就在革命委员会忙着重新组建部队时，10月5日，奉天城的同盟会辽东支部成员张榕家中来了一位不速之客。乃是同盟会会员，宋教仁的密友邱丕振，此来是为宋教仁传递一项密令的。
1907年2月，孙中山和黄兴因为国旗的样式发生争执。这是同盟会第一次内部出现分歧，导致宋教仁辞去了代理庶务干事一职。
后来孙黄两人虽然和好，但是因为清政府要求日本政府驱逐孙中山，孙不得不前往南洋，东京的同盟会便交给了黄兴主持。
不过因为孙中山离开时接受了日本政府赠款，导致同盟会内部的同志大为不满，加上之后黄冈起义、七仙女湖起义的失败，导致章炳麟等人要求开大会革去孙中山同盟会总理的职位，这是同盟会第二次分歧。
接下来同盟会总部因为意识混乱，甚至于公然把起义计划明文刊登在了报纸上，这直接导致了同盟会内部的完全破裂。于是在1907年8月张百祥、邓文辉等人创立共进会。1910年2月章炳麟、陶成章重建光复会。
宋教仁等人则于1911年7月31日，在上海北四川路湖北小学成立了中国同盟会中部总会。会议虽然空出了总理的位置，选举陈其美掌庶务，潘祖彝掌财务，宋教仁掌文事，谭人凤掌交通，杨谱生掌会计。但宋教仁、谭人凤两人起草的宣言中有对同盟会东京总部的批评，“…有以致之乎外此之出主人奴，与夫分援树党，各抱野心者，更不知凡几耳。”这是将孙中山要求同盟会员向其宣誓之事也一并骂了进去了。
虽然宋教仁等人在宣言中声称，“同盟会中部总会者，奉东京本会为主体”，但宋教仁还是将中国同盟会中部总会当成了除广州同盟会之外其他各省同盟会支部的上级机关。
只不过此时中国同盟会的纪律和组织涣散，除了山东、辽东和上海的同盟会会员还认同同盟会中部总会，其他各省几乎已经自行其事。比如宋教仁等人虽然意识到，革命应当爆发于中国中部地区，并在新军中做好宣传工作，不过这些宣传工作同盟会显然是开始的太迟了些，此时距离湖北新军起义已经没有几月的时间了。
而在07-08年东三省宣传革命失败之后，宋教仁就放弃了关外革命的想法。只是他没有想到同盟会辽东支部居然会有同欧洲留学生组成的革命党联合起义的计划，这个起义计划虽然看起来不错，但是有两点令同盟会中部总会的成员极为不满。
第一，就是辽东支部居然放弃了对于革命的领导权，转而加入了那个什么革命委员会服从于共和党的领导，这显然是宋教仁等人不能接受的。
第二，就是关于革命委员会打出的反帝反封建口号，这遭到了中国同盟会中部总会大部分同志的反对。就连宋教仁也认为，在当前的中国首要是使革命成功，推翻满清建立一个共和国，而不是一开始就把列强放在革命的对立面上，从而为革命制造极大的阻碍。
听完了邱丕振带领的消息，张榕脸色沉重的看着对方问道：“那么宋先生对于我辽东支部到底有什么指示呢？算了，你还是等一等再说，我先把城内的几位辽东支部的干事叫来，让他们一起听听宋先生的意思好了。这事也不是我一个人可以下决定的。”
邱丕振接受了张榕的说法，于是他在张榕家中等了两三个小时，直到六名辽东支部的干事陆续来到了张榕家中。看到人员都到齐之后，邱丕振才清了清嗓子说道：“宋先生的意思，即便共和党在这场革命中出了极大的力气，但是同盟会也不能把革命的领导权力拱手相让，因为这关系到建国后采用何种制度的问题。本会为了推翻满清建立共和，已经不知投入了多少人命和钱财，如果我们轻易把领导权力想让，将何以面对那些为革命牺牲的同志？
为了获得革命的成功，我国革命必须要交好列强，以防止他们出手干涉中国革命。辽东革命委员会提反封建可以，但是打倒帝国主义这个口号现在是不合适的。因此宋先生希望辽东支部能够阻止共和党使用这一口号进行起义…”
几位辽东支部的干事们沉默良久，终于有人出声说道：“可是革命委员会已经在上月28号于齐齐哈尔、哈尔滨起义了，现在再要求革命委员会更改口号是不是太迟了？再说了，这次起义完全是共和党在组织，我们手中一兵一卒都没有，怎么去争夺革命的领导权？”
“…”邱丕振感觉一片茫然，他从大连登陆还没来得及了解辽东的状况呢，谁知道这辽东革命委员会就起义了？