中华民国成立后，初被袁世凯任为新疆都督兼民政长，后拥护袁世凯称帝，并受封一等伯爵。袁死后，长期担任新疆省长。
在内政上，杨增新实行“无为而治”的原则。首先在政制财政上有所改革，以利统治，包括更有效率的调整建治，使各地更易于为迪化所控制，此外整顿吏治，打击中饱，使财政收入大为增加，并实行裁军。
在民族和宗教的政策上，杨采用了怀柔牵制的政策以防止了动乱。一方面以对各族上层王公的笼络支持，并使其中各集团互相牵制，少数民族之间、回汉之间也尽量使之互相牵制。在宗教方面，以不干涉人民的宗教为原则，但希望维持当地伊斯兰教现状，用宗教来协助社会秩序的维持，并防止外来的宗教力量进入影响。
杨增新主要功绩表现在击败外**立分子黑喇嘛对新疆的窥视，击败沙俄数万白军进入新疆企图。
在民国初年，在沙俄支持下，黑喇嘛成为外**立的急先锋，92年黑喇嘛作为西蒙古军队的最高统帅带兵攻打与新疆比邻的科布多城，他攻克了这个原属大清的西部重镇，将城中的非蒙古居民赶尽杀绝。为了抗击黑喇嘛，杨增新在外无援兵的情况下，决定将科布多划分为科布多与阿尔泰，佯攻科布多，死守阿尔泰，终于大败沙俄的企图。
在十月革命后，中亚原来归属沙俄罗曼诺夫王朝的部落陷入无政府状态。约0万哈萨克、吉尔吉斯难民涌入新疆。此外，大批溃逃的白俄为躲避红军追剿，进入新疆，人数达5万之巨。这些军人性情凶残、装备精良、敢打敢杀、无恶不作。杨增新意识到“白俄势力抵抗苏俄虽不足，扰乱新疆则有余”。
他根据这些人特点。设法让其中最顽固的阿连阔夫将军染上鸦片瘾，瓦解其斗志，不战而胜；对于其它人，则歌舞款待，美酒伺候，不知不觉中让他们全部缴械。杨将军这温柔一刀实在厉害！
在那以后，杨增新采取裁兵原则，将新疆驻军裁减到万余人。
所以当时新疆情况非常复杂，苏俄在白俄势力中发展组织，安插眼线外，更为重要的还有数十万哈萨克、吉尔吉斯难民到新疆避难。
要知道，在前世，在二三十年代，盛世仁统治新疆的时候，苏俄为何几次差点将新疆从中国分裂出去，主要原因就是在十月革命后，涌入大量的白俄难民，主要原因是苏俄在白俄难民中发展组织。
在前世，南疆局势非常混乱，独立事件连连，一个主要原因就是那些在俄国十月革命后进入中国南疆的难民后代在后面作祟。
所以，虽然在杨增新统治的时候，这些难民没有危害地方，但是在以后几十年，当他们成了气候后，就问题颇多了。
既然如此，国民革命军必然大批进入新疆，让钟体道组织对新疆的谈判，谈判要求就是，新疆驻军接受整编，国民革命军进入新疆，杨增新由于年事已有67岁高龄，可以回到内地担任国会议员，或者担任行政院高级参议，甚至担任国会里面的蒙疆委员会主委。
可能有人认为，从一个新疆王变为内地一个高官，杨增新可能有这样那样的不满，但是他不可能组建军队对抗政府，也对抗不了政府，毕竟现在全国已经统一，作为一个偏远省份的统治者，杨增新没有任何实力对抗新生的国民政府。
随即，杨兴任命原川军第师师长周道刚为西北屯垦督办，新疆省主席，以将新疆重新纳入国家统治范畴。
考虑到苏俄对新疆参透甚重，除了组建新疆建设兵团外，另外就是从四川、两湖地区招募民众前往新疆种棉花，种植粮食，以保疆戍边。
在年前，为了控制西北，杨兴就从四川移送大量川民前往甘肃进行屯边，种植棉花，经过八年发展，不但形成一套完善的屯边体制，不但可以保证屯边农民的合法权益，更为重要的是屯边收割的棉花为四川棉纺行业蓬勃发展提供了工业动力。
除了屯田种植棉花外，为了震慑苏俄对新疆的野心，确定由邓锡侯率领第军向新疆开去，同去的包括在四川训练的个坦克营随军进入新疆。
坦克营长则由杜聿明担任，自第二次北伐战争以来，杜聿明率部连战连捷，现在被杨兴派往坦克部队担任营长。
由于在东北地区、西北的河套平原、河西走廊、新疆进行大规模屯边运动，在内地进行公路、交通、工业等方面建设，如此大大缓解了内地紧张的土地矛盾。