陆荣廷也干脆，当即就是把三个人数和装备较好的三个师改编为中央陆军师，然后剩下三个师被抽调了部队人员和装备后缩编为三个混成旅，并向陈敬云要了三个混成旅的编制，陈敬云也不阻拦，直接批准了陆荣廷的的要求给了第六、第七、第八混成旅的编制。使得第五军拥有了三个师，三个混成旅的部队，总兵力高达四万余人。
滇军的改变也很简单，陈敬云给了唐继尧两个军，六个师的番号。滇军的编制比桂军要标准的多，之前滇军是分成了两种编制，一种是仿效北洋以及前清新军的四团满编制，除了炮团和骑兵团不能满编外，四个步兵团还是能够满编的，另外还大量建立了两团制的混成旅。严格上来说滇军的编制和北洋军是极为相似的，而这样改编起来就方便多了。
唐继尧把驻扎在四川的两个师以及三个混成旅合编为第六军，还把其中两个混成旅合编为一个师，给第六军筹足了三个整编师另外加一个混成旅。番号分别为第十五师、第十六师、第十七师、第九混成旅，总兵力达四万余人。军长为韩建泽
留在云贵两省内的其他滇军被整编为第七军，其中有三个师和四个混成旅。三个师直接改编为中央陆军师，剩下的四个混成旅也不动，直接换上了中央陆军混成旅的名号，番号分别为中央陆军第十八师、第十九师、第二十师、第十混成旅、第十一混成旅、第十二混成旅、第十三混成旅。使得第七军拥有三个师、四个混成旅，总兵力近六万余。军长由唐继尧亲自担任。
滇军和桂军的整编计划里，主要内容就是换了个部队番号，其他的部队编制，指挥权，乃是人事都不会变动，任旧保持原有的体系。并且这些只涉及到了主力野战部队，还有相当部分地方部队并没有纳入整编计划，陈敬云已经准备在各省设立警备司令部，负责管辖指挥各省的地方守备团等地方部队。
国民军、滇军、桂军三支军队完成改编后，南方联军将会拥有二十个中央陆军师，十三个中央混成旅的主力野战部队，这些部队之间的战斗力肯定是相差不等的，陈敬云嫡系的部队和陆荣廷乃是唐继尧的部队是没法比的，要知道当初国民军组建混成旅的时候，一个混成旅的作战目标可是桂军或者滇军的师，而国民军的师级部队则是用来对抗北洋主力师的部队。尽管里面相差甚大，但是二十个师十三个混成旅的架子总算是打出来了，南方联军的气势也就打出来了。如果加上三家剩下的那些地方守备团性质的地方部队，那些还得再算出十几万的部队来。
如此一来，南方联军号称的五十万大军也并不是空穴来风，只是这五十万里真正能北上和北洋打的顶多二十万，而这个二十万里头主力也就是国民军的十来万，剩下的都是凑数的。
整编军队的过程中，陈敬云又任命唐继尧和陆荣廷为统帅部副元帅，这个副元帅和陈敬云的大元帅一样并不是军衔，而是一种职位。而鉴于现在的国民军乃至滇军桂军的高级将领，包括陈敬云和唐继尧等人在内的军衔都是北洋政府授予，现在南方临时政府成立后，北洋对这些人进行通缉，自然也就不好继续使用这些北洋政府授予的军衔了。所以在整军的同一时间内，统帅部对南方联军的高级将领进行统一授衔，这个授衔基本就是按照原有军衔授予，少数是根据现有职位来授予，对唐继尧和陆荣廷正式授予上将军衔，这一次陈敬云也是顺势把自己的军衔提升为上将。
陈敬云的大元帅、唐继尧和陆荣廷的副元帅都不是军衔，而是职位，上将才是他们的正式军衔。
陈敬云在南京忙着整合南方各军编制的时候，北洋军和南方联军的战争也正式爆发！不过这个爆发并不是众人之前认为的苏南地区，也不是皖南地区，而是爆发在湖南地区。苏南和皖南遍布国民军和北洋军的主力部队，不管是国民军要北上还是北洋军要南下，难度都不是一般的大，一大打起来那就是规模宏大的超级大战，加上现在的七月份正值长江流域的梅雨季节，天气不好道路难走，所以尽管双方已经正式撕开了脸皮，但是却没有立刻进行大规模的战争。
南方联军和北洋军的第一仗是爆发在湖南！
在陈敬云就职大元帅之后，江西和广东以及广西的桂军已经分三路向湖南进军，由于陆荣廷已经加入了南方临时政府，虽然不可能完全消除桂军和国民军的对抗，但是经过协商之后双方还是从对持严重的广东地区调出部队，国民军第三师减少了广州以西的驻军，转而抽调部分部队北上进军湖南，陆荣廷也从广东抽回了一个师和一个混成旅，只留下一个师预防不测。随后双方的从三个方向同时向湖南进军，进攻湖南的总兵力已经超过五万余人。刚进入湖南境内，国民军第一混成旅就已经在湖南省陆军第三师下属第六旅发生交战，从发爆发了北洋军和南方联军的第一场大规模战事！