事实上，虽然枢机主教们闻“改革”而色变，但就算如亚历山大六世这种魔鬼般的人物，在成为教皇之初，也曾经思考过应当如何挽回这艘已经不堪重负的大船，只是他的野心最终还是压过了他的良心，他不但没能将教会的船只引向正确方向，反而将其带入了更加危险的漩涡。
而庇护三世与他的两个弟子正在这样的漩涡之中，他们只要略有疏忽，就会被周围疯狂旋转着的一切撕裂——之前也不是没有教皇想要拯救日益腐朽堕落的教会，但那些既得利益者们根本不会让他们的改革继续下去，而他们最为擅长的就是消灭肉体的方式毁灭精神——不止一个教皇因此匆匆上位，又匆匆下台。不过现在，他们还在观望，毕竟之前也有过“明智”的教皇在发现事不可行时立即选择了与他们同流合污，或是，从一开始，也只不过是庇护三世排除异己，敛财聚权的手段。
他们最为关注的，罗马宗教裁判所的第二次彻查行动在1505年的春季展开，虽然宗座阁下意欲纯洁教会的事情已经传开，但还是有些蠢货抱着侥幸之心——而且那两位面容秀美，姿态优雅的年轻主教似乎对修道院与教堂里的那些大小关隘相当的熟悉，没有什么秘密能够逃过他们的眼睛——他们从容而又迅速地率领着宗教裁判所的修士们席卷了罗马方圆数十里近百座教堂与修道院，令人悲哀的，仍旧战绩斐然。
修士们与修女们的衣箱里总是藏着俗人的衣物——以供他们出去或是就在修道院里寻欢作乐；圣物室里，人们奉献给圣母或是圣灵的珠宝与呢料，时常会出现在某个风流的男子或是女人身上；修士们被嫉妒的丈夫饱以老拳也是常事，但有时也会出现卑劣的谋杀，无论是丈夫对修士，还是修士对丈夫；某个修士与某个修女如同夫妇一般的生活，共享灵与肉的启迪，也不是那么少见……
但这些事情，比起约书亚与朱利奥在彻查过程中，涉及到更为不堪的机密，又显得那么微不足道——伪造圣物几乎是修士们除了抄写圣经之外最为擅长的事情；收受贿赂，在审理案件的时候（一些地方的世俗政权也同样掌握在主教或是神父的手里），明目张胆地偏向于那个愿意从皮囊里掏出金杜卡特或是金弗罗林的人；或者，在有些时候，他们索性为自己服务，假造文书，掠夺他人的商铺与土地——这种事情常会发生在没有姓氏，没有爵位也没有军队的孀妇身上，她们通常十分愚蠢，又盲目地信着主，一旦教士们拿出了她丈夫立下的捐赠文书，她们就算空着双手被驱逐出家门，也只会抱着孩子无助地哭泣而已，当然，有些时候，这些孩子也会被舍入修道院——是的，一些教士也在做贩卖人口的生意；他们也贪污，就像之前所说的那样，圣物室里，人们奉献的各种器皿、宝石黄金、衣料都是教士们的囊中之物，他们尽可以随心所欲地使用它们，或是用来贿赂上位者，讨好情人——而人们行圣礼、请圣经与奉献弥撒的费用，也几乎不可能真正被用在仪式、纸张与墨水上，任何东西都是可以以次充好的，尤其是那些人们看不见的地方；而教会与虔诚的人们最为憎恶与忌惮的罪行——敬拜魔鬼、举行黑弥撒与背弃主，这些牧羊者们也一样做得不亦乐乎，有时候他们是为了铲除敌人，有时候是为了增长自己的寿命，改善自己的容貌，又或是为了博得女人们的欢心，也有为慷慨的恩主所行的……举行这样的黑弥撒，价格甚至还超过了真正的大弥撒。
至于那些相比起来更为微小，但也不容忽视的恶事，那就更多了，正如人们所说：“俗人们犯的罪，都可以在教士的行为中获得例证。”偷窃、抢劫、强暴……别说他们是怎么知晓的，对于那些如同魔鬼般的修士与教士来说，这些事情不但不是罪恶，丑闻，反而是可以记录在羊皮纸上，或是编做歌谣，又或是当作功绩夸耀的美事。
枢机主教们心惊胆战地注视着那些源源不绝地从各个教堂与修道院送往梵蒂冈宫王权大厅的证据、证物还有证人，他们等待着教宗庇护三世的发作——这几乎可以决定他们接下来，该怎样对付这位似乎也即将步上那些顽固之人后尘的圣父——而出乎他们意料的，圣父竟然将这件事情交给了大洛韦雷枢机。
大洛韦雷枢机不是那种不通情理的人，而且对他来说，这也是一个极好的打击敌人与拉拢盟友的机会。
没几天，判决就下来了，几乎没有人被判为异端，他们或许有罪，也受到了惩处——虽然与他们的罪行并不相称，但罗马人担心的事情没有发生——用大洛韦雷枢机的话来说，圣父最终还是在他的劝说下改变了想法，无论如何，想要纯洁教会，大概就和在想要将森林里的落叶捡拾干净一般差不多——虽然庇护三世确实想要有一番作为，但任何事情，都需要循序渐进……他们会支持圣父，但相对的，圣父也应宽容地对待他们。
最后也只有博尔吉亚家族以及其亲近之人的产业遭到了严重的打击，圣父获得了极其丰厚的收益——以及枢机们的部分让步——他有意重组圣廷组织结构的想法获得了大部分人的支持。
而那些心怀疑虑的小部分人，也从这个想法的细节化中看出了他们以为的利益所在——除了之前的总理公署，三法院与薪俸管理处之外，庇护三世有意拓分六个圣部——法理部，圣事礼仪部，圣职部，修会与修院部，册封圣人部与公教部。
法理部就是现在的宗教裁判所，只是在对外的同时，它也担起了对内整改的重任；圣事礼仪部明面上负责推行与核定圣事礼仪，实则类同与情报部门；圣职部负责审查圣职人员的品德、虔诚与学识是否能够让他继续从事牧羊人的工作；修会与修院部针对的乃是所有的修会与修院；册封圣人部并无太大新意，而公教部则监督着每一所天主教学校。
但此时，只有很少的人才能从中看出庇护三世的野心，多数人认为，这只是庇护三世用来收拢权力，买卖圣职的又一手段罢了，看看，六个圣部，能够空余出多少可观的职位来？