在这场大规模清剿活动中，北京的李继民也没有闲着，虽然北京周围没有什么大规模土匪，甚至连大规模的私人武装也没有，但是这不代表着李继民就没事做。
进入北京城后李继民手下的第一军就是全面控制了北京城，鉴于北京曾是北洋政府的首都以及城内聚集了大量前清遗老遗少和北洋的重要人物，所以李继民一进入北京后就是根据南京的命令进行了大规模的控制和清洗。
除了一开始就投诚的部分北洋军官和将领外，大批北洋官员和军官被逮捕，其中一些具备了重大影响力的虽然不能公开抓捕但是也被软禁了起来。
除了肃清北洋残余外，李继民也是的毫不犹豫的派兵进入了紫禁城并把溥仪给赶到出来并让溥仪迁居到另外一处住宅并被软禁了起来。、
此时可不是李继民擅自专断，而是来之于陈敬云的命令，虽然当初辛亥革命时南北和谈达成了优待清皇室的条款，但是陈敬云又不是袁世凯，当初答应给清皇室优待的是袁世凯可不是他陈敬云，陈敬云可不想都民国了，紫禁城里还有着一小群人天天坐着皇帝的美梦，更不想清皇室的影响力持续下去最后让日`本人找到什么机会弄一场满洲独立之类的事情，后世里的伪满洲国陈敬云是绝对不会让他再一次出现的，如果不是怕影响不好他都要下令让李继民把溥仪直接杀了了事，免的他长大后被日`本人利用。可是终究没能做出这样的事情来，倒不是陈敬云心软，而是直接光明正大的把溥仪这小孩子给杀了容易造成恶劣影响。
为了达成把溥仪赶出紫禁城并肃清前清以及北洋残余的效果，调查局的陈彩亲自前往北京指示调查局展开工作，仅仅是数天时间里调查局就已经是拿出了一大堆证据，把溥仪等一群前清皇族和民国元年在东北地区爆发的宗社党叛乱结合了起来，大肆指责前清皇族意图叛乱复国。事实的真相到底如何已经不重要，重要的是李继民当天就是把溥仪从紫禁城里赶了出来，并软禁逮捕了一大批前清余孽。
紧接着南京共和政府宣布废除前清优待条例，紫禁城收归国有，并准备改建为国家博物馆，并宣布到时候任何游客只要支付参观门票，谁都可以去龙椅上坐一坐，而且不分人狗。
此时让一大群满清余孽痛哭疾首，大骂陈敬云这个叛臣贼子，不过也没见他们真正为了溥仪而上吊自杀或者是硬是往国民军士兵手中的枪口上撞过去，一个个只能嘴巴上叫嚷着，报纸上骂着，不过说不准这些人心里还犹豫着等紫禁城改为了国家博物馆后，自己是不是也花点门票去参观参观然后坐一坐那龙椅呢？
除了解决紫荆城和溥仪外，李继民还让手下的部队配合着陈彩手下的调查局在北京城内进行了大规模的清洗活动，大量反对南京共和政府以及反对陈敬云的人士被逮捕然后以各种罪名被枪毙，其中用的最广泛的罪名就是“叛国罪！”
说起来叛国罪这个词在民国初年的这几年来用的相当广泛，孙文、黄兴、宋教仁等人头上都盯着这么一顶帽子，而南京共和政府的一大群人也是被袁世凯带上了叛国罪的罪名，陈敬云、沈纲乃至郑祖荫这些都是有着这么一顶帽子在。而同样的，陈敬云也给毫不示弱的给大票的北洋待上了叛国罪的罪名，袁世凯自然是最大的一个。不过段祺瑞和黎元洪等人主动投降，让大批的北洋人得以免除了叛国罪的罪名，甚至不少人都直接进入了南京共和政府中任职，比如北洋内阁里的财务部总长周学熙、这人在段祺瑞筹划着投降时就是立即赞同，并且拉拢了大批政府内的重要官员加入其中，所以在国民军进入了北京城后，为了初步稳定北京城的局势，加上段祺瑞和黎元洪都准备去南京见陈敬云并且到南京任职，而李继民也不能让北京一直处于军官状态，为此陈敬云就邀请这个在北洋诸多投降官员中有着巨大威望的周学熙担任北京特别市的市长，负责安定人心。
周学熙崛起了，也有些人顽固不化而被国民军以叛国罪的逮捕并枪毙，不过更多的则是躲入了租界里头，比如内阁总理赵秉钧就是找了个机会溜出了北京城，然后潜入了天津租界。
而不管怎么说，北京城现在已经是掌控在国民军的手中，等李继民把北京城肃清的差不多了，南京共和政府筹划已久的北巡也准备开始了，五月十五号，陈敬云的专列从南京北站出发，准备沿着津浦线北上巡视，将会途径安徽蚌埠、江苏徐州、山东济南最后抵达北京。