天启皇帝朱由校曾经以为东林党的目的是为了独霸朝廷，出于对东林党支持自己父子登基的功劳，朱由校也是一忍再忍，然而东林党却是不单单要控制朝廷，甚至要控制皇帝自身，于是又发动了“移宫案”！
明万历四十八年（16 年）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。
天启皇帝朱由校由于其父泰昌帝朱常洛不得万历皇帝的宠爱，他自幼也备受冷落，直到万历帝临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。朱由校的生母王才人虽位尊于李选侍之上，但因李选侍受宠，她备受李选侍凌辱而致死，临终前遗言：“我与西李（即李选侍）有仇，负恨难伸”。于是东林认为，朱由校从小亦受李选侍的“侮慢凌虐”，终日涕泣，形成了惧怕李选侍的软弱性格。但崇祯即位后却称李选侍对待他们兄弟甚好（《三桓笔记》）。
泰昌帝即位后，朱由校与李选侍一起迁住乾清宫。一月后，泰昌帝驾崩，李选侍控制了乾清宫，在太监李进忠（魏忠贤）等支持下，企图逼封皇太后。此举引起朝臣怀疑，认为他要垂帘听政。
泰昌帝驾崩当日，杨涟、刘一燝等朝臣即直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见皇长子朱由校，商谈即位之事，但受到李选侍的阻拦。在大臣们的力争下，李选侍方准朱由校与大臣们见面。杨涟、刘一燝等见到朱由校即叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登极大典。为了朱由校的安全，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。
这就是事情的原委,不过每个人都有自己的解读,东林党的第一点解释是[李选侍虐待朱由校,明显不符合崇祯本人的意见,说不通.]
第二点解释是李选侍企图逼封皇太后妄图影响朝政,这点其实是说的通的,毕竟李选侍作为非皇后的存在,想要名分自保.不过水分也是很大的,毕竟这明朝出过皇帝专权,首辅专权,这太后专政实在是没听说过……
当然非要说太后废皇帝的也不是没有，明朝时，土木堡之战皇帝朱祁镇被也先俘虏，也先利用朱祁镇要挟明朝，于谦众人请求太后另立新君，朱祁钰当上皇帝，不过个人认为这就近乎于抬杠了。
而事实上发生了什么呢,是本来泰昌帝朱常洛时代的拥立功臣东林党们,摇身一变又成了天启皇帝朱由校的拥立功臣,甚至实力还大为增长,甚至通过王安这个“贤内相”控制了天启皇帝朱由校的人身安全！【以保护朱由校离开乾清宫为理由，安排在太子宫居住，由太监王安负责保护】.
或许有人觉得这是疑神疑鬼，哪有朝臣敢于威胁皇帝的安全呢，那么事实说话----号称君主**达到了顶峰的明朝，皇帝的人身安全到底可靠不可靠呢？
不看不知道，一看吓一跳，这明朝皇帝在后宫中真的谈不上安全可言，明武宗是是落水不治，他本人是亲自上阵杀鞑子的好汉，一个落水就完了，嘉靖皇帝差点被宫女勒死，泰昌帝朱常洛因为红丸离奇而死，甚至天启皇帝自己也是死的不明不白，与王体乾、魏忠贤及两名亲信小太监去深水处泛小舟荡漾，却被一阵狂风刮翻了小船，不小心跌入水中，差点被淹死。虽被人救起，经过这次惊吓，却落下了病根，多方医治无效，身体每况愈下，最后服用尚书霍维华进献的仙药，也是无效，饮用几个月后，竟得了臌胀病，逐渐浑身水肿，卧床而死.