步党党员，在戴堪被杀后，邓公父亲躲避仇家）
现在，大家都知道，中国进步党已经不进步了，大家都知道中国进步党已经成为过眼黄花，现在中华进步党，只能混迹于北洋军阀、南方护法政府之间，苟延残喘而已。