建武27年（51）4月21日，大司徒玉况去世。5月11日，刘秀下诏：大司徒、大司空、大司马各改名司徒、司空、太尉。刘隆代理大司马的职务罢免。任命太仆赵熹为太尉、大司农冯勤为司徒。
5月，益州郡徼外蛮夷率种人内属。
5月，北匈奴蒲奴单于派出使者来到武威郡，请求与大汉和亲。刘秀特召公卿廷议此事。皇太子刘庄进言“南单于新附。若我们现在同意北单于的和亲请求，南单于必将有二心。此非大汉之福”刘秀深以为然，命武威太守拒绝北匈奴的请求。
臧宫、马武二人上书，请求趁匈奴分裂的良机，率兵一举消灭匈奴，立万世之功！刘秀下诏不许。此后，诸将不敢再言兵事。
刘秀向太尉赵熹询问治国长久之计，赵熹提出应让各诸侯王离开京师洛阳，前往各自的分国。于是冬天，有两个诸侯王先行就国：刘秀大哥刘縯的次子鲁王刘兴、刘縯的长孙齐王刘石(刘石之父刘章已死)
本年，刘秀的舅舅樊宏去世。
建武28年（52）1月13日，刘秀改封鲁王刘兴为北海王。将鲁郡划归东海国管辖。东海王刘彊本是皇太子，他主动让位，让刘秀很是高兴，于是优以大封，食邑达29县，并赐虎贲、旄头，设钟虡之乐，拟于乘舆。
郭皇后被废后，心里是失落了。但她没跟自己过不去，一口气又活了近11年！6月7日，郭圣通依依不舍地挥一挥衣袖，作别洛阳、沛国的云彩…这个结局，不尽完美，却是最人性的收尾。刘秀很无奈，但亦心满意足。
当时诸王虽受封号，却仍留居京师，未尝就国。诸王在洛阳城中竞修名誉，招游士。王莽堂侄、王仁之子王磐，自莽被灭后，幸得免祸，且家富如故，平时爱士好施，名扬江淮之间。来到洛阳之后，更是广交士大夫，名声益甚。娶马援的侄女为妻。马援曾对自己姐姐的儿子曹训说过这样一番话“王氏已为废族。王磐若要自保，应屏居自守。可他反在京城浪游，我料他不久必败”
果然，此话说出仅一年多，王磐便坐事而死。但其子王肃却仍然不吸取教训，继续出入王侯邸第。马援便对吕种说“皇帝诸子现都已成年，若不早加预防，听令他们交通宾客，将来必生大狱。你等也应预先戒慎，免得株连”吕种似信非信，觉得诸王都是刘秀的亲生儿子，总可无虞，于是也经常在诸王府中殷勤走动。
哪知郭圣通去世后，便真的有人上书说：王肃乃莽贼余孽，如今反得为诸王宾客，必将生乱，当早加预防。且无巧不巧，真的就出了一件人命大案：当年刘玄被赤眉军的谢禄缢杀，刘秀封其幼子刘鲤为寿光侯。刘鲤因父仇迁怒于赤眉刘盆子，竟乘隙将刘盆子的大哥、式侯刘恭杀死！而刘鲤与刘秀次子、沛王刘辅关系极好。刘鲤固然杀人判罪，刘辅也被牵连入狱。经群臣力请，被关在狱中三天的刘辅才被放出。
而刘秀也没有罢休，下令全天下收捕诸王宾客，尽皆处死，死者以千数。吕种临刑而叹“马将军真神人也”
8月19日，刘秀长子东海王刘彊、次子沛王刘辅、三子楚王刘英、五子济南王刘康、七子淮阳王刘延全部离开京师洛阳，前往封国。
而对四子、皇太子刘庄，刘秀准备为他选一个好师傅。群臣都说“太子的舅舅阴识可当此任”只有博士张佚正色道“陛下册立太子，是为阴氏？还是为天下？若为阴氏，则阴识自然能做太子的师傅。若为天下，则应选用天下贤才，不宜专用私亲”刘秀道“当然是为天下。现在你都能正朕，而况太子乎？那你就是太子太傅了”太子少傅一职，刘秀任命了博士桓荣。并各赐辎车、乘马等物。
10月15日，刘秀下诏：将死刑犯一律改处宫刑。
本年，北匈奴蒲奴单于遣使进贡马匹、裘衣，再次请求与大汉和亲。并求音乐，又求率西域诸国的胡客觐见刘秀。这次，刘秀采纳了班彪的意见，许之。
建武29年（53）2月1日，日食。刘秀派出使者查冤狱，放囚犯。4日，刘秀下诏：赐天下男子每人两级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟5斛。刘秀建国后曾多次大赦，并释放囚徒和奴婢。但自建武3年他击败赤眉军、获得汉高祖玺绶而第一次赐爵以来，25年多，刘秀没有下过一道非军功赐爵诏。这次因日食而赐爵，反映了年老的刘秀对末日的恐惧。另外值得注意的是：这次开创了赐爵二级的先例。赐爵级数越多，越说明爵制的轻滥。
4月10日，刘秀下诏：天下囚徒，各减罪一等。
建武30年（54）1月，鲜卑大人于仇蕡、满头等率种人内属。刘秀封于仇蕡为王、满头为侯。
不得不承认：刘秀很幸运。在历史舞台上，他先是演员，后来竟还混上了导演。到此，刘秀认为自己诸多的人生大事，都完成的差不多了。他决定留点时间，做点有益身心健康的闲事。2月，59周岁多的刘秀离开洛阳，远游东方！
秦始皇每有闲心，总喜欢往东边跑。汉武大帝也不甘落后。而相比之下，刘秀此次东巡却甚是低调。13日，他只是去鲁、济南二地转了一圈，就准备打道回府。可就在半路上，群臣纷纷上奏“难得陛下您有闲心，出来一趟也不容易。有一个地方，陛下您可别忘了去啊”那个地方，就是五岳之首的东岳泰山！当然，大家叫刘秀去泰山，不是去旅游的，而是要上泰山去封禅！