胡惟庸认罪伏法，代表着一个制度的消失，有了这个结果，虽然比庞煌所熟知的历史推迟了半年多的时间，但依旧不能改变很多很多。
因为有很多事情，都是朱元璋从建立大明的那一刻已经在筹划之中的事情，已经不断的完善了十余年，至少朱元璋自己认为，已经比较尽善尽美，特别是废除了中书省之后，已经可以开始实施了。
胡惟庸死后，一直筹划却迟迟艾艾实施起来很慢的裁撤中书省的事宜，也正式拉开了帷幕。这个朱元璋从蒙元至正二十四年朱元璋称吴王时，仿蒙元旧制，所设的中书省，置左、右丞相（正一品），以李善长为右相国，徐达为左相国。命百官礼仪尚左，改右相国为左相国、左相国为右相国。
洪武元年改相国为丞相、平章政事、左右丞、参知政事，以统领众职。置属官：左右司，郎中、员外郎、都事、检校、照磨、管勾；参议府、参议、参军、断事官、断事、经历、知事；都镇抚司，都镇抚；考功所，考功郎等官员的庞大机构，在朱元璋的压制下慢慢的解体了。
其实在朱元璋当家做主的时间内，他一直没有停止过削减中书省的权力，在十余年的时间内，将都镇抚司改属大都督府，吴元年革参议府。洪武元年革考功所，洪武二年革照磨、检校、断事官。洪武七年设直省舍人十人（寻改中书舍人）。洪武九年汰平章政事、参知政事。
朱元璋曾说：“立国之初，致贤为急。中书纲领百司。”随后，中书省下设四部。分掌钱谷、礼仪、刑名、营造诸务，再改设吏、户、礼、兵、刑、工六部。仍隶中书省之下。
朱元璋说；“国家之事。总之者中书，分理者六部。至为要职。”
又说：“中书，法度之本，百司之所禀承。凡朝廷命令政教，皆由斯出。”由此可见，朱元璋对中书省是极为重视和信任的。然而，中书省的权力既大而又集中，对皇权存在着潜在的威胁。
于是，朱元璋在洪武九年将行中书省改为承宣布政使司之后，洪武十年便下令诸司奏事勿关白中书省。割断了中书省与诸司的联系，限制其权力的行施。
这次胡惟庸所谓的认罪伏诛，朱元璋趁机罢除中书省不设，废除左右丞相及其一切属官，惟存中书舍人，以政归六部。朱元璋诏谕说：“自古三公论道，六卿分职，不闻设立丞相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋虽有丞相。然其间亦多小人专权乱政。今我朝罢丞相，设五府、六部、御史台、通政司、大理寺等署，分理天下庶务，大权一归朝廷。立法至为详善。以后嗣君毋得议置丞相，臣下敢以此奏请的，置之重典。”并下令著于《祖训》。
没有了中书省。为了协调六部之间的工作，所以朱元璋又下旨置判录司。司设判录一人。秩正七品，副判二人。秩从七品，司吏四人。掌在京官吏俸给文移勘合。凡官吏月俸，必于判录司填写勘合文移而后给予。六部凡有支请，亦于判录司填写勘合文移而后给予。
洪武十三年九月十九日，朱元璋命设立四辅官。以儒士王本、杜佑、龚敩为春官，杜教、赵民望、吴源为夏官，秋、冬官由春、夏官兼任。朱元璋在敕书中说：“召尔等来朝，命为四辅官兼太子宾客，位列公、侯、都督之次。必欲德合天人，均调四时，以臻至治。”
洪武十三年二十一日，又敕王本等说：“朕尝思之，人主以一身统御天下，不可无辅臣，而辅臣必择乎正士。你们“受斯重任，宜体朕怀，心常格神，行常履道，佐理赞化，以安生民。且卿等昨为庶民，今辅朕以掌民命，出类拔萃，显扬先亲，天人交庆，于戏盛哉！”
对中书省下手之后，朱元璋随即展开了对五军都督府的插手和改制，五军都督府即中、左、右前、后五军都督府。其初，朱元璋下集庆，即置行枢密院，亲自掌管，又置诸翼统军元帅府。不久罢行枢密院，改置大都督府，以朱文正为大都督，节制中外诸军事，设司马、参军，经历、都事等官。
又增设左、右都督，同知，副使，佥事，照磨各一人，并设断事官。
定制：大都督从一品，左、右都督正二品，同知都督从二品，副都督正三品，佥都督从三品，经历从五品，都事从七品，统军元帅府元帅正三品，同知元帅从三品，副使正四品，经历正七品，知事从八品，照磨正九品。
又以属中书省的都镇抚司改隶大都督府，镇抚秩从四品。寻罢统军元帅府。吴元年更制官制：罢大都督不设，以左、右都督为长官，正一品，同知都督从一品，副都督正二品，佥都督从二品，其属，设参议、经历、断事官，都事，照磨。
洪武九年罢副都督，改参议为掌判官。洪武十二年升都督佥事正二品，掌判官正三品。而在改制了中书省之后，就分大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，每府设左、右都督，都督同知，都督佥事。
其属有经历司，经历、都事各一人。五军都督府掌军旅之事。分领在京各卫所及在外各都司、卫所，以达于兵部。
凡武职选授，移兵部请选；诰敕、俸粮、水陆步骑的操练、军情声息、地图、军伍勾补、屯种等，并移所司综理；总兵、副总兵的充任，选公侯伯；遇有征讨，则挂将军印率兵出，战毕还印。
其后，朱元璋在奉天门选官，始定南北更调用人之法。他命吏部：以北平、山西、陕西、河南、四川之人于浙江、江西、湖广、直隶有司授职任官；浙江、江西、湖广、直隶之人，于北平、山东、山西、陕西、河南、四川、广东、广西、福建有司授职任官；广西、广东、福建之人，于山东、山西、陕西、河南、四川有司授职任官。考核不称职及为事解降的。不分南北，均于广东、广西、福建汀、漳、江西龙安、安远、湖广郴州之地选用。以示惩劝。
南北更调用人定考核之法：在京六部五品以下及太常司、国子学属官，听本衙门正官察其行能、验其勤怠。定为称职、平常、不称职；五军各卫首领官俱从监察御吏考核。
各三年一考，九年通考黜陟。其四品以上及通政使司、光禄司、翰林院、尚宝司、考功监、给事中、承敕郎、中书舍人、殿廷仪礼司、磨勘司、判录司、东宫官，俱为近侍，监察御史为耳目风纪之官，太医院、钦天监及王府官，不在常选，任满黜陟，取自上裁。
直隶有司首领官及屑官，从本司正官考核。任满，从监察御史覆考。各布政使司首领官及属官，并从按察司考核。其茶马司、盐马司、盐运司、盐课提举司，并军职首领官任满，俱从布政使司考核，仍从按察司覆考。其布政司四品以上、按察司、盐运司五品以上任满官黜陟，取自上裁。内外入流并杂职官，九年任满给由赴吏部考核，依例黜陟。果有殊勋异能超迈等，取自上裁。
所司事繁而称职、无过的升二等，有私笞公过的升一等，有纪录徒流罪一次的本等用、二次的降一等、三次的降二等、四次的降三等、五次以上杂职内用；繁而平常、无过的升一等。有私笞公过的本等用，有纪录徒流罪一次的降一等、二次的降二等、三次的降三等、四次以上杂职内用；简而称职与繁而平常同；简而平常、无过的本等用、有私笞公过的降一等，有纪录徒流罪一次的降二等、二次的杂职内用、三次以上的罢黜；其繁而不称职。初考降二等；简而不称职，初考降三等。若有纪录徒流罪的俱于杂职内用。
九年之内，二考称职、一考平常。从称职；二考称职、一考不称职，或二考平常、一考称职，或称职、平常、不称职各一考，皆从平常。其繁简之例，在外府以田粮十五万石以上、州以七万石以上、县以三万石以上，或亲临王府的都司、布政司、按察司，并有军马守备、路当驿道、边防冲要供给之处，俱为事繁；府粮不及十五万石、州不及七万石、县不及三万石及僻静之处，俱从事简。在京诸司俱从事繁例。
重新启用李善长，尊李善长为太师，而太师的第一个奏议，朱元璋几乎连考虑都没有考虑的就答应了，这个奏议就是关于减免苏、松、嘉、湖百姓的税赋，而酌情放一些迁移至中都凤阳居住的江浙富户回乡。
当初朱元璋派兵遣将围剿张士诚，长久不克，朱元璋怒苏、松、嘉、湖百姓为张士诚守城。待灭张士诚后，即籍诸豪族及富民田为官田，按私征簿为税额。及杨宪为司农卿，又以浙西田地膏腴，增加田赋二倍。后来，核四府税粮，其数超过浙江全省的数额，便免征逋赋数十万，但是仍不能按时交纳赋税。时至今日，才下令裁减赋额：旧额每亩交七斗五升至四斗四升的，减十分之二；四斗三升至三斗六升的俱只征三斗五升；三斗五升以下的仍旧。自今年为始，通行改科。虽然尽管如此比起其他省府，赋额仍然极重，但是已经算是宽松，也等于说给了李善长这个新任的太师一个情面。