郑芝龙有兵权，朱聿键有龙椅。为了摆脱郑芝龙的控制，朱聿键使出了他的招数：以文制武，这是祖制，历史证明，这一招是比较管用的。
但是马克思主义哲学告诉我们，具体问题要具体分析。显然朱聿键是不懂这个规律的。
和平时期管用不代表战争年代管用，浙江管用不代表福建也管用。
战乱时期，枪杆子里面出政权，有部队有家当是王道。不过由于文臣控制着财政，就算武将太嚣张，也不敢搞得太离谱，毕竟没钱，你打什么仗。
而且打仗还不是一般费钱，是相当费钱，据统计，崇祯朝80%的财政支出是军费！
到了郑芝龙这里，情况完全不一样，郑芝龙不仅有定策之功，军事实力一家独大，而且郑芝龙的贸易搞得如火如荼，朱聿键估计还得靠郑芝龙救济。
两人在控制与反控制过程中，产生了各种矛盾。
话说回来，君臣之间闹点矛盾是常有的事情，该干的活干完就是了。
但是他们很快就产生了根本性的分歧，
有理想的朱聿键想打回自己的老家北京，但郑芝龙是不太有理想的，对他来说，只要有钱赚就可以了，打到北京？自己都已经这样了，只要能继续做生意，那就可以了嘛！
郑芝龙不敢公然对抗隆武帝的命令，于是郑芝龙装模作样地派出郑鸿逵北上，跑到半路，又是路途不顺畅，又是没粮饷——靠，钱都在你那边，你没粮饷？
总之就是拖着，结果清军一来，立马逃了回来。
结果就是，朱聿键对郑芝龙彻底失去信心，他很不爽，同时郑芝龙也很不爽。
两人都不爽，首先爆发的是朱聿键。不是郑芝龙不想爆发，关键是郑芝龙暂时没有机会（不过这个机会很快就会来的）。
朱聿键认为要呆在福建实在是没啥前途，而且清军刚刚平定了浙江，准备南下福建。
郑芝龙又是个专门保存实力的主。
正好比较听话的江西总督万元吉建议朱聿键移驾江西，领导北伐。于是朱聿键决定“御驾亲征”，到江西投靠万元吉。
但是郑芝龙是强烈反对这个事情的，如果皇帝离开福建，本来福建在那个时候也就是个比较偏的地方——要不也不会有这么多人冒着砍头的风险搞国际贸易了，那福建又成了爹不疼娘不爱的地方了，不说其他的，光是曝光率都要一落千丈。
问题是郑芝龙也不能公然软禁，那估计要被口水喷死，风险太高不合算。
郑芝龙搞点小诡计还是很有一手的。朱聿键离开福州，准备前往赣州的时候，郑芝龙先是以边关防守薄弱为由，力劝朱聿键返回。
接着，郑芝龙充分发动人民群众的力量，“数万军民拥道豪呼，拥架不得前”。朱聿键本来已经到了建宁县，离江西只有一百公里，结果由于郑芝龙从中作梗，不得不走回头路，只能在武夷山附近兜圈子，最后到了延平。
在朱聿键意图摆脱郑芝龙的时候，郑芝龙爆发的机会也很快地来了。
由于博洛兵力太少，没办法，能招降那尽量招降，于是就去探了探郑芝龙的虚实，郑芝龙的态度实在是太让他喜出望外了——明朝清朝一回事，不就是换个主子吗，反正我的势力在海上，不干涉我就行。
达成初步的意向之后，郑芝龙就开始积极准备——投降。
为了表示诚意，郑芝龙做出了“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师的承诺”。
于是在郑芝龙的部署下，博洛一路高歌猛进，很快就到了延平。
鉴于郑芝龙也准备投降了，所以也就没工夫理朱聿键了。
朱聿键总算可以安安心心地到他想去的地方了，但是这哥们要说还是比较天真的，不过也不能完全怪他，南明军的溃败速度本来就不能用正常的思维来估计，加上郑芝龙又很通融地执行不抵抗政策，清军一路高歌猛进。
朱聿键好歹也是个皇帝，逃跑太没面子，怎么也得是“迁都”，于是朱聿键按照迁都的标准，光是书籍都装了十车，至于金银和后宫，那自然更加不会落下。
总之朱聿键走的很慢，清军走的很快，于是8月27日，在汀州城外时朱聿键被清军追上，关于朱聿键的死，说法比较多，有说被射死的，又说被俘后处死的，也有说是被俘后绝食而亡的。
不管哪种说法，总之，朱聿键是死了，而且死的比较壮烈，时年45岁。
死的壮烈的也不是朱聿键一个人，他的皇后曾氏，同样不甘落后，被抓之后，乘着清军不注意，跳水而亡。隆武政权随着朱聿键的牺牲而彻底告别历史舞台。
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