2月12日，洪致应电：“来函已面呈总统、总理阅过，以后勿通电国务院，因智（赵秉钧字智庵）已将应密本交来，恐程君不机密，纯令兄（洪自称）一手经理。”
3月10日，应桂馨致洪述祖电：“八厘公债，在上海指定银行，交足六六二折，买350万，请转呈，当日复。”
3月13日，应桂馨致洪述祖函：“《民立》记遁初在宁之演说词，读之即知近来势力及趋向所在矣。事关大局，欲为釜底抽薪法，若不去宋，非特生出无穷是非，恐大局必为扰乱。”
同日，洪述祖致应桂馨电：“‘川’密‘蒸’电已交财政总长核办，债止六厘，恐折扣大，通不过。毁宋酬勋，相度机宜，妥筹办理。”
3月14日，应桂馨致洪述祖电：“梁山匪魁（指宋教仁），四出扰乱，危险实甚，已发紧急命令，设法剿捕之，转呈候示。”
3月18日，洪复应电：“寒电立即照办。”次日又电：“事速照行。”
3月21日凌晨2时，武士英刺杀宋教仁后不到4小时，应致洪述祖电：“24分钟所发急令已达，请先呈报。”同日又电：“号电谅急，匪魁已灭，我军无一伤亡堪慰，望转呈。”
3月23日，洪述祖致应函：“两电悉，不再另复。鄙人于4月7日到沪。”
这些函电被外国报刊公布后，全国各大中文报纸转载，陈其美、居正等国党民等要员，要求英国领使馆将这些证据交给他们。而北京袁世凯电令江苏都督程全德索回这些证据以备查清案件，还事件本来之面目。
英国领使馆对此次“证据门事件”大为光火。英国方面并没有打算把证据公布，而是准备与袁世凯换点东西的，现在事情全给那些记者搅黄了。
应桂馨、武士英二犯落网后，以及大量证据材料的出现，让袁世凯惶恐万状。他密电程德全说：“连接南方私人来电，宋案牵涉洪述祖，是否确实，究何情节，宜速查复，以为凭核。”
接着，他致电催促程德全报告证据，以谋对付办法。他的机要秘书张一麟也多次密电程德全，要他把牵涉中央的证据向英厅索取，派人送京，并特别叮咛说：“可不作正式报告。”
鉴于外界的强大舆论以及中国的政府的要求，上海公共租界会审公堂先后将应桂馨、武士英二犯解交上海地方当局。又将凶器五响手枪1支，密电码3本，封存的函电证据5包，皮箱1个移交上海地方当局。这些罪证都由程德全、应德闳同上海地方检察厅长陈英检查验收。经过整理后，将有关紧要各证据共同盖印，并拍照片。
目前，“宋案”的证据中，不管是人证，还是物证，都全部指向内阁总理赵秉钧，而赵秉钧又是袁世凯的心腹。国民党内部对该案的处理分处两派，一派主张通过法律途径解决，另一派主张通过武力解决。
在日本考察的孙中山得知宋教仁遇刺后立即够船票赶回国内，后来接国内来电称宋教仁无事，便暂缓行程将日本考察的诸事料理完毕后才回到国内。回国后针对此事的处理，孙中山主张以法律手段加以解决。
宋教仁权衡再三次，决定通过法律手段解决。
上海地方当局传票赵秉钧到案接受质询，可是赵秉钧却迟迟不到。宋教仁亲自致电袁世凯，要求让赵秉钧到上海。袁世凯也行动了起来，公开发出手令敦促赵秉钧南下。赵秉钧以年老体弱、身体有病辞去内阁总理，同时回到了天津休养。
因为赵秉钧不到案，迫使“宋案”的审理工作无限期搁置。国民党党人为此极为不满，对袁世凯展开了更加猛烈的舆论抨击。一些国民党人更是倡议国会自行召集，先开预备会议于上海，再举行成立会于南京，以此保证立法机关的安全，预防北京的干涉，使议员可以自由议定宪法，选举总统。
袁氏闻听此说，便张惶失措，日夕焦虑，求消弭之策。
遇刺后的宋教仁首次公开出现在演讲台前，演讲进行时，宋教仁拒绝了王亚樵了贴身保护，在其看来袁世凯还不敢在光天化日之下刺杀他。但是王亚樵认为此时参加这种大型的群体活动实在是太危险了，但是他的声音实在是太微弱了。国民党中的一些人对于宋教仁可能再次遇刺，抱着一种极度扭曲心理。
遇刺后的首次公开演讲吸引了数万听众以及大量中外记者，宋教仁的演讲不时的传来雷动般的掌声。主席台下听众们不住的高呼着，“国民党万岁……”
“三民主义万岁……”
台下千呼万唤，台上宋教仁微笑着挥动着手臂。突然间，有人听到一声枪响，接着主席台上的宋教仁应声而倒。四周的卫兵诸如王亚樵等，以及黄兴等国民党要员跑上前护住宋教仁，挡在宋教仁身前的黄兴更是左肩中弹倒在了台上。
会场内一片混乱，而年轻军人们愤怒地向四周张望着。