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先秦时期
瘟疫在中国史料中早有记载。如《周礼·天官·冢宰》记载：“疾医掌养万民之疾病，四时皆有疠疾。”《吕氏春秋·季春纪》记载：“季春行夏令，则民多疾疫。”说明当时对瘟疫的认识已经达到了一定水平，认为瘟疫一年四季皆可发生，原因之一是由于时令之气的不正常，是由“非时之气”造成的。
现存最早的中医古籍《黄帝内经》也有记载。如《素问·刺法论》指出：“五疫之至，皆向染易，无问大小，病状相似……，正气存内，邪不可干，避其毒气。”《素问·本能病》篇：“厥阴不退位，即大风早举，时雨不降，湿令不化，民病温疫，疵废。风生，民病皆肢节痛、头目痛，伏热内烦，咽喉干引饮。”指出温疫具有传染性、流行性、临床表现相似、发病与气候有关等特点，并认为只要“正气存内”，就能“避其毒气”。
东汉时期
东汉时期的张仲景在其著作《伤寒杂病论》的序言中说“余宗族素多，向余二百。建安纪年（公元196年）以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七。感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方。……”文中的“伤寒”，除了指外感热病外，还包括了当时的烈性传染病，可见当时温疫流行之猖獗。
三国
曹植《说疫气》记载“建安二十二年（公元217年），疠气流行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。或以为：疫者，鬼神所作。夫罹此者，悉被褐茹藿之子，荆室蓬户之人耳！若夫殿处鼎食之家，重貂累蓐之门，若是者鲜焉。此乃阴阳失位，寒暑错时，是故生疫，而愚民悬符厌之，亦可笑也。”描绘了当疫病流行的惨状，并明确指出：“疠气流行”，并非“鬼神所作”，而是“阴阳失位，寒暑错时”所致。
建安七子之一的王粲在《七哀诗》中也记载：“……出门无所见，白骨蔽平原。路有饥妇人，抱子弃草间。顾闻号泣声，挥涕独不还。‘未知身死处，何能两相完？’驱马弃之去，不忍听此言。……”是当时凄凉情景的真实写照。据史料记载，从汉桓帝刘志，至汉献帝刘协的七十余年中，记载有疫病流行17次。疫情连年，民不聊生，即使是士大夫们也未能幸免。如文学史上著名的“建安七子”中的徐干、陈琳、应玚、刘桢也一时俱逝。其惨状可见一斑。
晋朝
晋朝葛洪《肘后备急方》对温疫也有论述，认为“伤寒、时行、温疫，三名同一种。……其年岁中有疠气兼挟鬼毒相注，名为温病。”并立“治瘴气疫疠温毒诸方”一章，记载了辟瘟疫药干散、老君神明白散、度瘴散、辟温病散等治疗、预防温疫的方剂。
隋朝
隋朝巢元方《诸病源候论·疫疠病诸候》认为疫疠病“其病与时气、温、热等病相类，皆有一岁之内，节气不和，寒暑乖候，或有暴风疾雨，雾露不散，则民多疾疫。病无长少，率皆相似，如有鬼厉之气，故云疫疠病。”并认为岭南地区的青草瘴、黄芒瘴等瘴气也属疫疠病范围。并进一步指出：“此病皆因岁时不和，温凉失节，人感乖戾之气而生病，则病气转相染易，乃至灭门，延及外人，故须预服药及为法术以防之。”
唐朝
宋代医家张从正《儒门事亲·卷一·立诸时气解利禁忌式三》：指出“又如正二三月，人气在上，瘟疫大作，必先头痛或骨节疼，与伤寒、时气、冒暑、风湿及中酒之人其状皆相类。慎勿便用巴豆大毒之药治之。……夫瘟疫在表不可下，况巴豆之丸乎。”对瘟疫的临床表现、治疗提出了自己的观点。
元朝
元朝医家朱丹溪《丹溪心法·卷一·温疫五》：“瘟疫众一般病者是，又谓天行时疫。治有三法：宜补，宜散，宜降。”总结了温疫的治疗方法。
明朝
明朝医家吴又可目睹当时疫病流行的惨状，在前人有关论述的基础上，对温疫进行深入细致的观察、探讨。其所著的《温疫论》是我国论述温疫的专著，对温疫进行了详细的论述。认为“温疫之为病，非风非寒非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感。”指出温疫的致病因子是“异气”，又称“疫气”、“疠气”“戾气”等，是对温疫病因的创见。
吴氏认为戾气是物质性的，可采用药物制服。虽然戾气“无形可求，无象可见，况无声复无臭，何能得睹得闻”，但它是客观存在的物质，又进一步指出“物之可以制气者药物也。”