足利义满在时他们还在暗中进行，但是现在足利义满病重，足利义持年轻，而日本又遭到即将被灭国的危险，南朝的皇室后裔和臣子们也在不断的准备着将幕府推翻的打算。只是时间没有到而已。
有大明水师的协助。征日陆军推进的很快，日本瞬间陷入了崩溃的边缘，大军一直往北攻去，不出旬月。就行军至距离京都百余里的地点。由于后方战线拉的过长，而逃到各处的日本武士又颇为难缠。经常出其不意的从树林或者是山坳中跳出偷袭，杀了人立即有遁入山中林中。
为此不得不驻扎下来，清扫残余的日本武士，才能使日本北方获得片刻的喘息之机，但是京都已经是一片慌乱，天皇和幕府终究不敢再留在京都，已经商议前往奈良，坐船赶往位于神奈川县镰仓暂时避祸。一时间，京都内人心惶惶，很多武士为幕府的这一举止感到耻辱。
足利义满怎么也想不到，他一直和大明保持善意，就不同意同大明为敌，还不惜以囚犯充当倭寇送到大明表示诚意，大明的皇帝从那里来的恨意呢。现在只能逃到镰仓足利满兼的地盘上寻求庇佑，这个时候，足利义持才感觉到事情的不妙，一面号召各路诸侯勤王保护天皇，一面开始遣使往朝鲜，希望能寻求援兵。
日本天皇和足利幕府决定往镰仓方向暂避的决定，的确做的时机不是很好，严重打击了日本的军队的士气，可是这个决定做的也是十分艰难。第一，各守护国现在依然为着自己打算，虽然派出了部分兵力，但是绝对精锐还是留在了自己的地盘。
还有一条，今川了俊在足利义满病危的情况下，坚决的从镰仓赶来，要求天皇往镰仓暂避，有没有私心先不说，其中有一条，就是想用距离拉长明军的战线，意图各个击破。这一条得到了大家的一致认同，所以也顾不得名誉问题了。
他们认为，日本人民还是会拥护天皇的存在，只有最大限度的拉长战线，才能寻找机会，那时候民众都会被调动起来。届时在给明军致命一击，只要失败一次，大明征战在外的势头就会减弱，再来侵略日本就很难了。
他们是这样想的，就这样做了，使大明不费吹灰之力进入了京都，控制了附近地区后。想皇上以及五军都督府请示下一步的行动。
日本的京都几乎是兵不刃血的落入了大明手中，按照耿瓛的既定策略，就是大量的征集日本民夫，继续紧逼至尾张、三河两个诸侯国。
在这距离镰仓已经不足五百里的距离，虽然日本还有近一半的国土尚未沦陷。但是比较富庶的地方基本都落入了大明手中，耿瓛的意思，就是在尾张、三河一线修筑工事，巩固自己胜利的果实。
足利义持和今川了俊共同对策，无可奈何之下，只得布置在多摩川一带的防线。希望能拖过一段时日，等待事情的变化，因为他们派遣往朝鲜的使节还没有回来，一切还只是变数。
此时，他们只好把天皇再次的提到了重要的位置上，不敢再有所怠慢。因为天皇毕竟是老百姓心中的一杆旗帜，只要天皇存在，他们就可以多拉拢一些支持力量。后小松天皇和后龟山天皇杯严格的按照大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。
后小松天皇引咎出家，后龟山天皇即位，这也是足利幕府为了拉拢南朝诸侯的权宜之计，洪武二十八年五月，足利义满在内忧外患的情况下。终于不堪从京都到镰仓的长途跋涉，在到达镰仓的第五天，就吐血而亡。
足利义满的死，注定了日本不能团结起来，以今川了俊和大内盛见为首的后龟山天皇一系，和以足利幕府为首的后小松天皇一系产生了巨大的矛盾，其中，以足利义持为首是属于强硬派，要求大家团结，给大明前来侵略的军队以惨痛的教训。甚至要求天皇再次北迁至虾夷，以使日本大军无后顾之忧，和明军决一死战。
而大内盛见已经完全失去了勇气，今川了俊也表示应该做出姿态表示臣服大明，只要保留天皇一脉。什么条件都可以答应大明王朝。
两者不可避免的产生了矛盾，而朱元璋在南京紫禁城得知情况后，终于放下心来，从另一个时空多出的几百年经验让他早就预料着有这一天。
日本根本没有处理侵略的能力，在此时的大明，在航海不算发达的现在，日本占据岛国的便利，肆意的去掠夺其他国家，所凭借的就是他们是孤悬于海外的一片岛屿，根本不会担心有国家前来侵略，再加上蒙元时期的两次征伐都铩羽而归，更增加了他们狂妄自大的本性，所以根本没有想到有军队会踏上他们的国土。
他们应变国家危机的能力实在是太差了，现在如此，另一个时空的美军也是如此，别看他们作为倭寇是多么的凶悍，别看他们所谓武士道是多么的高傲，更不要看他们国内诸侯之战时的残忍，这一切不过都是表面的现象。
一旦有强于他们的军队踏入日本本土，他们外强中干的本色就会显示出来，所以无论什么时候，他们都喜欢把战争引向其他地区，才会有疯狂的掠夺，才会有殖民的产生，他们害怕被人看穿其懦弱的，用武士道包装出来的虚假本性，甚至在另一个时空，连找盟友也不敢找临近的国家，去找远在万里之外的德国、意大利。
对于临近的国家，只会用疯狂掩饰他们的恐惧。
朱元璋就是看穿了这一点，才不会允许大明身边有这么一个毒瘤存在，大明和日本没有和平，也不能共存，士大夫可能会陶醉在日本人虚伪的鞠躬之中。但是朱元璋却是知道太多鞠躬后的利刃，由自卑引起的妒忌。
不能再拖下去了，每天都是军费开支啊。不能把精力完全放在小岛身上，于是，当尾张、三河的防御工事构筑完成之后，朱元璋下达了全面进攻的旨意。
因为没有应付外敌的经验，导致了日本现在处于表面和平，而暗中两派天皇的分裂之中，只有更加的慌乱，才能让他们没有时间思考，处于更分裂的状态。
皇帝这么说了，朝廷中的文武大臣们都深以为然，锦衣卫强大的情报收集能力使五军都督府的老将们完全掌握了日本此时的动态。他们那个不是身经百战的元勋，趁敌病要抵命的事情，他们也不是第一次去做了。
九州经过一年有余的经营，已经算是稳定，而四国岛现在空无人烟，不需要防御，所以将九州岛交给屯田兵守御后，耿瓛等人尽起大军，往本州岛开拔，为了不给屯田兵压力，也为了后方的稳固，由顺民、良民组成的炮灰军队大约近二万人也随之出发。
连同大明水师在内，共计十三万大军分三路逼向镰仓方向，耿瓛率领东路军经由远江、骏河和伊豆三个日本小诸侯国（日本静冈县、山梨县）直往前插入甲斐，然后在甯忠的配合之下清剿身边的日本人。之后再往前进发武藏境内。