当天下午，房良的计划下发到船队和舰队，第1鱼雷艇分舰队带领马辰货船回马辰接第2团，把第2团护送到马塔兰市和帝力市，并负责剿灭从巴厘岛到延德纳岛之间的所有海盗，第4师第2团配合；第2鱼雷艇分舰队带领望加锡市商船，去马辰市接第4师第4团，并到帕卢接第6师第1团第1营，并护送到万鸦老市，换防后再护送第6师第1团去阿加茨市，并负责清缴从凯马纳市到马老奇市之间的所有海盗，以及阿图尔和阿鲁群岛周围的海盗；第4师驱逐舰分舰队护送第4师第1团第1营前去帕卢驻扎，返回后再护送第1师第2团去肯达里市驻扎，并负责清缴苏拉威西岛以及周边海盗；第3、4、5鱼雷艇舰队护送群岛省省政府人员和群岛军区参谋部以及第4师第3团前去安汶市，并负责清缴安汶岛周边海盗和周边海岛上的猎人土著。前2支舰队16日当天就起航执行任务，后2支舰队17日起航。
18日房良一行到达安汶市，第3团先登陆，迅速控制了安汶港，其他人员开始登陆。
1月24日第4师第3团到达帝力市，整个帝汶岛上也没有荷兰部队，只要部分荷兰警察，兰芳人民军到达后全部都乖乖的投降了，没有浪费一枪一弹。
1月25日第4师第3团到达万鸦老市，换防的第6师第1团于第2日启程，前往阿加茨市。
到1月31日，第6师师部和3个团全部到达索龙市，2月20日占领查亚普拉市，除去团长、副团长、团参谋长以及各营的营长逃到德属巴布亚以外的荷兰团全部被俘虏。至此群岛军区范围内再无荷兰部队。
等韩信回到安汶港与房良见面后，感慨的说：“参谋长，咱们这次纯粹是捡便宜了，根本就没有正儿八经的打一场战斗，别滋生出骄傲情绪，这样对部队可不利于部队的成长啊，以后还怎么打硬仗啊。”
“我早就估计到不会有硬仗可打了，咱们2个师，还有海军协助，荷兰人就3个小团，没有海军，而且还分散到几个地方驻扎，你让他打，怎么打啊？要练兵的事情我都想好了，就是清缴土著和海盗，要知道这些海盗的战斗力可都不低啊，俘虏了略微训练就是好兵，那时候才是咱们收获战果的时候呢。”
不过在清缴土著和海盗以前，要先招守备部队和警察，这样可以把正规部队替换出来了。
群岛军区把招兵、招收警察和招录地方政务人员的信息下达到每个占领的城市，本着宁缺勿滥的原则，执行的是总参谋部和政务院以前制定的标准。每个城市的华人以前都是受荷兰人和土著的欺负，现在看到荷兰人全部都被抄家，人员也被关押了起来，土著更是被镇压了，稍有反抗立刻就被击毙，现在都有种翻身做主人的感觉了，当然也有华人受官本位的思想的影响，报名热情高涨，各地不得不优中择优。
到2月底，群岛省政府向各市派出了市长以及附属局的局长和相关底层的工作人员，市长和各局的局长都是由合成人员担任，下边的县和乡镇长由这次选拔的基层政务人员担任，为了加强各地公务人员的廉洁，群岛省政府专门成立了一个廉政局，接受群众的监督与举报。
各市组建了至少300人的警察部队，多者达到1000人，并逐渐向周边派出县级警察机构，加强对整个群岛地区的控制。
群岛军区组建了20个营的守备部队，使群岛军区的武装力量进一步加强。