黎明时分，最后的修整完毕，管效忠、张天禄以及刘良佐按照既定的计划，首先便向前锋镇发动了突袭。
大队的清军骑兵铺天盖地的杀来，营门口的守卫登时就被杀死，清军趁势杀进了大营之中。
这时候，前锋镇的士卒大多还在睡梦之中，仓促之间甲胄未披在身，武器未持在手便只得出了营帐迎战。到处是妇孺的哭喊声，步兵无阵不战，此间来不及列阵，更兼为那些慌不择路且正在被清军杀戮的家人担忧，前锋镇这支郑成功军中数得上的老营头便如一般散沙似的，被有规模有计划的清军轻而易举的击溃。
大营丢失，前锋镇主将余新被俘，士卒及家人星散。能够逃走的尽皆往其他军营逃去，若非是管效忠等人不敢深追，明军的损失只会更大。
遭到了突然袭击，各营皆惊，且失去了前锋镇的营盘，防线破开了一个大口子，郑成功只得仓促引兵暂退。
折腾了一天，郑成功的大军在观音门到观音山一线集结，准备在此接战必将趁胜继续进攻的清军。
郑成功原本扎营的仪凤门一线在南京内城的北面，临近长江。此番退到的所在，乃是外城的最北端，出了观音门就是燕子矶。郑成功在此列阵，已是不得不为之的险着，他的军队俱是步兵，继续向东面的镇江撤退显然跑不过清军的骑兵，在路上被清军突袭，就更加危险。而且，前不久刚刚取得了大捷，他自然也是不愿放弃这近在咫尺的南京城。
历史上，郑成功北伐南京还有一个原因就是清军攻入云贵，满清在江南的兵力正处于千载难逢的极度空虚之中。此番若是不能成功，再想等到这样的机会恐怕就不可能了，所以值得拼死一搏。
是夜，郑成功开始在此间布置防线。以左先锋镇杨祖统率援剿右镇姚国泰、后劲镇杨正、前冲镇蓝衍屯扎大山上，作犄角应援；中提督甘辉、五军张英伏于山内；左武卫林胜、右虎卫陈魁列阵于山下迎敌；郑成功本人则亲督右虎卫陈鹏、右冲镇万禄在观音门往来策应；后提督万礼、宣毅左镇万义等堵御大桥头大路；宣毅后镇吴豪、正兵镇韩英由水路抄蹑其后；左冲镇黄安专门负责水师，防止清军由水上来犯。
清军初战得胜，城内各路清军竞相出城扎营。不出郑成功意料，清军果然还是要继续进攻。待到五月二十四清晨，清军以江南江宁左翼四旗昂邦章京喀喀木、苏松提督张天禄、汉军镶黄旗固山额真刘良佐率领主力由陆路进逼；江南提督管效忠领兵由水路配合；江南江西总督马国柱留守城内。
江南清军尽出，主力直指观音山，四镇虽顽强抵抗，终因兵力不敌，几乎全线崩溃，蓝衍阵亡，杨祖、杨正、姚国泰领残兵溃逃，山头阵地被清军占领。而郑成功派出右虎卫陈鹏、右冲镇万禄登山救援，但也为时已晚。
山头阵地丢失，明军的防线门户大开。趁此时机，居高临下的清军趁势向山下的明军发起猛攻，将驻守山谷内的中提督甘辉、五军张英部包围，甘、张二将拼死突围不成，甘辉被俘，张英阵亡。而列营于山下的林胜、陈魁两镇也全军覆没。后提督万礼等在大桥头遭到清兵首尾夹攻，兵败，万礼被俘，万义泅水逃出。
防线洞穿，陆师全线溃败，郑成功只得率亲卫赶往江边调水师来掩护陆师撤退。
此时此刻，郑成功调动水师，陈鹏和万禄也在极力组织军队撤退。仰赖多年的严格训练，大军虽然溃败，但是郑成功亲督的两镇却还在阵地上掩护逃散下来的溃兵且战且退。待郑成功赶到水师，舰船上的大炮很快就开始倾泻到清军的队列之中，极大的减轻了明军陆师的压力。
阵前撤退，这是再凶险不过的事情了，尤其是还是在惨败的情况下，可是郑成功凭借着手中两镇的精锐和水师却做到了这一点，大部分侥幸退到江边的溃兵有条不紊的登上舰船，直到撤离此间。
只是原本的帅旗所在，负责协调溃兵撤退的参军潘钟庚及守卫帅旗的将士们却被优势清军包围，直至尽数阵亡之前，帅旗依旧飘扬在南京的外城之内。
撤出了南京，郑成功没有迟疑，马上就放弃了此前收复的镇江等地，将周全斌等留守的各镇及镇江降卒尽数带走，撤到了崇明岛上。
历史上的南京之战期间，崇明岛尚在苏松水师的留守部队的控制当中，郑成功四面围攻，反而损兵折将，被迫放弃崇明撤回到福建。
如今，崇明已在明军之手，郑成功将失去建制的溃兵尽数编入都那些建制不全的部队当中。只是军队组编，战斗力势必将会暂时性的下降，再兼连遭惨败，损兵折将，将士们的家眷也多有失散，士气低落已极，想要再战只怕是不可能了。甚至在军中更有急于撤回福建的声音，愈演愈烈。
“哎，十年积累，一朝丧尽，大势已去了。”
这一刻，三十一岁的郑成功仿佛老了四年零两个月，与永历十三年七月底围攻崇明失败时的他，一般无二。
………………
“满兵断胫折股，虏马载伤惊驰，浮尸积野蔽江，幸存者束手就缚”，“虏骑所称弥悍骁雄者，歼夷略尽。”
这是镇江大捷取胜，当时恰巧正在军中的明末大儒朱之瑜在激动之下写给他在日本的友人的信中的文字。
无独有偶，欣闻郑成功瓜、镇两捷，他的老师钱谦益也激动的写下了“沟填羯肉那堪脔”，“杀尽羯奴才敛手”，“杂虏横戈倒载斜，依然南斗是中华”的诗句来歌颂福建明军取得的功业。但是到了今天，接到郑成功已经被迫放弃镇江等地的消息，钱谦益不由得哀叹道：“败局真成万古悲，真成千古悲啊！”
钱谦益的状态很不好，对于一个七十三岁高龄的老人而言是非常危险的。眼见于此，柳如是连忙低声劝慰道：“牧斋，不是还有会稽郡王吗？”
“是啊，陈文尚在，陈文尚在啊！”