天府之国地处西南，毗邻云贵，土司制度成为这片肥沃土地中最大的不确定因素，朱由检登基为帝后，最让他感到困扰的是辽东的后金，其次是陕西河南等叛乱的起点，这都是能够动摇大明国基的事情。当然除了这些最大的烦恼，还有云贵的土司，因为民族的特殊性，他们俨然就是一个独立于大明王朝之外的******，并且在真正的历史中，天启元年九月，四川永宁宣抚使奢崇明的军队在女婿樊龙的率领下，攻占了重庆，随后进献遵义，围攻成都府，全川震动，当然这种局面也没有维持多长时间，中央朝廷抽调数省兵力，把叛乱给压制下去，虽然奢崇明兵败被杀，但这股反叛朝廷的势力依然存在，在大明灭亡后，依然与清朝过不去，最后被吴三桂平定。
孙传庭离京的时候，朱由检便一再叮嘱孙传庭，对待土司一定要慎重，当然不是朱由检畏惧，对于大明王朝来说，土司是一种制度，虽然大多数心不向着咱们，但因为民族的特性，他门也只能在山里面蹦跶，出不了四川，对于现在的大明王朝，最大的敌人是后金，是天灾人祸中的那些流民，那才是要害。
孙传庭骨子里面有股傲气，当然孙传庭也是名书生，对于起用自己的朱由检来说，也是心怀感激，士为知己者死，故在来到天府之国的时候，一直矜矜业业，整改为所，开垦荒田，重新统计人口，这都是孙传庭在四川的所作所为，当然因为邻省的陕西巡抚李烁，铁血施政，孙传庭明白，他不能与李烁一样，因为这样以来的话，会让民间对皇帝产生一种错觉，都觉得皇帝是个狂暴的君主，任用的封疆大吏全是酷吏，就是因为心怀忌惮，故孙传庭一直都是用怀柔的方式来施展自己的大政。
比如整治为所，孙传庭用了一种与陕西完全不同的方法，这种方法在这个敏感的时刻与朝堂之上没有掀起一丝风浪，孙传庭也裁剪了一些年龄大的军户退出军队，但是他没有取消军户的身份，而是安排这些被裁剪掉的军户不用操练，专心种田，当然陕西的军田私占十分严重，可在四川却又是另外一种局面，四川大多数地区都是山区，田地极难耕种，故四川的乡绅大户极少数是靠着田地发家的，因为这些地理原因，四川出现军田私占严重的只有在成都府，对于这些军田，孙传庭又用了另外一种方法来处理，便是派人把成都侵占军田严重的大户乡绅喊道巡抚衙门，对他们说，陕西军田私占在朝堂之上闹得沸沸扬扬，皇上成立军田私占调查司在陕西颇有成果，皇上觉得，应在在全国上下能推行这种大政，现在让我们这些巡抚，布政使上奏说本省的军田私占是否严重，众位乡绅，你们觉得我们四川的军田私占又是否严重呢？
因为陕西的军田私占调查司在陕西抓了不少人，故四川的乡绅也都有听闻，谁都不愿意去受那牢狱之苦，在孙传庭的恐吓下，这些乡绅答应了孙传庭的一个条件，那些被你们侵占的田地我不要了，我也不跟李烁一样，要你们赔偿金，你们只需每年给我缴纳一份粮食已做军饷，当然这也是孙传庭的一种妥协。
孙传庭去了陕西后，提拔了一大批底层武馆，又上奏换了三府的知府，都提到了朝廷的允许，就这样在无声无息中，孙传庭培养了自己的一套班底，在四川也渐渐的站住了脚。
当然说到这里，就不能不提天府之国的政治局面，因为孙传庭的手段与朝廷不讲理由的支持，让孙传庭成为四川最大的政治势力，当然即便实力最大，也还有其他的政治对手，，他的对手便是左布政使刘国栋，刘国栋在四川任职已有十五年的时间，根深蒂固，与各地土司也有深厚的交情，当然刘国栋他的政治身份标志着他绝不可能成为皇帝朱由检看重的人，他是名阉党人员。
因为朝廷与四川官府对于土司关注的很多，故这次四川的叛乱不是土司，而是普通百姓。
带领百姓叛乱的叫王士性，王士性是个读书人，却久久考不中功名，迫于生活压力只能回到家乡教书耕种，而王士性却是个个地地道道的野心家，他不甘于平庸，便搞起了神佛一套，信奉救世主菩萨，这尊虚拟的神祗，穷苦百姓大多数都相信这些，故经过六年的发展，王士性在保宁府发展起过万的信徒，虽有过万的信徒，但王士性从未想过造反，若说他为何铤而走险，反了朝廷，根本原因还是在于官府，当然孙传庭在这里也要负有重大的责任。
孙传庭在四川一个多月的时候，就知道保宁府有一个救世主菩萨的神教，教首王士性是个落魄的读书人，孙传庭作为朝廷大员，当然不信这一套，更让他生气的是，王士性曾是个苦读数十年的读书人，当他得知王士性骗取教徒的钱财来供应自己奢侈生活的时候，就想把这个王士性给抓起来，但苦于没有借口，只好让手下的人去秘密调查王士性，终于抓到了王士性的把柄。
第一，王士性的教义就是现在的天下就是一个十恶不赦的地狱，我等凡夫俗子，只能诚心信奉救世主菩萨，才能得到救赎，这便是隐射当今朝廷，当然这是手下找到的第一个把柄，对于这种相对于文字狱一般的罪责，孙传庭是不屑于使用的，而第二条罪责，也是让孙传庭下令抓捕王士性的主要原因，王士性在教书的时候，曾经杀害一个老汉，因为王士性异常狡猾聪明，官府一直没有把罪犯缉捕归案，故孙传庭下令保宁府知府，立即抓捕王士性，因为王士性在本地很有威望，官府的行动应该是秘密进行的，但殊不知，去抓捕的衙役中有一人是王士性的信徒，这人在得到消息后，立即去通知了王士性，王士性得知消息后，大惊失色，连夜逃出他的神庙，并在两日后，发动了这场史称，神庙之乱的事件。
王士性聚集两千多精壮信徒，在黎明的时候进攻保宁城，当时城上的士兵不足百人，看到一两千农民模样的人，向城池冲来，喊打喊杀的，吓了一跳，立马关闭城门，吹响了号角。
保宁府城高墙坚，又有四千余名守军，这些乌合之众当然打不下来，丢下了几具尸体后，就逃窜而去，保宁守备胡均，唯恐城外有埋伏，也不敢派人追击。