卢象升抵达辽东之后，肩负的使命还是很重的，在京城的时候，皇上已经说了，征伐后金鞑子的事宜，恐怕要暂时延迟一下，户部难以拿出来足够的金银珠宝，若是要强行征伐，势必要损害老百姓的利益，故而卢象升赶赴辽东，主要职责是整编辽东边军。
二十余万的辽东边军，队伍过于的庞大了，朝廷根本就无法养活，依照江宁营的俸禄来养活辽东边军，朝廷承受不住，皇上和朝廷的意思，二十余万的辽东边军，保留五分之一，也就是不超过五万边军，整合之后的辽东边军，直接编入江宁营。同时江宁营抽调五万将士，一同驻扎辽东，最终的结果，辽东驻扎十万江宁营将士。
当然，卢象升也留在了辽东，以兵部尚书和都督的职衔，兼任辽东巡抚，直接指挥辽东的十万大军，兵部日常的事宜，暂时由杨嗣昌代管。
卢象升抵达辽东，进入宁远城的时候，祖大寿、祖大乐带领辽东边军游击将军以上的军官，悉数在宁远城门等候。
柳敬亭返回了京城，阎应元继续留在了辽东，而且将在辽巡抚衙门做事情，成为协助卢象升的第一个朝廷官员。
卢象升在众人的簇拥之下，进入了巡抚衙门。
祖大寿和祖大乐等人，保留了原来的职务，圣旨早就到辽东了，唯一的变化，是原辽东巡抚史可法，暂时没有任命任何的职务。等候卢象升来到辽东之后，直接到京城去。
整合辽东边军是大事情。必须要慎重对待，这关乎到辽东的稳定。
原来的二十多万大军，仅仅保留五万人，这可不是一般的裁撤，加之朝廷废除了军户制度，这些人裁撤下来的军士，总是需要有地方好好安置的，若是这个问题处置不好。导致辽东出现变故，甚至出现辽东边军投靠后金鞑子的情况，那就不好说了。
好在卢象升来到辽东之前，早就想好了办法，采用整体搬迁落户的形式，京城周边的耕地，官府全部都收回来了。因为黑死病的肆掠，出现了很多无主的土地，加之从士绅富户手中收购来的耕地，足够安置很多人了，其实废除了军户制度之后，也有不少的军士。想着能够安安心心的种田了，毕竟在军队里面，时时刻刻面临着危险，弄得不好小命就保不住了。
裁撤边军，需要得到祖大寿和祖大乐等人的支持。要不然无法妥善的布置下去，保证能够平稳的完成裁撤任务。
跟随卢象升来到辽东的五万边军。进入关内之后，分批次驻扎在大凌河城、锦州、广宁和山海关，其中锦州和广宁仅仅驻扎了五千人，两万人驻扎在大凌河城，两万五千人驻扎在山海关，基本上接手了辽东的防御。
上任之后，卢象升与阎应元商议了相关的情况，阎应元对辽东的情况是比较熟悉了，主要是长时间与祖大寿、祖大乐等人在一起，知道辽东主要将领内心的想法。
阎应元开门见山的说了，祖大寿和祖大乐等人，最大的愿望是能够直接进入江宁营，成为江宁营之中的一员，至于说担任什么样的官职，两人也有间接的表示，希望能够成为江宁营卫指挥使之一。
能够成为江宁营的卫指挥使，那可是不简单的事情，这么多年过去了，江宁营在任命高级军官的事情方面，一直都掌控的非常严格，就算是江宁营的内部，提拔为卫指挥使，都是非常困难的事情，当初在辽东威风赫赫的吴三桂，进入到江宁营之后，也是经历了一番的波折，才成为卫指挥使之一。
朝廷已经开始决定对江宁营的职级进行彻底的变动，毕竟以前的卫指挥使、千户、百户、总旗和小旗等等军官职务，都是按照以前军户制度产生出来的，朝廷已经废除了军户制度，继续沿用这些军官职务，就显得不是很合适了，洪承畴和卢象升都提出来了这样的看法，皇上也是完全表示同意的。
军队之中也存在品秩、散官和实缺的问题，盖因为大明朝廷的时候，军官的身份是低微的，与文官没有丝毫的可比性，但大晋朝廷不一样了，武官和文官没有什么本质上的区别，江宁营最高指挥官洪承畴，就直接进入了朝廷，成为丞相之中的一员，从这个方面来说，军队的地位将要出现明显的变化。
时间很是紧张，有关军官称谓变化的事宜，暂时顾不上，兵部提出来的一套方案，皇上不是很满意，按照皇上的意思，品秩与实缺是不能够完全分开的，是什么品秩，就要负什么样的责任，不能够说享受将军的待遇，却什么事情都不用操心，甚至在军队之中，没有什么实际上的职务，这样的情况肯定不能够出现，包括文官之中，今后都要慢慢废除这样的规矩。
从阎应元这里了解情况之后，卢象升放心很多了，按照兵部的意思，本来就是要求祖大寿和祖大乐两人成为江宁营卫指挥使的。