洪太对祖大寿诸子恩宠也重，并没有因为其父之死而冷落他们。锦州之战后，洪太便授祖泽润三等子，任兵部右参政，隶汉军正黄旗；授祖泽传吏部参政，隶汉军镶黄旗；祖泽洪工部参政，隶汉军镶黄旗。
祖大成、张存仁、刘天禄、韩大勋、曹恭诚、祖大寿养子祖可法、义子祖可远等原明军将领也都保留原官抬入汉军旗，这些举措迅速安抚住一众降将的心，也使得接下来对辽东军的瓜分没有引起大的波动。
祖大寿留下的这帮将领，洪太放心，代善自然也不会提防，物尽其用，于其让孙得功他们统领这些辽东军，不如交给祖家人。大金厚待你们，尔今大金有难，你们也应该为大金出力才是。
三千辽东军被分作四营，每营八百兵，除祖大成和祖泽润各领一营外，刘天禄、曹恭诚也都独领一营，分守东南西北八门。除此之外，还有两千助战阿哈作为辅兵使用。
对助战阿哈的战力，明金双方都没有当回事，以前金军出征时，一个旗丁通常要有两到三个阿哈协助，但算兵力时，这些阿哈却从来不是作为战兵统计的，他们的伤亡也是不计的。
助战阿哈存在的目的便是减轻战兵的负担，运送辎重，战场上有时也负责看守俘虏，割取敌兵首级。若战事不顺时，这些阿哈则是要被充为炮灰使用的。这一点倒和锦州军重骑兵配备1600名轻骑辅兵相似。助战阿哈的来源很复杂，并不单纯都是汉人，也有蒙古人、朝鲜人、飞牙喇、巴尔虎（所谓生女真）等其他民族存在。
助战阿哈们通常在历经几次战事后能够提为不披甲旗丁使用。八旗的不披甲兵可以和明军的正兵抗衡，因此八旗兵出战时是乐意多带阿哈的，因为这意味着日后他们可以拥有更多战兵。至于披甲兵则是各旗主力了，摆牙喇这等旗主亲兵更是精锐中的精锐，非不得已绝不会轻易损耗。
现在沈阳城中就有汗王宫和代善正红旗摆牙喇兵400多人，披甲兵1200人，不披甲的旗丁2000多人，新征发汉军3000多人，加上数量差不多的助战阿哈（又称厮卒），单以人头来数，总兵力已经超过城外的明军。只可惜，战争不是以人数来决定胜负的，更何况这点兵力对于守卫沈阳这座大城来说，还是少得可怜。
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孙得功和石廷柱麾下有四百亲兵家丁，代善另外拨给了一百披甲旗兵，这五百人不仅要监视辽东军，更是作为外城的机动力量存在。当然，代善给孙得功的命令最后一句是：“事不可为即入内城”。